蔡元培于清同治十二月十七日（1868年1月11日）出生于浙江绍兴。
其父蔡光普为钱庄经理，与周氏结婚，育有七个孩子，蔡元培排行第四。
他在十七岁时当了秀才、二十二岁时当了举人、二十四岁时当了进士、二十六岁时当了翰林院编修。
蔡元培一生凡三娶。1889年3月与元配王昭结婚，育有二子，长子早夭；1900年，王氏病逝，翌年续娶黄氏，育有一女一子；1921年1月，黄氏病逝，二年后续娶周氏（1975年8月病逝），育有二子一女。
1898年秋戊戌变法失败后，蔡元培离开翰林院南下，任绍郡中西学堂（今绍兴市第一中学前身）总理，提倡新学；一年后辞职。
1901年夏，蔡元培来到上海代理澄衷学堂校长。9月，被聘为南洋公学经济特科班总教习，传播爱国民权思想。次年在上海与章炳麟等发起成立中国教育学会，并担任会长；同年秋创办爱国女学，组建爱国学社，开始从事革命活动；1903年因被清政府下令侦讯，蔡元培辗转青岛，后前往日本留学，又因中国学生在日遭受无理压迫，愤而伴送被放逐的吴稚晖等归国；1904年2月，创办《俄事警闻》（后改名《警钟日报》），提倡民权，倡导革命。
1904年11月，蔡元培与陶成章等在上海发起建立光复会，蔡元培为会长，并密谋武装起义；次年加入同盟会，被孙中山委任为上海分会负责人。
1907年5月，自费到德国留学。先在柏林一年学德语，因木有柏林大学要求的中学毕业证，遂转投莱比锡大学研究哲学、美学、心理学等。
1911年辛亥革命爆发，应陈其美电邀回国。1912年1月，孙中山组织南京临时政府，任命蔡元培为教育部长。2月，南京临时参议院选举袁世凯为中华民国第二任临时大总统，孙中山派蔡元培为专使，与唐绍仪、汪精卫等十几人组成欢迎团同往北京迎接袁世凯往南京就任。27日，蔡元培抵达北京，即与袁世凯会面，袁虚与委蛇；29日夜，驻扎北京曹锟所部发生兵变，肆意开枪，沿途抢掠，蔡元培等人驻地也遭抢劫；众人移居六国饭店以防不测，后致电南京等处报告情况，欢迎袁南下一事不了了之；4月，蔡元培与汪精卫等人发起成立“留法俭学会”，同时在北京成立留法预备校；不久，蔡元培任北京政府唐绍仪内阁教育总长，提出废除读经，摹仿西方教育制度，并主持制定了一系列教育政策、法规，奠定了民国教育的基本规模。7月，因不满袁世凯的专制统治而辞职。
1913年旅居德、法，从事教育、哲学和美学研究。在法国他与汪精卫比邻而居，期间袁世凯父子汇来三千元给二人，邀请他们回国任高级顾问被拒。1915年汪精卫回国后将子女托寄给在波尔多的蔡元培照看。在此期间蔡元培在里昂筹措创办中法大学。
1916年6月6号，袁世凯死了，黎元洪继任大总统，12月26号，“北洋军阀”重邀蔡元培回北京，任命他为北京大学校长。赴任前，蔡元培的众多友人认为北大校方腐败，如赴任有碍名望。孙中山认为，“北方当有革命思想的传播，像蔡元培这样的老同志，应当去那历代帝王和官僚气氛笼罩下的北京，主持全国教育。” 蔡元培慨然领命。
1917年1月9日，蔡元培在北京大学发表了今天推送的这篇振奋人心的演说。之后，由于延聘和支持李大钊、陈独秀、鲁迅，辜鸿铭等人任教讲学，使北大不仅成为全国重要的学术研究中心，而且由于他们这些教授作为或激进，或左倾，或保皇等不同思想的代表而使北大成为新文化运动摇篮。
