采样容器根据检验项目，选用硼硅玻璃瓶或聚乙（丙）烯塑料瓶，必须能够用塞或盖紧紧密封。玻璃瓶要容易洗涤；聚乙烯瓶塑料瓶不易破碎和冻坏，便于运送；所有盛样容器必须有和样品一致的标记。盛样品的容器应消毒处理，但不得用消毒剂处理容器。微生物样本容器要求耐高压。
1.选择容器原则：
1.1 容器不能是新的污染源；
1.2 容器壁不应吸收或吸附某些待测组分；
1.3 容器不应与待测组分发生反应。
2.容器的清洗：
新的采样瓶，应经硝酸浸泡；测有机氯农药的玻璃瓶，则应经铬酸清洁液浸泡，以破坏原来沾污的有机氯。在用酸浸泡之前，先用常水刷洗，尽可能预先除去原来沾污的物质。用铬酸清洁液浸泡后必须用自来水冲洗7-10次，再用纯水淋洗，盛放过高浓度某种组分的样品瓶最好弃之不用。
3.用于微生物检验样品的容器：
3.1 采用热力灭菌是最可靠而普遍应用的灭菌方法。热力灭菌分干热和高压蒸气灭菌两类。聚丙烯瓶只能用高压蒸气灭菌，玻璃瓶可用两种灭菌方法。干热灭菌之后，玻璃容器是干燥的，便于保存和应用，高压蒸气灭菌之后，应自灭菌器中取出放在烤箱内烤干，干热灭菌所需温度较高，时间较长。高压蒸气灭菌法要求121℃、15min 即可杀死芽胞。干热灭菌法杀死芽胞需160℃-180℃，维持2h。
3.2 容器及瓶塞、瓶盖应能经受灭菌的温度，并且在这个温度下不释放或产生任何能抑制生物活动或导致死亡或促进生长的化学物质。玻璃或聚乙（丙）烯塑料容器用自来水和洗涤剂洗涤，然后用自来水彻底冲洗。用硝酸溶液（1+1）浸泡，再用自来水、蒸馏水洗净。
3.3 采样用具、容器灭菌方法：
3.3.1 玻璃吸管、长柄勺、长柄匙，要单个用纸包好或用布袋包好，经干烤灭菌后使用。
3.3.2 盛装样本的容器需根据材质不同选择高压蒸汽或干烤灭菌消毒，装载样本的容器可选择玻璃的或塑料的，可以是瓶式、试管式或袋式。容器必须完整无损，密封不漏出液体。
3.3.3 采样用棉拭子、规格板、生理盐水、滤纸等，均要分别用纸包好，经干烤或高压灭菌消毒备用。一次性采样拭子和纸片注意在保质期内使用。
3.3.4 镊子、剪子、小刀等用具，用前在酒精灯上灼烧消毒。
3.3.5 消毒好的用具和运送培养基等要专人妥善保管，定期更换并防止污染。
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