伯驾是第一个来华的医疗宣教士，他在一八三五年创办的「博济医院」则是中国境内第一所现代化的医院。这所医院最初座落在广州城外西南方的外商社区中，规模不小，候诊室可以容纳二百多人，病房可以容纳四十多人。
开院后不过十七天，病历表就增加到二百四十多张，这里面还包括了几位衙门的官员在内，可见伯驾的医术很快就受到中国人民的信任。
为了使日渐增多的病人能够循序就医、提高效率，伯驾在病人进门后，先发以竹片制成的长方形号牌，然后病人就按照号牌上的号码，循序进入诊疗室。据说这种已为今日世界上各医院普遍采用的「挂号制度」，还就是渊源自伯驾在博济医院的这套设计呢！
伯驾的专长本为眼科，所以一开始只看眼科的病，后来应病人的再三要求，也开始为他们看其它的病，从麻疯病、象皮病到疝气、肿瘤，无所不看，终于成了一个「全科大夫」。
其中尤其在外科方面，伯驾在中国近代医学史上写下了几个重要的首创纪录：一、割除扁桃腺(一八三六年)，二、割除结石(一八四四年)，三、使用乙醚麻醉(一八四七年)与氯仿麻醉(一八四八年)。
此外伯驾也以割除肿瘤而著名，例如他的第四四六号病人就是一个严重的肿瘤患者，从右太阳穴一直向下长到右颊，整个右眼几乎都被遮住了，结果伯驾为这小女孩施行手术，割下了这颗重达一又四分之一磅重的肿瘤，挽回了她的性命。
总计伯驾在华大约二十年的行医时期中，他一共看过五万三千多个病人。这里面从两广总督耆英到混身长疮的乞丐，从当地人到外地慕名而来的人都有。
在他所挽回的许多性命中包括了第一位华人牧师梁发在内，伯驾曾说：「我一生之中即使未做过其它善工，只恢复了这个为上帝所爱的仆人的健康，我也已经不枉为一世的人了。」 (引自梁发传，辅侨出版社，第八八页。)后来梁发常到博济医院来与病人谈道，为伯驾分担了许多辛劳。
伯驾一直视医疗为布道的方式之一，因此他虽然在医术上日益精进，但他信靠上帝之心并末稍减。在为病人进行手术之前，他除了详细研究病情以外，更迫切的为病人祷告。在他的日记中，到处都是将某个病人「交在最大的医生(耶稣)手中」，或为某个病人的痊愈而感谢上帝的记载。
对于病人在手术前的心理状况，他也一样重视，往往先花上几天时间，帮助病人对上帝也产生信心，然后才进行手术;其结果往往是使病人不但得到身体的痊愈，也经历到心灵的更新。
为了引进最新的医学技术，伯驾利用每次回国的机会，到处参观医院、遍访名医。例如他在一八四一年初次返国时，便完成了婚事，但是在婚后不久就与妻子小别，花了将近半年的时间前往英、法两国，向伦敦、巴黎的许多名医请教，获益匪浅。
除了自己重视进修以外，伯驾也训练了一批中国助手，前后大约共有十个人，其中以大弟子邝某最有成就，好几次在伯驾有事出门的期间能够独当一面，病人并不因此而减少。邝某的叔父曾随英人程耐里(Chinnery)学画，因有感于伯驾免费为自己的同胞们治病，他也自愿免费为伯驾将某些病人的病状画下来，成为一幅幅生动的病历资料。
这一百一十幅西式人像画如今都还存在，其中八十六幅在耶鲁医学图书馆(Yale Medical Library，二十三幅在伦敦盖氏医院的戈登博物馆(Gordon Museum at Guy's Hospital)，一幅在波士顿的康特威图书馆(Countway Library)。其中有三十多幅是肿瘤患者的画像，看了那些奇形怪状、丑恶挣狞的肿瘤之后，更让人敬佩伯驾的医术与爱心。
为了使医疗宣教的价值更为人们所重视，伯驾在一八三八年会同了裨治文(Elijah C. Bridgman)与郭雷枢(Thomas R. Colledge)二人发起组织「中国医药会」(Medical Missionary Society in China)。参加成立大会的约有十多人，公推郭雷枢为主席、伯驾为副主席。不过郭雷枢不久就同英国去了，所以实际上是由伯驾来领导这个团体。
「中国医药会」虽不如以后的「中国博医会」(China Medical Missionary Association)那样在统一医学译名、推广医学教育等方面卓然有成，却在联系早期的医疗宣教士方面发挥了很大的功能。下面一连串在中国教会史与医学史上都不可缺少的名字，都曾经是「中国医药会」的成员：雒魏林(William Lockhart)、合信(Benjamin Hobson)、麦嘉缔(D、B. McCartee)......。
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