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论文
Spatially restricted immune and microbiota-driven adaptation of the guthttps://www.nature.com/articles/s41586-024-08216-z
Toufic Mayassi, Chenhao Li, Åsa Segerstolpe, Eric Brown, Rebecca Weisberg, Toru Nakata, Hiroshi Yano, Paula Herbst, David Artis, Daniel Graham, Ramnik Xavier. Spatially restricted immune and microbiota-driven adaptation of the gut. Nature. (2024).
文章内容简介
❝该文章通过空间转录组学和单细胞RNA测序，深入研究了小鼠肠道在稳态和压力状态下的空间和细胞特性，揭示了肠道不同区域的稳健性、适应性及其恢复能力。主要发现包括：
1.肠道区域的稳健性：肠道的转录组特性在微生物和昼夜节律的影响下表现出高度稳健性，同时展现出空间区域特异的转录适应性。 2.中结肠的特异性适应：发现中结肠对微生物的适应由免疫介导，涉及多细胞结构的适应性变化。特定基因如 Ang4 和 Retnlb 在该区域显著表达，与局部应激和微生物调控密切相关。 3.炎症的恢复力：在急性炎症模型中，中结肠的转录特性在炎症后逐步恢复，显示出强大的恢复力。这一现象为理解肠道在疾病中的修复机制提供了线索。 4.细胞与免疫的互作：免疫细胞，尤其是 II 型固有淋巴样细胞（ILC2s），对中结肠特异性适应起关键作用，调节结构细胞功能并促进肠道稳态。 5.技术创新：研究开发了一种“展开”的空间分析方法，结合高分辨率的单细胞和空间转录组技术，全面解析了肠道的区域分布和功能特性。
❝该研究从空间和细胞层面阐明了肠道在微生物、环境压力及炎症条件下的适应机制，为理解肠道稳态和疾病机制提供了重要的理论支持和数据资源，同时也为治疗肠道相关疾病开辟了新方向。同时该论文作者提供了文章中所有分析的数据+代码，因此该论文也是一篇非常优质的数据统计分析及可视化学习资料.
论文图表展示
代码展示
❝通过下方链接可跳转至代码网站，按索引下载对应的数据及代码
https://gitlab.com/xavier-lab-computation/public/molecular-cartography-mouse-gut
代码实际测试结果
由于需要读入2G的数据，作者建议内存至少64G，个人16G电脑不要尝试运行。实际在48G内存的电脑上测试Figure_1a无报错丝滑出图。
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