凡是过往皆为序章,所有将来皆为可盼--2024年终总结

文摘   2024-12-31 20:25   新加坡  

凡是过往皆为序章,所有将来皆为可盼--2024年终总结

忙里偷闲,我也做一下2024这半年的年终总结。


2024.6.1--2024.12.31,短短半年的时间,可以说是笔耕不辍,将碎片化的时间利用起来,(每天约半个小时左右的时间),持续画图,因此在模仿中精进数据可视化系列推文孕育而生了。
写代码在我眼里一直都是一个十分享受的过程。
手指敲击键盘,大脑高速运转,代码为我所想,技能为我所用。
这半年,即是自我的总结和提升,又是技能的磨练。


2025年的展望
科研绘图以后依旧会继续更新,
不过后续我更加期待的是更多的编程内容,面向真正的数据科学去前进。
运营的平台我其实还没有想好,因为目前没有一个比较理想的打卡平台,可能是自己搞一个社群,要么是知识星球,要么是加盟业界大佬的公司
具体我在思考!

不过,2025年的具体安排:

  • RPython的编程
  • R4DSPy4DS(毕竟是数据科学是老本行)
  • 经典科研论文的复现(经典的基因家族,目前最火的单细胞)
  • 从头开始进行机器学习(当一个稳妥的调包侠)
  • 在模仿中精进数据可视化继续更新,继续画图!

凡是过往皆为序章,所有将来皆为可盼。
我相信,RPython公众号会越来越好!


以下是我2024年半年推文合集

在模仿中精进数据可视化-ggplot2+ggtree复现Nature Microbiology的Figure1在模仿中精进数据可视化-ggplot2+ggtree复现Nature Microbiology的Figure1

