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菊花（Chrysanthemum morifolium）原产我国，是我国十大传统名花和世界四大切花之一，观赏、茶用、药用价值高，产量和产值均位居世界花卉前列，历史文化底蕴深厚；近年来在服务脱贫攻坚、乡村振兴、美丽中国等国家战略中起到了重要作用。菊属植物是菊花的重要亲本和育种材料，近年来已有多个基因组与大量组学数据公布。然而，这些数据分散于不同数据库、格式不统一，未能得到深度挖掘与整合分析，极大限制了数据的有效利用与菊花的相关研究。
2024年11月，Horticulture Research在线发表了南京农业大学菊花遗传与种质创新利用团队题为CGD: A multi-omics database for Chrysanthemum genomic and biological research的研究论文。本研究基于已发表的菊属植物多组学数据，开发了比较基因组、基因表达可视化、基因编辑靶标设计等分析模块，创建了菊属植物综合性数据分析平台（http://210.22.121.250:8880/asteraceae/homePage）。
该数据库提供了迄今为止最新和全面的菊属植物多组学数据集，集成了多种生物信息学分析和可视化工具，如交互式基因检索与序列提取工具、BLAST工具、共线性分析工具、表达量可视化工具和GO/KEGG/基因家族功能富集分析工具等。此外，针对栽培菊花（六倍体）基因拷贝数多、功能冗余的问题，开发了适用于栽培菊花的靶点设计软件，一次分析即可设计多个同源基因的共同敲除靶点与特异敲除靶点。上线一年，受到来自60余个国家（地区）20000余次访问，促进了菊花及近缘种（重要亲本和育种材料）的基础研究，进而推动菊花的种质创新与产业的繁荣发展。
图 菊花基因编辑靶位点交互式在线设计系统
南京农业大学菊花遗传与种质创新利用团队宋爱萍教授为该论文通讯作者，博士研究生叶景轩为第一作者，陈发棣教授、陈素梅教授、蒋甲福教授、王振兴教授、张静等师生参与了相关工作。宋爱萍教授先后组装解析二倍体菊属植物菊花脑（Mol Plant, 2018）和六倍体栽培菊花（Nat Commun, 2023）基因组，目前研究方向为花卉复杂基因组解析及高效基因编辑工具开发。该研究得到了江苏省林业科技创新与推广项目（LYKJ [2023]22）、钟山生物育种实验室（BM2022008-02）和江苏省青蓝工程等项目的资助。
南京农业大学菊花遗传与种质创新利用团队
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