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细胞计数除了对细胞整体进行分割计数外，对每个细胞内的信号进行分别计数，也是一类常见的问题。计数细胞内的信号，最终可以反应出细胞间的差异性。
之前的文章对基于阈值的细胞分割和计数做了总结，主要是通过 Analyze -> Analyze Particles 来实现计数：
▲ 点击图片跳转
对于点状物，例如细胞内的荧光点，另一种计数方法是通过寻找局部最大值，从而进行快速的荧光点计数（Process -> Find Maxima...）。
例如，如果想得到下图中黄色颗粒的数量：
可以直接通过 Find Maxima...，勾选 Preview point selection，调节 Prominence 的值，快速得到颗粒数目。
如果图像中有多个细胞，想要对每个细胞内的信号进行分别计数，关键是：
得到每个细胞总体的ROI
将细胞内信号（例如荧光点信号）转为数量信息
这篇文章会以这幅图为例，介绍怎样对每个细胞内的荧光点进行计数：
01
细胞分割
关于细胞分割，之前文章提到了很多：
这里就不再赘述，最关键的点是得到二值化的图像后，在 Analyze Particles 的时候，勾选 Add to Manager：
这样就得到了每个细胞整体的 ROI。
02
荧光点分割
（1）二值化分割荧光点（Image -> Adjust -> Threshold）
与细胞同理，可以直接通过设置 Threshold，分割得到荧光点的二值化图像：
得到二值化图像后，可以通过
Process -> Binary -> Fill holes
Process -> Binary -> Watershed
Analyze -> Analyze Particles 去除小的杂点
这些操作得到更加准确，干净的二值化图像。
（2）二值化转化为单独的点（Process -> Find Maxima）
因为 ImageJ 中，二值化的图，有信号的点的值都为 255，这里除以 255，将每个点的值都设为 1。
（4）测量每个细胞中点的个数
Analyze -> Set Measurements 中勾选 Integrated density。选中单独点的图，点击 ROI Manager 中的 Measure：
RawintDen 即为每个细胞中，荧光点的个数：
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