【生信入门笔记】| 超简单!手把手教你搭建R和RStudio Server

文摘   科技   2024-08-29 12:54   甘肃  

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在生物信息学的学习和研究中,R语言无疑是一个强大的工具,几乎可以处理从数据整理到复杂的统计分析再到可视化的一切任务。而RStudio Server作为R语言的集成开发环境(IDE),为用户提供了更为友好的界面和丰富的功能,极大地提升了工作效率。本文将介绍如何搭建R和RStudio Server,帮助你在本地或远程服务器上顺利开启R的探索之旅。

本文主要内容

  • 服务器准备

  • 远程连接

  • 安装R和RStudio Server

    • 安装R

    • 安装RStudio

    • 防火墙修改

  • 添加用户

  • 登录RStudio Server

服务器系统版本:Debian 12

服务器准备

如果你还没有服务器,可以考虑以下几种主流的云服务器提供商:阿里云腾讯云华为云京东云等。

笔者推荐雨云雨云提供了不同配置服务器的1元试用功能。雨云成立于2018年,是具有自主知识产权的国产云计算服务提供商。雨云为广大用户提供简单易用、便宜实惠、可信赖的云产品。主营包括云服务器、裸金属服务器、虚拟主机、游戏云、对象存储、CDN内容分发等广受好评的云服务产品。

雨云官网:https://www.rainyun.com/sign_

远程连接

笔者使用MobaXterm

MobaXterm官网:https://mobaxterm.mobatek.net/

都安装RStudio Server了,不可能不会使用远程连接工具吧(手动狗头.jpg)。

安装R和RStudio Server

登录服务器后,更新软件包列表,检查可用的软件包更新

sudo apt update

必应搜索RStudio Server,直接进入官网

切换至Debian,此处按照服务器操作系统选择。

安装R

sudo apt-get install r-base

安装RStudio

sudo apt-get install gdebi-core

在这里,我们建议创建一个文件夹来作为RStudio安装存储目录,例如:

mkdir /home/RWork
cd /home/RWork
wget https://download2.rstudio.org/server/focal/amd64/rstudio-server-2024.04.2-764-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-2024.04.2-764-amd64.deb

安装完成后,会显示active

当然,也可以输入如下代码查看运行状态:

sudo rstudio-server status

如果对配置做了改动,常用的命令如下:

sudo rstudio-server start 
sudo rstudio-server status 
sudo rstudio-server stop 
sudo rstudio-server restart

防火墙修改

不同的服务器厂商对于安全组的管理不同。本文所使用的雨云服务器在服务器详情页可进行设置。

添加用户

默认情况下,RStudio Server不允root用户登录,所以我们需要新建一个没有root权限的用户。且为该用户创建相应的用户文件夹,否则会出现无法连接R Session等错误。

错误弹窗内容如下:

could not connect to the r session on rstudio server unable to connect to service

创建用户

sudo useradd demo
sudo passwd demo

创建用户对应文件夹

mkdir /home/RWork/demo
chown -R demo /home/RWork/demo

登录RStudio Server

在浏览器地址栏中输入公网IP:8787即可进入RStudio Server

输入新创建的用户名及密码,登录即可



主要参考:

[1.] https://posit.co/download/rstudio-server/ 

[2.] https://mp.weixin.qq.com/s/XfKgjwYVKPs7dUu2jzB6RA

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