在模仿中精进数据可视化_基因家族十张图
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在模仿中精进数据可视化
该系列推文中,我们将从各大顶级学术期刊的Figure
入手,
解读文章的绘图思路,
模仿文章的作图风格,
构建适宜的绘图数据,
并且将代码应用到自己的实际论文中。
模仿中精进数据可视化_基因家族十张图
❝本期公众号带来的是比较基因组--基因家族分析之必备十张图。
所有图片均是发表级别,所有图片均是R语言
绘制,同时没有任何Adobe Illustrator
的修改。
可以说是完完整整的一气呵成。
写代码的好处就是:高度定制化,避免审美疲劳,同时写代码的过程也是一种享受。
❝上一次,基因家族必备十张图发完,非常多的好友申请,
10个人里面能有5个人问我这一全套基因家族可视化的代码。
的确,基因家族能火了有小十年了吧,
十年里,可视化模式好多都看腻了,视觉疲劳了。
承蒙厚爱啊,我感觉可以单独成立一个基因家族可视化的群了,
大家可以在群里学习、交流和讨论基因家族可视化和分析方法。
思维模式的碰撞,估计会产生更多高质量的可视化结果。
基因家族十张图
进化树(单物种、多物种) Domain + Motif Promoter + 统计 物种间共线性 Synteny 图 染色体定位 + 物种内共线性 Circos图 Ka、Ks和Ka/Ks图 GO 注释分析 蛋白质互作图(PPI) 表达量热图 qRT-PCR
进化树
单物种进化树
❝当然,如果觉得不好看,那么咱们换个可视化方式
❝觉得过于单调,可以把蛋白质长度、等电点等信息加上。
❝咱们继续换个可视化方式
多物种进化树
❝当然,如果觉得不好看,那么咱们换个可视化方式
Domain + Motif
Promoter + 统计
物种间共线性 Synteny 图
三角形共线性
并列共线性
染色体定位 + 物种内共线性 Circos图
Ka、Ks和Ka/Ks图
GO 注释分析
蛋白质互作图(PPI)
表达量热图
qRT-PCR
历史绘图合集
进化树合集
环状图
散点图
基因组共线性
WGCNA ggplot2版本
其他科研绘图
合作、联系和交流
有很多小伙伴在后台私信作者,非常抱歉,我经常看不到导致错过,请添加下面的微信联系作者,一起交流数据分析和可视化。