NC图表复现-R优雅的绘制韦恩点图

科技   2024-11-04 17:26   陕西  

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最近看到后台有不少读者查询韦恩图的绘制代码,交流群内也有读者询问此问题。基础版的韦恩图之前已经做过多次介绍,绘制起来也相对简单,但是对于多组数据来绘制韦恩点图不少读者略有疑惑。本节就来通过nature communications上的论文来介绍韦恩点图绘制,数据来源于论文中的Figure3_c,小编根据个人对数据的理解来进行数据整理及绘图与原文有所出入,只做绘图展示,仅供参考,具体的图形介绍请参考论文。数据+详细代码稍后会上传到交流群内,购买过小编绘图文档的朋友可在所加的交流群内获取下载,有需要的朋友可关注文末介绍购买小编的R绘图文档。购买前请咨询,零基础不要买。

论文

Haplotype-based pangenomes reveal genetic variations and climate adaptations in moso bamboo populations

https://www.nature.com/articles/s41467-024-52376-5#Sec30

结果图

图形解读

该图总共有四组样本,例如第一个柱子表示在 Root、Rhizome、Stem和Leaf四组中共同有3433个基因集,因此在下方点图中四组均有黑点,左侧的水平柱状图则表示该样本组中基因集的总和。R中绘制韦恩点图的包很多,此次主要使用ggupset包来绘图,因此该图可以看作两部分图拼接而成。

ggupset包官方文档

https://github.com/const-ae/ggupset

数据展示

1表示存在,0则表示不存在,所以根据此条件可将常规的数据转换为适合ggupset包绘图的数据格式

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