近日，四川农业大学草业科技学院黄琳凯教授团队在知名遗传学期刊Theoretical and applied genetics在线发表了题为“Genomic selection for agronomical phenotypes using genome-wide SNPs and SVs in pearl millet”的研究论文。该论文在课题组构建的全球首个牧草（美洲狼尾草）图形泛基因组（Yan et al, Nat Genet, 2023）和多组学大数据平台（Sun et al，Plant Biotechnol J，2023）基础上，利用美洲狼尾草种质资源关联群体进行基因组选择，首次将单核苷酸多态性（SNP）和结构变异（SV）标记联合应用于美洲狼尾草的分子育种。研究人员开发并测试了九种不同的模型，结果显示，SV标记能够捕捉到SNP标记无法识别的遗传多样性，从而为改良育种提供了更全面的基因信息。此外，研究还发现，SNP和SV标记在相同性状上的遗传力并无相关性，这进一步表明了多维度标记技术联合分析的重要性。值得一提的是，在这九种模型中，SV标记的表现优于SNP标记，特别是在基因组BLUP模型中，SV标记展示了最佳性能。通过对这些模型的整合分析，研究团队成功鉴定出八个基于SNP标记和四个基于SV标记的候选育种材料，且都具备较高的基因组估计育种值。在众多候选材料中，编号为‘P23’的材料尤为突出，它在SNP和SV标记的双重分析中都被认为与种子产量相关性状的关键性状密切相关，成为未来杂交育种中的重要候选材料。这一发现为美洲狼尾草的基因组预测和分子育种带来了宝贵的见解。通过结合SNP和SV标记，科学家们有望更快、更准确地筛选出抗逆性更强、产量更高的美洲狼尾草材料。该论文以四川农业大学草业科技学院严海东教授为第一作者，黄琳凯教授为通讯作者，四川农业大学为第一单位。链接：https://doi.org/10.1007/s00122-024-04754-2PS：该团队亟需相关专业青年研究员，欢迎有志之士加入！详见：https://rsc.sicau.edu.cn/info/1024/5123.htm
