期刊导读
Journal Guide
1
admetSAR3.0: a comprehensive platform for exploration, prediction and optimization of chemical ADMET properties
主要作者：顾雅馨、俞卓杭、汪祎梦
文章来源：核酸研究
摘要：吸收、分布、代谢、排泄和毒性(ADMET)特性在药物发现和化学安全评估中起着至关重要的作用。本文在admetSAR及其后续产品admetSAR2.0的基础上，介绍了该系列的新版本admetSAR3.0，作为化学ADMET评估的综合平台，包括搜索、预测和优化模块。在搜索模块中，admetSAR3.0记录了超过370000条高质量的实验ADMET数据，涵盖了104652个独特化合物，并增加了化学结构相似性搜索功能，以便于交叉参考。在预测模块中，我们引入了全面的ADMET端点和两个用于环境和化妆品风险评估的新部分，使admetSAR3.0能够提供119个端点的预测，是前一版本的两倍多。此外，先进的多任务图神经网络框架为ADMET预测提供了稳健可靠的支持。特别是，添加了一个名为ADMETopt的模块，通过转换规则或骨架跃迁自动优化查询分子的ADMET属性。最后，admetSAR3.0为多种类型的输入数据提供了用户友好的界面，如SMILES字符串、化学结构和批量分子文件，并支持各种输出类型，包括数字、图表显示和文件下载。总之，admetSAR3.0预计将成为药物发现和化学安全评估的有价值和强大的工具，网址为http://lmmd.ecust.edu.cn/admetsar3/。
（信息以英文摘要为准）
点击查看大图
2
文章介绍：
化合物ADMET性质，即化合物在体内的吸收、分布、代谢、排泄及毒性性质，在药物发现和化学品安全性评估中发挥着至关重要的作用。不良ADMET性质是导致药物研发失败的主要原因之一，也是化学品安全性评估的重点。唐赟教授课题组长期致力于人工智能赋能的化合物ADMET性质预测和优化研究，早在2012年，就在国际上率先推出了名为admetSAR的在线服务平台（http://lmmd.ecust.edu.cn/admetsar1/），收录了近96000个化合物的21万余条高质量实验数据，并采用机器学习方法构建了27个预测模型，受到国内外用户的广泛使用和好评。相关成果发表在美国化学会著名期刊J. Chem. Inf. Model. 2012, 52: 3099-3105，已被引用1400次。2019年升级到admetSAR2.0（http://lmmd.ecust.edu.cn/admetsar2/），模型数量增加到47个，并增加了基于骨架跃迁的性质优化模块ADMETopt，已完成用户提交任务85万次，相关成果发表在国际著名期刊Binformatics 2019, 35: 1067-1069，已被引用700次。为了进一步提高模型预测质量，以满足广大科研人员的研究需求，唐赟教授课题组最近对admetSAR在线服务平台进行了全面改版更新，升级到了3.0版本。全面升级的admetSAR3.0具有更综合的评估模块，更广泛的端点覆盖，更高效的预测框架，以及更友好的用户界面。研究者还将admetSAR3.0与现有同类型的优秀在线服务平台进行了全面比较，结果显示admetSAR3.0具有ADMET端点覆盖广、功能综合及运算效率高等优势。
我校药学院博士生顾雅馨、俞卓杭和汪祎梦为论文的共同第一作者（分别承担数据收集整理、网站框架构建和预测算法开发工作），唐赟教授为论文的通讯作者。本研究得到了国家重点研发计划和国家自然科学基金等项目的支持。
期刊介绍
《核酸研究》（Nucleic Acids Research）是一本由牛津大学出版社出版的科学期刊，创刊于1974年，主要刊载生物-生化与分子生物学相关领域的研究成果。该期刊旨在打造一种学术水平高、可读性强、具有全球影响力的学术期刊，入选SCIE来源期刊，出版周期为半月刊。
期刊热门文章目录
The 22nd annual Nucleic Acids Research Web Server Issue 2024
Annotation and visualization of parasite, fungi and arthropod genomes with Companion
ChIP-Atlas 3.0: a data-mining suite to explore chromosome architecture together with large-scale regulome data
DORA: an interactive map for the visualization and analysis of ancient human DNA and associated data
Drawing human pedigree charts with DrawPed
Imputation Server PGS: an automated approach to calculate polygenic risk scores on imputation servers
Interactive Tree of Life (iTOL) v6: recent updates to the phylogenetic tree display and annotation tool
LncRNAway: a web-based sgRNA design tool for precise and effective suppression of long noncoding RNAs
mtDNA-Server 2: advancing mitochondrial DNA analysis through highly parallelized data processing and interactive analytics
SeqCAT: Sequence Conversion and Analysis Toolbox
期刊查看方式
❶ 图书馆主页-期刊-Nucleic Acids Research 查看
❷ 扫描二维码查看本期全文（记得连校园网哦~）
注：部分图片来源于网络，如有侵权请联系删除
信息来源：华东理工大学 新闻网
排版：任淑娟
【END】
更多精彩内容请长按二维码关注
华东理工大学图书馆公众号
问渠那得清如许 为有源头活水来
微信号 : ecust_lib
投稿邮箱：ydtg_ecustlib@qq.com
