Hortic Res | 兰州大学刘志鹏团队构建紫花苜蓿多组学数据库MODMS

文摘   2024-12-26 10:00   湖北  

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紫花苜蓿Medicago sativa L.)是全球最重要的牧草作物,在植物界近40万个物种中,紫花苜蓿在单位面积、相同时间内的粗蛋白产量最高。因其品质好、产量高、适口性和消化率高、多年生、固氮能力强等特性,被誉为牧草之王(King of Fodders)。近年来,随着高通量测序技术的发展,紫花苜蓿相关的多维组学数据不断积累,整合并储存这些信息对于加快紫花苜蓿的基因功能研究和挖掘紫花苜蓿重要性状的潜在机制意义重大。但是,目前国内外还没有一个系统的紫花苜蓿多组学数据整合和在线分析平台,这严重阻碍了紫花苜蓿耐逆高品等重要性状的候选基因挖掘以及分子设计育种。
2024年1月,Horticulture Research在线发表了兰州大学草种创新与草地农业生态学全国重点实验室、草地农业科技学院刘志鹏教授团队题为MODMS:a multi-omics database for facilitating biological studies in alfalfa (Medicago sativa L.)的研究论文。

研究人员开发了一个免费、易操作、数据全面,功能多样、以紫花苜蓿为对象的多组学数据库平台MODMS, https://modms.lzu.edu.cn/)。MODMS包含多个先前发布的紫花苜蓿参考基因组及其注释信息、高质量基因组变异分布信息(可通过基因查询单个基因SNPs、SVs和Indels)、转录组、蛋白质组和代谢组数据,可以帮助用户从多个层面构建基因调控网络。MODMS还集成了基因编辑gRNA设计工具,便于编辑技术在紫花苜蓿功能研究中的应用。MODMS是迄今为止最全面的紫花苜蓿多组学数据库,也是目前全球最大的豆科牧草多组学数据库。

图 MODMS主页界面


兰州大学方龙发青年研究员为该论文的第一作者,通讯作者为兰州大学刘志鹏教授。该研究得到了国家重点研发(2022YFF1003200)和自然科学基金项目(32201463和32201444)的资助。


作者介绍



方龙发 青年研究员

兰州大学方龙发青年研究员,博士毕业于中科院遗传与发育学研究所,研究方向包括紫花苜蓿重要农艺性状的关键蛋白翻译后修饰调控机制及高效基因编辑载体的研发。


刘志鹏 教授

兰州大学刘志鹏教授,国家优青、农业农村部神农青年英才、国家林草科技创新领军人才,主要从事紫花苜蓿和箭筈豌豆分子育种工作。

文章链接:

‍https://doi.org/10.1093/hr/uhad245


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About Horticulture Research

《园艺研究(英文)》Horticulture Research)是由南京农业大学主办的学术期刊,主要刊载园艺作物的基础和理论研究,包括遗传学、育种、组学和演化、园艺作物的起源及驯化、生物技术、生物化学、生理学和细胞与分子生物学,环境互作生物学等。科睿唯安JCR2022影响因子:8.7,位于园艺一区(第1/36名),植物科学一区(第12/238名),遗传学一区(第14/171名)。2023年中科院期刊分区:位于园艺小类一区,植物科学小类一区,遗传学小类一区,农林科学大类一区(Top期刊)。入选中国科技期刊卓越行动计划领军类期刊。

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特邀作者:刘志鹏,方龙发
排版:张婕(实习)
审核:王平、孔敏

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