在模仿中精进数据可视化-ggplot2散点图+显著性

在模仿中精进数据可视化-ggplot2绘制气泡图

在模仿中精进数据可视化-ggplot2绘制火山图

在模仿中精进数据可视化-PCA主成分分析

在模仿中精进数据可视化--RPython绘制散点图/气泡图

在模仿中精进数据可视化-R语言绘制象限散点图+注释

在模仿中精进数据可视化-R-好看的火山图

在模仿中精进数据可视化-R-线性拟合加公式以及相关系数

在模仿中精进数据可视化-R-云雨组合图

在模仿中精进数据可视化_R语言进行单因素方差分析及可视化

在模仿中精进数据可视化_使用ggtree进行进化树的美化

在模仿中精进数据可视化_使用ggplot2绘制发表级的扇形图

在模仿中精进数据可视化_使用ggplot2绘制森林图

在模仿中精进数据可视化_使用ggtree&ggplot2绘制散点图组合图

在模仿中精进数据可视化_使用俊哥开发的ggcirclize绘制circos圈图

在模仿中精进数据可视化_使用ggplot2和ggh4x绘制定化的相关性热图

在模仿中精进数据可视化_使用ggtree绘制Nature Microbiology的Figure1

在模仿中精进数据可视化_使用ggplot2绘制Nature Microbiolog的Figure1d

在模仿中精进数据可视化_使用ggplot2绘制Nature Microbiology的Figure2b

在模仿中精进数据可视化_使用ggplot2绘制Nature_Microbiology的Figure2a

在模仿中精进数据可视化_使用ggplot2绘制Nature Medicine Fig5

在模仿中精进数据可视化 使用ggplot2绘制Nature Microbiology的Figure1c

在模仿中精进数据可视化_使用ggplot2绘制Nature_Microbiology的Figure3

在模仿中精进数据可视化_使用circlize绘制不一样的GO和KEGG可视化

在模仿中精进数据可视化_使用网络图绘制不一样的GO和KEGG可视化

在模仿中精进数据可视化_使用ggtree绘制Nature_Microbiology的Fig5b

在模仿中精进数据可视化 使用ggtree绘制Nature Mircobiology的Fig1

在模仿中精进数据可视化_R&Python绘制Nature_Medicine中的时序图

在模仿中精进数据可视化:R语言绘制Journal of Transl Medicine中的热图

在模仿中精进数据可视化 R语言绘制Nature正刊中的雷达图

在模仿中精进数据可视化_使用ggplot2绘制相关性热图

在模仿中精进数据可视化_R语言实现Nature Microbiology中的无缝拼图

在模仿中精进数据可视化_R语言绘制Cell中的柱形图

在模仿中精进数据可视化_R语言复现Nature Microbiology中的气泡图

在模仿中精进数据可视化_R语言复现Nature Microbiology中的拟合曲线

基因家族分析05_序列比对以及进化树的构建和可视化

基因家族分析06_进化树_结构域_motif_基因结构四合一可视化

基因家族分析流程07_物种内染色体定位共线性(基因复制)分析及可视化

基因家族分析流程08_物种间_共线性分析_kaks分析及可视化

基因家族分析流程_09.启动子分析及可视化

基因家族分析流程_10.GO功能注释及可视化

基因家族分析流程11_蛋白质互作网络PPI

在模仿中精进数据可视化_自定义气泡图美化GO_KEGG富集分析的结果

基因家族分析流程_12.基因家族成员转录组及可视化

在模仿中精进数据可视化_继续填坑_自定义气泡图美化GO_KEGG富集分析的结果

基因家族分析流程_13.qRT-PCR及可视化

在模仿中精进数据可视化_R语言复现ISME全图之Figure1进化树

在模仿中精进数据可视化_使用ggtree绘制发表级基因家族进化树

在模仿中精进数据可视化_R语言复现ISME全图之Figure3进化树

在模仿中精进数据可视化_R语言复现ISME全图之Figure2进化树

在模仿中精进数据可视化_R语言实现微生物物种组成图(叠状柱形图和冲击图)

在模仿中精进数据可视化_使用ggtree绘制配对连线的进化树

在模仿中精进数据可视化_ggplot2绘制高端的对称柱形图

在模仿中精进数据可视化_网络分析及自定义布局可视化

在模仿中精进数据可视化_R语言绘制ISME中分组_误差棒_统计_柱形图

在模仿中精进数据可视化_从ISME中的热图中掌握分面的细节刻画

在模仿中精进数据可视化_绘制ISME中的带有注释的高质量热图

在模仿中精进数据可视化_不用AI修图完成环状柱形图和柱状图的组合图

在模仿中精进数据可视化_PCoA_NMDS分析及可视化

在模仿中精进数据可视化_使用R&Python爬取数据并且R语言绘制饼图、甜甜圈图和多层饼图

在模仿中精进数据可视化_从NCC的箱线图+散点图中学习坐标轴转换及刻度

在模仿中精进数据可视化_模仿NCC中的线性拟合

在模仿中精进数据可视化_绘制一张别开生面的差异表达基因的可视化

在模仿中精进数据可视化_绘制ISME中的云雨图

在模仿中精进数据可视化_使用corrplot和ggplot2两种方法绘制相关性热图

在模仿中精进数据可视化_另类的展示GO_KEGG富集注释结果

在模仿中精进数据可视化_掰弯你的棒棒糖图

在模仿中精进数据可视化_添加背景的GO_KEGG富集分析图

在模仿中精进数据可视化_R语言绘制ISME中的桑基图(一)

在模仿中精进数据可视化_爱你在心口难开_手搓一个心形的几何图层

在模仿中精进数据可视化_绘制带Marker基因的热图

RPython数据科学_01.初识Matplotlib

RPython数据科学_02.初步掌握Matplotlib中的构图元素

RPython数据科学_03.使用R&Python绘制散点图Scatter Plot

RPython数据科学_04.使用R&Python绘制折线图Line Plot

RPython数据科学_05.使用R&Python绘制柱形图Bar Plot

在模仿中精进数据可视化_深入了解ggplot2中的图例系统(一)

在模仿中精进数据可视化_深入了解ggplot2中的图例系统(二)

