使用技巧:快速自动生成大脑磁共振数据批处理结果和分析报告 medicalAI+Brainsuite BIDS App

文摘   2024-06-30 14:50   福建  

赛博尔医学算法和数据处理平台www.medicalai.top上的推出了主要基于Brainsuite BIDS App 和 Brainsuite 自动化的大脑磁共振数据预处理、常用的批量数据处理和分析算法: 自动生成大脑磁共振数据处理结果和分析报告,可批量进行数据预处理、数据处理和分析(请点击我浏览)

把本来很复杂的软件变得可以快速、简单使用了,已经有些客户已经开始使用我们平台上基于 Linux 版的 Brainsuite BIDS App 和 Brainsuite 去做数据预处理和数据分析。尤其是 Brainsuite BIDS App备受好评。

不用上再上大脑磁共振数据处理基础培训班,跟着下面的操作,就可以立刻快速大规模批处理,得到预处理数据、计算结果和分析报告。

登录平台远程服务器桌面后,

  • 使用带界面的 Brainsuite 很简单,按照桌面‘快速入门’文件夹里的1, 2, 3 步骤,选择数据简单操作就行。

  • 使用 Brainsuite BIDS App 时,也很简单,按照桌面文件夹 ‘快速入门4’ 里的提示, 复制一行 Docker 命令,再点击底部图标打开 terminal,在命令行按右键粘贴进去,回车就开始根据您复制的命令单个处理或者批量运行。

    输入数据(BIDS格式)

    必有: T1w NIFTI,如果没有找到相应的 DWI 或 fMRI 数据,BrainSuite BIDS App 将仅在 T1w 上运行 BrainSuite Anatomical 流程

    可选:DWI NIFTI 和 fMRI NIFTI

BIDS 格式简介BIDS(Brain Imaging Data Structure)是一种用于 规范化 神经影像数据的标准,它定义了数据的目录结构、文件命名规则和元数据格式。 BIDS使得数据的共享和分析更加容易,同时很多国际主流的图像处理自动化软件也需要BIDS存储格式来作为输入。您可以在 testData 里打开看到给您做参考的测试数据样品。

Brainsuite BIDS App 处理流程(用预置在服务器上的测试数据熟悉一下流程)

1.1 登录远程服务器桌面

1.2 打开桌面的 ‘快速入门4’

2.1 复制一行您想执行的Docker命令

2.2 粘贴到桌面底部的Terminal 命令行里

2.3 自动运行批处理

2.4 点击桌面的 Brainsuite Dashboard,弹出浏览器,里面显示每一步的图像结果和 QC 情况,绿色代表合格.   (Note: 如果没有先执行处理数据的命令或者没有计算结果,Dashboard 无法看到QC情况)

3. 等计算结束,可以去输入和输出的文件夹里找各种生成的每一步的结果数据、报表、图像、报告等等。

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计算自己的数据:

刚才运行的是放在桌面文件夹的给您做样品的测试数据。

如果您要计算您自己的数据,请打开 testData

再打开 SampleData 里面第一个文件夹,用您自己的 BIDS 数据顶替里面的文件夹。注意要用类似的BIDS 命名规则

每一例 BIDS 文件夹里会有三个文件夹

注意:如果不确定您的数据是否BIDS格式数据,请点击下面的链接验证

https://bids-standard.github.io/bids-validator/

如果您要做统计分析,请记得要把您放进去的每一例数据都放在这个tsv文件里,以后生成的结果数据和分析报告可以助您快速准确做进一步分析

然后再按最上面的流程走一遍,您的磁共振数据,包括解剖学数据、弥散数据、功能磁共振数据都会按照您输入的命令的全流程跑一遍。你就直接看浏览器里的实时 QC数据质量和去各个文件夹里找相关每一步的各种结果数据、图表、图像和报告。把您要的结果选择下载就行。

在data.medicalai.top平台运行各种软件的操作非常简单,不需要下载软件、不需要安装软件、不需要编程、不需要购买服务器、不需要懂操作服务器、不需要懂云计算、不需要设置和配置各种相关IT软硬件,也不再需要耗费大量时间操作。一切变得简单化。

请点击下面视频,查看QC演示,

您不再需要花很多时间和很多钱去参加磁共振数据的基础培训班,也不用花大钱去获取昂贵的软硬件资源,更不用复杂的操作,就可以简单快速地获得您想要的常用的数据分析结果、图表、图像、3D重建、每一步处理的根据和引用的论文、每一步处理相关的报告。

更重要的是,所有的医学数据处理结果可以在www.medicalAI.top算法平台100%复现处理结果。您不必担心市场上有的公司给您提供数据处理服务时会给您造假数据结果、提供假图,给您未来的医学职业发展造成困扰。赛博尔平台帮您杜绝一切造假的可能。

备注:Brainsuite、 FSL、Freesurfer、 3D Slicer、ANTs、 Matlab Runtime、 AFNI、 Java、 Python、 R 等软件属于他们各自所属的开源组织和软件开发机构,请在发表论文时详细按照这些软件相关网站要求准确标注软件出处和引用的文章。

接下去,我们还将在平台上推出一系列自动化的磁共振、脑电、近红外等各种数据处理算法,以及基于AI的算法。请关注我们公众号,给我们发信息

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