scRNA分析 | 多样本merge 和 harmony去批次,附实操课程+万能代码

文摘   2024-10-24 19:57   美国  

免费资源:

一、国自然类:


1 2023历年国自然标书全文

3 国自然项目答辩PPT

5 标书写作模板

7 国自然项目造假清单

2 2018-24年国自然清单

4 基金插图素材(可编辑)

18-21年国自然中标清单

二、SCI生信+实验类:

1 160套SCI实验操作视频

3 Meta分析范文+教程

5 泛癌分析万能代码

7 130套SCI实验视频

9 单细胞数据挖掘课

11 统计分析万能模板

2 100个SCI实验Protocol

4 miRNA预测靶基因代码

6 动物实验操作视频汇总

GEO/TCGA数据挖掘课

10 SCI写作万能模板

三、科研绘图类:

PPT科研绘图素材合集

3 Adobe illustrator绘图素材

5 动物实验矢量图素材

7 PS修各种SCI实验图视频

资源共享群

PPT科研绘图插件VIP版

4 各种实验仪器矢量图素材

6 细胞实验矢量图素材

AI科研绘图视频课

10 亲交友微信群




一、今日推送:

如何scRNA分析|多样本merge 和 harmony去批次:


#scRNAlibrary(Seurat) library(Matrix)library(stringr)
#更改目录至 解压后数据所在的路径setwd("./data")
#查看当前有哪些文件fs=list.files('./','^GSM')fs#提取样本名samples=str_split(fs,'_',simplify = T)[,2] #按照下划线分割,然后四二个元素作为样本名unique(samples)
#建立样本文件夹,然后更改对应的三个文件的名字lapply(unique(samples),function(x){ y=fs[grepl(x,fs)] folder=paste(str_split(y[1],'_',simplify = T)[,2],collapse = '') dir.create(folder,recursive = T) file.rename(y[1],file.path(folder,"barcodes.tsv.gz")) file.rename(y[2],file.path(folder,"features.tsv.gz")) #注意版本 file.rename(y[3],file.path(folder,"matrix.mtx.gz"))})
folders=list.files('./')folders
#批量读取16个10X单细胞转录组数据文件夹sceList = lapply(folders,function(folder){ CreateSeuratObject(counts = Read10X(folder), project = folder )})
sce.all <- merge(sceList[[1]], y = c(sceList[[2]],sceList[[3]],sceList[[4]],sceList[[5]], sceList[[6]],sceList[[7]],sceList[[8]],sceList[[9]],sceList[[10]], sceList[[11]],sceList[[12]],sceList[[13]],sceList[[14]],sceList[[15]], sceList[[16]]), add.cell.ids = folders, #添加样本名 project = "scRNA")sce.all #查看head(sce.all@meta.data)table(sce.all@meta.data$orig.ident)

今天,给大家免费发放的资源是:


单细胞RNA测序分析实操课(附代码+课件+视频,原价12799元)


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这是我们内部国自然培训用的。如下,包括两套单细胞RNA测序数据分析课程,入门到精通,全部拿下:



一套是教大家挖掘GEO的单细胞数据,并用自己的电脑分析,实操,一步一步讲解,有电脑就行:



另外一套是基于测序下机后的Raw data数据分析,全套的。并告诉大家用账号登录Linux系统分析该数据:


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二、免费资源:

此外,最近,有很多粉丝留言说分享一下历年的国自然标书。可以参考大佬的热点分子、研究套路和写作套路,以及图表的绘制,等等。靠着大佬的标书走,心里有底。所以,今天,科研部给大家免费分享


“近10年国自然基金8个学部标书合集(原价2万元)”


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这是我们内部国自然培训用的,原价2万多,8.66GB



涵盖近10年(21、22、23年的标书尤其珍贵,大家一定要好好收藏),8个学部:



部分截图如下:医学科学部(部分截图):



再如生命科学部(部分截图):



