iMeta | 在线网站和数据库文章汇总

01 Sangerbox：交互、友好的整合临床生信分析平台

Sangerbox: A comprehensive, interaction-friendly clinical bioinformatics analysis platform

Sangerbox (http://vip.sangerbox.com)是基于网络的工具平台，用户可以在一个友好的交互页面中进行不同的分析。平台提供可交互的图形化分析工具，包括相关性分析工具，通路富集分析、WGCNA分析等常见的工具和功能。

02 Majorbio Cloud：一站式多组学数据分析平台

Majorbio Cloud: A one-stop, comprehensive bioinformatic platform for multiomics analyses

Majorbio Cloud (https:// cloud.majorbio.com/)是一站式高通量组学研究平台，包括云流程、云工具、云课堂3大功能模块。其中云流程涵盖了微生态、转录组、蛋白与代谢及基因组等多组学，通过强大、快捷的分析流程，助力用户自主完成数据分析和挖掘。

03 imageGP: 高颜值高被引绘图网站

ImageGP: An easy-to-use data visualization web server for scientific researchers

ImageGP (http://www.ehbio.com/ImageGP/)可以在线生成常见的线图、柱状图、散点图、箱线图、集合图、热图和直方图等。用户只要粘贴进去数据矩阵，就可以快速出图。

04 iNAP：针对微生物组学研究的集成网络分析平台

iNAP: An integrated network analysis pipeline for microbiome studies

iNAP (https://inap.denglab.org.cn)是一个可用于微生物组学研究、生成和分析生态网络的在线分析平台，提供多种网络分析方法和工具，可以帮助研究人员更好地了解微生物群落构建机制。

05 MetOrigin：代谢物溯源推动肠道微生物和代谢整合分析

MetOrigin: Discriminating the origins of microbial metabolites for integrative analysis of the gut microbiome and metabolome

MetOrigin (http://metorigin.met-bioinformatics.cn/)是一个交互式分析软件，能够对代谢产物进行溯源分析。不仅可以快速识别微生物来源代谢物及其代谢功能，还有助于发现与其密切相关的关键微生物。

06 OmicStudio: 可组合的高品质生物信息学云平台

OmicStudio: A composable bioinformatics cloud platform with real-time feedback that can generate high-quality graphs for publicatio

OmicStudio (https://www.omicstudio.cn/)是一个基于云技术的生物信息学平台。该云平台能够快速获取生信分析的图表结果，生成高质量的图表供发表，并自动与下游分析模块连接。此外，不受开发者审美的限制，用户可以自定义定制更优雅的图形。模块化设计，让用户在不同的应用场景下获得最舒适的体验。

OmicStudio网址: 

07 hLchsp：毛螺菌科菌株资源库

Metabolite profiling of human-originated Lachnospiraceae at the strain level

本文构建了人源毛螺菌株资源库，包含148株来自33个属77个物种，对代表性毛螺菌科菌株进行体外挥发代谢谱表征，共检测到17类、242种在传统肠道代谢组学研究中鲜少关注的挥发性代谢产物。

hLchsp网址：

https://hgmb.nmdc.cn/subject/Lachnospiraceae

08 IPGA原核微生物泛基因组与基因组分析平台

IPGA: a handy integrated prokaryotes genome and pan-genome analysis web service

IPGA (https://nmdc.cn/ipga/)是一个可以对较大规模微生物基因组进行比较分析的平台。平台提供了基于基因组注释与泛基因组注释的包括进系统发育分析、基因组共线性分析和核心基因差异分析等后续分析在内的整合流程，并提供了免费、简单的页面操作环境。

09 DeepKla：基于注意力机制的蛋白质赖氨酸乳酸化位点预测工具

DeepKla: An attention mechanism-based deep neural network for protein lysine lactylation site prediction

DeepKla (http://lin-group.cn/server/DeepKla)是第一个用于识别蛋白质赖氨酸乳酸化位点的计算工具。实验结果证明 DeepKla 具有出色的预测能力和鲁棒性。并搭建了一个在线服务器，基于所提出的模型建立了一个名为DeepKla 的在线服务。

