缘由
生信之路，道阻且长，记录经验，但渡有缘人。
碎碎念
及时当勉励，岁月不饶人 ——陶渊明
原图 & 文章
炫图
代码
1. 数据准备部分
data <- read.delim("~/arrow.txt")• 功能：读取一个外部文件 arrow.txt，其中包含用于绘制箭头和线段的数据。• data数据结构假设：应包含以下列：• shape: 决定绘制形状，如箭头（arrow）或线段（line）。• regu: 调节方向（如"up"表示上调，"down"表示下调）。• x,y,y_end: 确定线段或箭头的起点和终点坐标。
data2 <- data.frame(
x = rep(1:4),
y = rep(paste0("pathway", 1:9), 4),
pvalue=runif(36, min = 0, max = 1)
)• 功能：创建模拟数据 data2，用于散点图绘制。• x：离散分组变量（1-4）。• y：不同pathway分组。• pvalue：随机生成的 P 值，用于定义散点的颜色和大小。
2. 上部箭头和线段绘图（p 图表）
p <- ggplot(data, aes(x=x, y=label))+
geom_segment(
data = subset(data, shape =="arrow"& regu=="up"),
aes(x = x, y = y, xend = x, yend = y_end),
arrow = arrow(length= unit(0.2,"cm")),
color ="red", size =2
)+
geom_segment(
data = subset(data, shape =="arrow"& regu=="down"),
aes(x = x, y = y, xend = x, yend = y_end),
arrow = arrow(length= unit(0.2,"cm")),
color ="blue", size =2
)+
geom_segment(
data = subset(data, shape =="line"),
aes(x=x-0.3, xend = x +0.3, y=y, yend = y_end),
color ="gray70", size =2
)• 功能：绘制线段和箭头，区分形状及方向。 • 箭头：根据 shape和regu列，绘制红色（上调）和蓝色（下调）箭头。• 水平线段：根据 shape=="line"绘制灰色线段。
p <- p + scale_y_continuous(breaks =c(1.5, 3.5) , labels = c("protein","mRNA"), position = "right") +
labs(x =NULL, y =NULL) + theme_minimal() +
theme(panel.grid = element_blank(),
axis.text.x=element_blank(),text=element_text(size=18)) • 功能：优化坐标轴及图表样式。 • Y轴： • 设置断点为 1.5 和 3.5，并分别标记为 "protein"和"mRNA"。• 坐标轴显示在图表右侧（ position = "right"）。• 全局样式： • 去掉网格线（ panel.grid = element_blank()）。• 隐藏 X 轴刻度文本（ axis.text.x = element_blank()）。
3. 下部散点图绘制（p_main 图表）
p_main <- ggplot(data2, aes(x = x, y = y)) +
geom_point(aes(color = pvalue, size = pvalue)) +
labs(x = NULL, y = NULL) +
theme_minimal() +
scale_color_gradient(low = "#ee0000", high = "#0077d7")• 功能：绘制散点图。 • 颜色渐变：基于 pvalue，从红色（#ee0000）到蓝色（#0077d7）。• 点大小：根据 pvalue调整点的大小。
p_main <- p_main + scale_y_discrete(position ="right")+
scale_x_continuous(position ="top")+
theme(
panel.grid = element_blank(),
panel.border = element_blank(),
text = element_text(size =18),
axis.line.x = element_line(color ="black", size =0.5, linetype ="solid"),
axis.line.y = element_blank(),
axis.text.x= element_blank()
)+
guides(
color = guide_legend("pvalue"),
shape = guide_legend("pvalue")
)• 功能：调整散点图样式。 • 坐标轴位置：X 轴移到顶部，Y 轴移到右侧。 • 图表装饰：去掉边框和网格线，仅保留顶部的 X 轴线。 • 图例：为 pvalue添加图例。
4. 图表组合
p %>% insert_bottom(p_main, height = 5)• 功能：使用 aplot包将p（箭头和线段图）与p_main（散点图）组合在一起，将散点图插入到箭头图的底部。• height = 5：指定底部散点图所占高度。
ALL
library(aplot)
data <- read.delim("~/arrow.txt")
set.seed(123)# 设置随机种子保证结果可复现
data2 <- data.frame(
x =rep(1:4), # x 轴值
y =rep(paste0("pathway",1:9),4),
pvalue=runif(36,min=0,max=1)
)
p <- ggplot(data, aes(x=x, y=label))+
geom_segment(
data = subset(data, shape =="arrow"& regu=="up"),# 只绘制箭头的数据
aes(x = x, y = y, xend = x, yend = y_end),
arrow = arrow(length= unit(0.2,"cm")),# 添加箭头
color ="red", size =2
)+
geom_segment(
data = subset(data, shape =="arrow"& regu=="down"),# 只绘制箭头的数据
aes(x = x, y = y, xend = x, yend = y_end),
arrow = arrow(length= unit(0.2,"cm")),# 添加箭头
color ="blue", size =2
)+
geom_segment(
data = subset(data, shape =="line"),
aes(x=x-0.3, xend = x +0.3, y=y, yend = y_end),# 只绘制水平线段的数据
color ="gray70", size =2
)
p <- p + scale_y_continuous(breaks =c(1.5,3.5), labels =c("protein","mRNA"), position ="right")+
labs(x =NULL, y =NULL)+ theme_minimal()+
theme(panel.grid = element_blank(),
axis.text.x=element_blank(),text=element_text(size=18))
# 绘制散点图
p_main <- ggplot(data2, aes(x = x, y = y))+
geom_point(aes(color = pvalue, size = pvalue))+# 绘制散点图
labs(x =NULL, y =NULL)+
theme_minimal()+
scale_color_gradient(low ="#ee0000", high ="#0077d7")
p_main <- p_main + scale_y_discrete(position ="right")+
scale_x_continuous(position ="top")+
theme(
panel.grid = element_blank(),# 去除网格线
panel.border = element_blank(),
text = element_text(size =18),# 设置文本大小
axis.line.x = element_line(color ="black", size =0.5, linetype ="solid"),
axis.line.y = element_blank(),# 设置顶部 X 轴线条
axis.text.x= element_blank(),
)+
guides(
color = guide_legend("pvalue"),
shape = guide_legend("pvalue")
)
p %>% insert_bottom(p_main,height =5)