在模仿中精进数据可视化_再次使用R语言绘制环状柱形图

在模仿中精进数据可视化_使用R语言绘制双Y轴

在模仿中精进数据可视化_使用R语言绘制小提琴+显著性可视化

在模仿中精进数据可视化_使用R语言绘制微生物功能基因的表达模式

在模仿中精进数据可视化_基于ggplot2仿制一张雷达图

在模仿中精进数据可视化_进阶版本的火山图

在模仿中精进数据可视化_绘制配对箱形图

在模仿中精进数据可视化_基因在染色体定位图

在模仿中精进数据可视化_使用R语言绘制世界地图上添加采样信息

在模仿中精进数据可视化_使用R语言绘制对称的柱形图

在模仿中精进数据可视化_模仿clusterProfiler手搓一个GO富集分析的结果

在模仿中精进数据可视化_一文搞定PCA及其美化

在模仿中精进数据可视化_继续玩儿转GO和KEGG富集分析可视化

在模仿中精进数据可视化_使用R语言绘制NatureMicrobiology中的treemap图

在模仿中精进数据可视化_R语言实现扇形图自由

在模仿中精进数据可视化_使用R语言绘制NatureMicrobiology中的高级扇形图

在模仿中精进数据可视化_使用R语言绘制聚类树进一步展示微生物的物种分类

在模仿中精进数据可视化_R语言组合微生物的物种统计图以及物种分类图

在模仿中精进数据可视化_继续使用R语言进行网络组合图

在模仿中精进数据可视化_使用circlize绘制circos圈图

在模仿中精进数据可视化_使用R语言模仿表格以及组合图

正当其时的单细胞转录组_02.学习Seurat的基本使用

在模仿中精进数据可视化_使用R语言绘制时序图

在模仿中精进数据可视化_使用ggtree绘制发表级基因家族进化树

在模仿中精进数据可视化_使用ggtree进行进化树的美化

在模仿中精进数据可视化_再次进行GO_KEGG富集分析的可视化

在模仿中精进数据可视化_使用R语言绘制折纸河流图

在模仿中精进数据可视化_使用ggplot2绘制Nature Microbiolog的Figure1d

在模仿中精进数据可视化_R语言绘制多组差异表达的结果

在模仿中精进数据可视化_再次使用circlize绘制circos圈图

在模仿中精进数据可视化_R语言手搓一个Cytoscape/Gephi网络

在模仿中精进数据可视化_使用ggtree绘制配对连线的进化树

在模仿中精进数据可视化_R语言绘制对称柱形图

在模仿中精进数据可视化_使用circlize绘制单一染色体的circos圈图

在模仿中精进数据可视化_再次使用circlize绘制GO/KEGG的富集分析

在模仿中精进数据可视化_使用R语言绘制简单图形(以后有大用)

在模仿中精进数据可视化_使用R语言绘制Mantel Test图

在模仿中精进数据可视化_模仿linkET的风格使用R语言手搓一个相关性和连线图

在模仿中精进数据可视化_ggplot2绘制多变量的柱形图

在模仿中精进数据可视化_使用ggplot2手搓一个聚类热图

在模仿中精进数据可视化_使用ggplot2手搓一个曼哈顿图

在模仿中精进数据可视化_使用circlize绘制相关性圈图

在模仿中精进数据可视化_R语言对相关性数据进行网络可视化

在模仿中精进数据可视化_R语言绘制复杂的聚类热图

在模仿中精进数据可视化_使用R语言绘制柱形体和折线图的组合图

在模仿中精进数据可视化_使用R语言绘制差异分析的火山图

在模仿中精进数据可视化_使用R语言绘制多组差异分析的火山图

在模仿中精进数据可视化_使用R语言绘制散点图和显著性

在模仿中精进数据可视化_使用俊哥开发的ggcirclize绘制circos圈图

历史绘图合集

公众号推文一览


进化树合集


环状图


散点图


基因家族合集

换一个排布方式:

首先查看基础版热图:

然后再看进阶版热图:


基因组共线性


WGCNA ggplot2版本


其他科研绘图


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