10 MBPD：践行一体化健康的多种病原细菌检测流程

MBPD: A multiple bacterial pathogen detection pipeline for One Health practices

MBPD (https://github.com/LorMeBioAI/MBPD)是一个多病原细菌检测系统，以识别动物、植物和人畜共患类病原菌。与其他方法(如16SPIP和MIP)相比，MBPD可检测到的病原菌范围更广，还能够从生物和环境样本中识别潜在的复合感染病菌。综上，该流程为一体化健康背景下的农业、畜牧业、医药和环境病原菌风险监测及预防等提供重要参考依据。

11 微科盟生科云(Wekemo Bioincloud)：一个专为宏组学数据设计的用户友好型在线分析平台

Wekemo Bioincloud: A user-friendly platform for meta-omics data analyses

微科盟生科云Wekemo Bioincloud ( https://www.bioincloud.tech/)是一个专业的宏组学(meta-omics)数据分析平台，该平台提供了全面的分析解决方案，方便用户在处理大量组学数据中选择适用的工具。

12 shinyCircos‐V2.0: 易用性提高和功能增强的Circos图绘制工具

shinyCircos-V2.0: Leveraging the creation of Circos plot with enhanced usability and advanced features

本研究开发的shinyCircos-V2.0是shinyCircos的升级版本，包括了一个新的用户界面，增强了其易用性，并提供许多用于创建高级Circos图形的新功能。

13 TCM2COVID：抗COVID-19的中医药及其机制与疗效数据库

TCM2COVID: A resource of anti‐COVID‐19 traditional Chinese medicine with effects and mechanisms

 TCM2COVID (http://zhangy-lab.cn/tcm2covid/)是一个系统收集抗COVID-19中医药方、草药、天然产物的数据库，为收录、查询和浏览抗 COVID-19中医药治疗方案提供了一个友好且实用的平台，并将有助于阐明新的抗COVID-19中医药疗法的作用机制，助力抗击新冠疫情。

14 TCM-Suite:聚焦中药的成分鉴定和药理学挖掘的在线平台

TCM-Suite: A comprehensive and holistic platform for Traditional Chinese Medicine component identification and network pharmacology analysis

 TCM-Suite (http://TCM-Suite.AImicrobiome.cn)是由两个子数据库 Holmes-Suite和 Watson-Suite组成的平台，分别用于中药生物成分鉴定和网络药理学研究。

15 最全可视化集合工具EVenn使用手册

Visualizing set relationships: EVenn's comprehensive approach to Venn diagrams

EVenn (http://www.ehbio.com/test/venn)是一个用户友好的集合关系探索工具，包括韦恩图的代表性结果解读、数据中心管理数据，多个案例演示，为深入探索多组学数据提供强大的支持。

16 HPVTIMER: 一个用于探索HPV相关肿瘤的肿瘤免疫微环境的shiny网页工具

HPVTIMER: A Shiny web application for tumor immune estimation in human papillomavirus-associated cancers

HPVTIMER (http://www.hpvtimer.com/HPV)是一个HPV相关肿瘤免疫微环境分析平台的网络工具，整合了基因表达综合数据库（Gene Expression Omnibus，GEO）内现有的8种HPV相关肿瘤、共65个转录组数据集、2,290个样本、超过10,000个基因的表达数据。

17 mibPOPdb: 持久性有机污染物微生物生物降解的在线数据库

mibPOPdb: An online database for microbialbiodegradation of persistent organic pollutants

mibPOPdb (http://mibpop.genome-mining.cn)是一个一个免费的数据共享平台，是基于图形神经网络的化学物质生物降解性分类预测模型，旨在促进基于微生物的持久性有机污染物的生物降解研究，填补环境保护研究中长期以来的空白。

18 OmicShare tools: 零代码交互式的在线生物数据分析与可视化工具

OmicShare tools: A zero-code interactive online platform for biological data analysis and visualization

OmicShare tools (通过https://www.omicshare.com/tools/) 是一个用户友好且高效的数据分析与可视化在线工具，包含161款生物信息分析小工具，主要用于生物数据特别是高通量测序数据的分析与可视化。

19 基于SoFDA病-证-方关联的本体表征、富集分析和相似度计算评价

Ontology characterization, enrichment analysis, and similarity calculation‐based evaluation of disease–syndrome–formula associations by applying SoFDA

