在模仿中精进数据可视化_基因家族十张图

文摘   2024-12-06 23:20   新加坡  

在模仿中精进数据可视化_基因家族十张图

在模仿中精进数据可视化该系列推文中,我们将从各大顶级学术期刊Figure入手,
解读文章的绘图思路,
模仿文章的作图风格,
构建适宜的绘图数据,
并且将代码应用到自己的实际论文中。


模仿中精进数据可视化_基因家族十张图

本期公众号带来的是比较基因组--基因家族分析之必备十张图。
所有图片均是发表级别,所有图片均是R语言绘制,同时没有任何Adobe Illustrator的修改。
可以说是完完整整的一气呵成
写代码的好处就是:高度定制化避免审美疲劳,同时写代码的过程也是一种享受


上一次,基因家族必备十张图发完,非常多的好友申请
10个人里面能有5个人问我这一全套基因家族可视化的代码。
的确,基因家族能火了有小十年了吧,
十年里,可视化模式好多都看腻了,视觉疲劳了
承蒙厚爱啊,我感觉可以单独成立一个基因家族可视化的群了,
大家可以在群里学习、交流和讨论基因家族可视化和分析方法。
思维模式的碰撞,估计会产生更多高质量的可视化结果。



    基因家族十张图

    1. 进化树(单物种、多物种)
    2. Domain + Motif
    3. Promoter + 统计
    4. 物种间共线性 Synteny 图
    5. 染色体定位 + 物种内共线性 Circos图
    6. Ka、Ks和Ka/Ks图
    7. GO 注释分析
    8. 蛋白质互作图(PPI)
    9. 表达量热图
    10. qRT-PCR

    进化树

    单物种进化树

    当然,如果觉得不好看,那么咱们换个可视化方式

    觉得过于单调,可以把蛋白质长度等电点等信息加上。

    咱们继续换个可视化方式

    多物种进化树

    当然,如果觉得不好看,那么咱们换个可视化方式

    Domain + Motif

    Promoter + 统计

    物种间共线性 Synteny 图

    三角形共线性

    并列共线性

    染色体定位 + 物种内共线性 Circos图

    Ka、Ks和Ka/Ks图

    GO 注释分析

    蛋白质互作图(PPI)

    表达量热图

    qRT-PCR


    历史绘图合集


    进化树合集

    环状图

    散点图

    基因组共线性

    WGCNA ggplot2版本

    其他科研绘图


    合作、联系和交流

    有很多小伙伴在后台私信作者,非常抱歉,我经常看不到导致错过,请添加下面的微信联系作者,一起交流数据分析和可视化。

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