河北大学:六倍体野生燕麦近乎完整基因组揭示其与栽培燕麦差异 |《自然-植物》论文

学术   2024-12-17 08:30   日本  


近期来自河北大学的研究团队在《自然-植物》发表了论文“六倍体野生燕麦近乎完整的基因组组装揭示其基因组进化历程和与栽培燕麦的差异”(The near-complete genome assembly of hexaploid wild oat reveals its genome evolution and divergence with cultivated oats),欢迎阅读文章了解详情。


论文导读:

作为栽培燕麦的祖先种,不实野燕麦(Avena sterilis)是燕麦改良的宝贵遗传资源。来自河北大学的研究团队构建了不实野燕麦近乎完整的基因组和栽培燕麦的高质量基因组,大小分别为10.99 Gb和10.89 Gb。基因组进化分析揭示了野生与栽培燕麦间与燕麦驯化相关的着丝粒动态演化和结构变异全景特征。


他们对全球117份野生和栽培燕麦种质开展了种群遗传分析,检测到大量与重要农艺性状(涉及燕麦驯化和改良)相关的候选基因。值得注意的是,研究人员发现了燕麦驯化早期一个从染色体4A到4D的大片段复制事件。该片段包含多个与重要农艺性状相关的基因,并且全球几乎所有栽培燕麦都存在这一特征。不实野燕麦4A复制区域的基因相较于4D上的同源基因表达水平明显更高,而甲基化水平更低。这项研究为燕麦的进化基因组学、功能基因组学和遗传改良提供了重要的资源。


论文表1:不实野燕麦的表型、基因组组装和基因组全景。



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通讯作者:Huilong Du(河北大学)

第一作者:Qiang He、Wei Li、Yuqing Miao、Yu Wang(河北大学)

DOI:10.1038/s41477-024-01866-x

发表日期:2024年12月3日

《自然-植物》

2023 Journal Metrics

影响因子:15.8

五年影响因子:17.1

学科排名:4/265,植物科学

引用量:16,103

下载量:1,699,812

*数据来源:2023年Journal Citation Reports, Clarivate Analytics 2024和期刊官网


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