1919年五四运动中蔡元培支持学生，一度借口胃病暂时离校。1919年7月，蒋梦麟答应代表蔡元培个人，非代表北京大学校长暂主北大校务；9月，蔡元培重回北京大学主持一切，蒋梦麟任教育学教授兼总务长；1920年10月，蔡元培赴法国，委蒋梦麟代理校务；1921年11月，蔡元培同意设立马克思学说研究会。
1920年初李石曾、蔡元培等在北京成立中法大学，蔡元培任校长，李石曾任董事长；1920年冬在里昂设立分部：里昂中法大学，吴稚晖任校长，资金由中法双方共同筹集，后获得法国以庚子赔款退款捐助；此校到1946年结束，前后有131人获得博士学位，60人获得工程师文凭。
1923年1月，因为愤慨于当时教育总长彭允彝提案逮捕财政总长罗文干的不称职无耻，蔡辞职又去漫游欧洲。
1926年2月回国，参加中国国民党主持的国民革命军北伐。
1927年12月1日，蔡元培在上海大华饭店蒋介石和宋美龄的婚礼上担任主婚人。
1927年，蔡元培倡议成立中华民国大学院作为全国最高学术教育行政机关，10月任为首任院长。除仿效法国大学院成立中华民国大学院外，在这期间创办了中央研究院；11月27日和萧友梅于上海创办国立音乐院（即现上海音乐学院），是中国最早建立的高等音乐院校。1928年于杭州西子湖畔创立国立艺术院（即现中国美术学院），是中国的最高美术学府。林风眠为首任院长兼教授，并聘任潘天寿、方干民、吴大羽等人担任教授。蔡元培提倡“以美育代宗教”，创办国立艺术院。
1928年4月23日，国民政府特任蔡元培为国立中央研究院院长。1929年3月蒋桂战争，蔡元培与吴稚晖、李石曾、张静江“四大佬”在上海劝说李济深前往南京调停，结果李济深遭到蒋介石扣留，使蔡元培十分气愤，从此开始疏远南京政府。
1928年8月，蔡元培举家定居上海，先后租住：茂名北路升平街243号、万航渡路320弄42-44号、南京西路1025弄静安别墅52号、华山路303弄16号。
1931年九·一八事变后，他奔走呼号，倡导抗日。12月15日，蔡元培在南京国民党党部遭北平前来请愿的学生（含北大学生）绑架，并遭殴打致伤；1932年12月，与宋庆龄、鲁迅和杨杏佛等组织中国民权保障同盟，反对国民政府的特务政治，积极开展抗日活动，拥护国共合作。他被选为副主席。
1933年3月14日，蔡元培与陶行知、李公朴和陈望道等100多人在上海举行了纪念马克思逝世五十周年大会，并发表演讲，对马克思表达敬意，严厉抨击了国民党的文化专制主义。同年，培倡议创建国立中央博物院（今南京博物院前身），并兼任第一届理事会理事长。抗战爆发初期，蔡元培与上海文化界知名人士联合组织成立了上海文化界救亡协会；1938年被推为国际反侵略大会中国分会名誉会长。
1937年11月27日，举家到香港。
1938年5月20日，“保卫中国同盟”及“香港国防医药筹赈会”于圣约翰大礼堂（圣约翰座堂）举行美术展览会，宋庆龄邀请他出席并发表演说。
1940年3月3日，年迈的蔡元培于寓所失足跌倒；3月4日被送入香港养和医院，3月5日病逝，卜葬于香港仔华人永远坟场。3月7日，毛泽东对蔡元培逝世向其家属发出唁电：“蔡孑民先生家属礼鉴：孑民先生，学界泰斗，人世楷模，遽归道山，震悼曷极，谨电驰唁，尚祈节哀。”3月9日，中共中央又发唁电，并派廖承志专程前往吊唁。4月14日下午，延安各界千余人在中央大礼堂举行蔡元培、吴承仕二先生追悼大会，会场悬满挽联，周恩来送挽联：“从排满到抗日战争，先生之志在民族革命；从五四到人权同盟，先生之行在民主自由。”
诵者2018年1月18日拜谒蔡元培北京故居
蔡元培北京故居庭院
