2024年12月10日， Nature Communications 在线发表了由法国巴斯德所François-Xavier Weill 联合澳大利亚、英国、德国、日本、美国、爱尔兰、俄罗斯、中国（中国沙门菌数据库CLSGDB的创建者河南农业大学王亚楠教授、上海市疾病预防控制中心许学斌教授、中国科学院微生物研究所朱宝利教授）等合作解析了全球基因组学视角的乙型副伤寒沙门菌种群结构、地理分布和进化特征。在这项工作中，该研究使用了来自全球不同时空的568个乙型副伤寒沙门菌基因组，以探究乙型副伤寒沙门菌的全球种群结构、地理分布和进化规律。还开发了一种基于SNV的基因分型方法，在Mykrobe开源软件中实施，将乙型副伤寒沙门菌为38种不同的基因型，这些基因型通常具有系统地理信息，从而促进了乙型副伤寒沙门菌的全球基因组监测。总之，利用从历史和最新分离株中精心挑选的基因组数据集，能够揭示乙型副伤寒沙门菌SPB- PG1的种群结构和进化。这种病原体至少在750年前出现，最初在欧洲盛行，但现在世界其他地区活跃，经常出现在缺乏监测体系的地区。公共卫生实验室广泛使用该研究报道的基因分型方案将提高对这种病原体的全球流行病学的理解。论文链接：https://doi.org/10.1038/s41467-024-54418-4。2023年10月3日，中国沙门菌基因组数据库版本2（CLSGDB v2，网址为https://nmdc.cn/clsgdbv2）在线发表于Microbiology Spectrum，题目为Genomic analysis of almost 8,000 Salmonella genomes reveals drivers and landscape of antimicrobial resistance in China。该研究构建了迄今为止中国规模最大、综合性、高质量、开源的中国沙门菌基因组数据库（CLSGDB v2）。基于含有164个沙门菌血清型和295个序列型的CLSGDB v2，绘制并解析了沙门菌耐药基因、毒力基因和可移动遗传元件组图谱和时空动态特征。此外，还发现气候、社会和经济因素与沙门菌耐药性显著正相关。并系统梳理了在中国的分布的沙门菌血清型和序列型多样性。文章链接：https://doi.org/10.1128/spectrum.02080-23。
数据库网址：https://nmdc.cn/clsgdbv2。
2022年11月29日，National Science Review 在线发表了题目为The temporal dynamics of antimicrobial-resistant Salmonella enterica and predominant serovars in China的学术论文，该研究构建了含有164个血清型超过3.5万株沙门菌库、覆盖了5个肠道亚种130个血清型的中国沙门菌血清型基因组数据库，其中29种血清型是首次报道在中国被分离检出。该研究共检出200个不同的序列型（ST），其中在7个血清型中发现了12个新的序列型，新的血清型包括：ST8333、ST9160、ST9161、ST9162、ST9163、ST9164、ST8328、ST8329、ST8300、ST8332、ST8333、ST8334。论文链接：https://doi.org/10.1093/nsr/nwac269。2021年12月Infectious Microbes & Diseases在线发表了题目为Detection of Plasmid-Mediated Tigecycline Resistance Gene tet(X4) in a Salmonella enterica Serovar Llandoff Isolate的学术论文，该研究首次报道了从中国人源样本中分离检出兰道夫沙门菌，首次发现新序列型ST8300；首次在沙门菌中检出质粒介导的替加环素耐药基因tet(X4)；说明：质粒介导的替加环素耐药基因tet(X4)自从2016年就已经在中国人源沙门菌中出现。此外，基于比较基因组分析276,592个细菌基因组，表明有171株分离株携带tet(X)样基因，分布在6大洲的21个国家或地区。论文链接：https://doi.org/10.1097/IM9.0000000000000077。National Science Review：中国沙门菌血清型数据库的构建应用
MS：中国最大的、开源的沙门菌基因组数据库坂本2的构建及应用
IMD：质粒介导的替加环素耐药基因tet(X4)在沙门菌中的首次检出
J Hazard Mater | IF12.2：河南农业大学王亚楠和许学斌、胡屹联合解密中国166家医院废水中耐药基因和质粒景观
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