SoFDA（http://www.tcmip.cn/syndrome/front/)是首个开源的中医证候本体及“病-证-方”关联性定量计算平台，不仅为证候科学内涵解析提供高质量的数据信息，也为“证候-证候”、“证候-疾病”、“疾病-证候-方剂”之间关联性客观评价提供有力工具，对中医临床的精准诊疗和新药研发具有重要意义。

20 TOmicsVis：具备Shinyapp界面的一站式转录组分析和可视化R包

TOmicsVis: an all-in-one transcriptomic analysis and visualization R package with Shinyapp interface

TOmicsVis Shinyapp (https://shiny.hiplot.cn/tomicsvis-shiny/)为转录组项目提供全面的分析和可视化解决方案。TOmicsVis提供了即用型的可视化函数和用户友好的交互界面，使科研者能够快速准确地分析和监控实验数据，以便于迅速深入探索转录组学数据。

21 Bacmethy：一种新颖、便捷的研究细菌DNA甲基化模式及其转录调控作用工具

Bacmethy: A novel and convenient tool for investigating bacterial DNA methylation pattern and their transcriptional regulation effects

Bacmethy (https://bacmethy.med.sustech.edu.cn)是一种利用SMRT-seq数据的生物信息学工具，其提供多种分析模块。Bacmethy的代码是开源的，同时提供Docker镜像，还提供了用户友好的网页工具。

22 PHGD：一个综合且用户友好的植物激素相关基因数据库

PHGD: An Integrative and User-friendly Database for Plant Hormone Related Genes

PHGD (http://phgd.bio2db.com/)是一个帮助研究人员研究植物激素基因的数据共享平台，收集了模式植物拟南芥中所有已报道的激素相关基因，绘制了激素基因相互作用网络图，包括主页、浏览、搜索、资源、下载、工具、帮助和联系8个模块。

23 BioLadder：专注于蛋白质组学数据分析的生物信息学平台

BioLadder: A bioinformatic platform primarily focused on proteomic data analysis

BioLadder (https://www.bioladder.cn/)是一个在线蛋白质组数据分析平台，包括3类实验数据分析模块和4类常规数据分析模块。它允许用户轻松高效地进行各种蛋白质组学数据分析。

24 MicroEXPERT：跨项目研究宏基因组与环境数据关联的在线微生物组分析平台

MicroEXPERT: Microbiome profiling platform with cross-study metagenome-wide association analysis functionality

MicroEXPERT (https://MicroEXPERT.aimicrobiome.cn/)是一个强大的宏基因组管理和分析系统平台，用于微生物组数据管理、数据分析、数据挖掘和MWAS分析，帮助理解宏基因组和其生态环境之间的关联性。

25 MIST：基于NGS数据的微生物鉴定和溯源分析平台

MIST: A Microbial identification and source tracking system for Next-generation sequencing data

MIST (http://syj.i-sanger.cn)是一体化微生物鉴定系统，可以满足食品药品质量控制中微生物鉴定和污染调查的需要，并为 MIST  开发了一个可公开访问的 Web 分析平台，用户可在线开展数据分析工作。

26 CBD2：一个功能性的结直肠癌生物标志物数据库

CBD2: A functional biomarker database for colorectal cancer

CBD2数据库（http://www.eyeseeworld.com/cbd）是在结直肠癌生物标志物数据库（CBD）构建基础上开发的，包括1569个新报告的生物标志物的信息，CBD2还允许用户查询一系列化学物、药物组合或多个靶点，以实现多药物、多靶点、多途径分析，促进CRC多药物治疗设计。

27 MASH-Ocean 1.0: 基于海洋宏基因组数据研究微生物多样性、功能和生物地理学的交互式平台

MASH-Ocean 1.0: Interactive platform for investigating microbial diversity, function, and biogeography with marine metagenomic data

MASH-Ocean 1.0 (https://www.biosino.org/mash-ocean/)是一个系统化和定量化的分析平台，包含2147个宏基因组样本，并有五个分析模块：样本视图、多样性统计分析、代谢功能对比分析、生物地理学和微生物互作网络。该平台为微生物学、环境科学和生物地球化学等交叉学科的研究者提供简易、便捷且稳定的计算与可视化平台。