赶紧下载,免费送给大家的:


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再如地球科学部(部分截图):


工程与材料部(部分截图):



管理科学部(部分截图:



化学科学部(部分截图:



数理科学部(部分截图):



信息科学部(部分截图):



这些标书我已经上传百度云了,需要的赶快保存起来:


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三、免费资源:

以前对于循证医学有个很模糊的印象,只知道他是一门在临床中遇到问题后,去数据库查一些资料,然后从诊断、治疗、经济、人文等方面。给患者提供治疗方案,从患者角度出发的医疗思维方法。
 

今年3月份,因为需要写一篇关于meta分析的论文,所以,开始大量阅读书籍。下面是我的学习过程。里面有很多菜鸟级的经验教训。请高手多指导。
 

1,先下载别人写好的meta分析的论文,看看人家是怎么写的。看范文和跟着教学视频实操(文末已经分享给大家,可免费获取)

掌握了meta分析的常规格式,但是对于数据时怎么来的,森林图和漏斗图怎么分析,真是头疼啊!

2,研究revman。

因为着急写论文,白天还得去临床,所以每天早晨4点就爬起来研究这个英文软件,很是头疼。最开始我用的是4.2版本的,研究了足足5天啊,但是怎么的都出不来图。后来经高人指点,改成了5.0版,马上就解决了。在研究revman的时候,还要感谢万能的丁香园啊,里面有各种的教程,都是最直接的经验!

3,照猫画虎,我的第一批meta分析。

我的第一篇meta分析就出炉了,主要是因为太赶了。当时什么都不懂。

4,后来看了很多的书。

包括图书馆,丁香园的电子书。从书中了解了很多循证医学的基础知识,原来看论坛里面的帖子,都不知道各位在说什么,后来慢慢的能读懂些了。

5,与时俱进的论文。

我喜欢时刻检验自己的水平,每一个阶段都为自己设立一个目标。于是,勇敢的把论文投到核心期刊上面。结果等了两个月,结果遭到了主编的拒稿。最后一步一步修改才算入了门。所以范文和跟着教学视频实操非常重要。


所以,今天我们给大家免费分享:


“手把手教你实操Meta分析发SCI(含范文,原价2899元)”



原价2899元,现在免费发送给大家,如下即可免费获取:


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对话框输入关键词:meta分析


01

资源截图:


一、8篇2021年12月出版的北大核心Meta分析范文:



二、手把手教你实操Meta分析发低分SCI论文(视频课):



三、Meta分析实操发高分(视频课):



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更多免费资源:

三、科研绘图类:

1 GraphPad绘图模板

50套R绘图万能代码

直装版PS+AI安装包

医学统计分析R版

9 单样本RNAseq分析

11 SnapGene序列比对

13 Endnnote安装包

15 R语言绘图模板

17 中文版RNAseq教程

19 Image J图片处理视频

21 更多资源在更新中.....

2 600套PPT模板

4Origin绘图模板

SPSS统计分析模板

8 铜铁死亡分析代码

10 m6A甲基化分析代码

12 qPCR计算模板

14 英文简历模板

16 R各种统计分析模板

18 46套生信分析代码

20 Sigma plot绘图软件和视频

四、生信和写作类:

1 ChIPqPCR引物设计

3 过表达引物设计

零代码复现6分SCI教程

零代码复现4分SCI教程

WGCNA分析课程

11 GO分析傻瓜式教程

13 GSEA分析傻瓜式教程

15 渐变火山图傻瓜式教程图

17 GEO+TCGA数据挖掘课

19 41GB的生信分析+实验资源

2 shRNA设计

4 Crispr-csa9素材

零代码复现5分SCI教程

8分SCI零代码复现步骤

10 超全生信数据库使用教程

12 KEGG富集分析教程

14 Meta分析范文+实操课

16 交集基因筛选高级教程

18 生信软件合集

辛苦整理,全文无任何广告!

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