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在生物信息学的学习和研究中,R
语言无疑是一个强大的工具,几乎可以处理从数据整理到复杂的统计分析再到可视化的一切任务。而RStudio Server
作为R语言的集成开发环境(IDE),为用户提供了更为友好的界面和丰富的功能,极大地提升了工作效率。本文将介绍如何搭建R和RStudio Server,帮助你在本地或远程服务器上顺利开启R
的探索之旅。
本文主要内容
服务器准备
远程连接
安装R和RStudio Server
安装R
安装RStudio
防火墙修改
添加用户
登录RStudio Server
服务器系统版本:Debian 12
服务器准备
如果你还没有服务器,可以考虑以下几种主流的云服务器提供商:阿里云
、腾讯云
、华为云
、京东云
等。
笔者推荐雨云
。雨云
提供了不同配置服务器的1
元试用功能。雨云成立于2018年,是具有自主知识产权的国产云计算服务提供商。雨云为广大用户提供简单易用、便宜实惠、可信赖的云产品。主营包括云服务器、裸金属服务器、虚拟主机、游戏云、对象存储、CDN内容分发等广受好评的云服务产品。
雨云
官网:https://www.rainyun.com/sign_
远程连接
笔者使用MobaXterm
MobaXterm
官网:https://mobaxterm.mobatek.net/
都安装
RStudio Server
了,不可能不会使用远程连接工具吧(手动狗头.jpg)。
安装R和RStudio Server
登录服务器后,更新软件包列表,检查可用的软件包更新
sudo apt update
必应搜索RStudio Server
,直接进入官网
切换至Debian
,此处按照服务器操作系统选择。
安装R
sudo apt-get install r-base
安装RStudio
sudo apt-get install gdebi-core
在这里,我们建议创建一个文件夹来作为RStudio
安装存储目录,例如:
mkdir /home/RWork
cd /home/RWork
wget https://download2.rstudio.org/server/focal/amd64/rstudio-server-2024.04.2-764-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-2024.04.2-764-amd64.deb
安装完成后,会显示active
:
当然,也可以输入如下代码查看运行状态:
sudo rstudio-server status
如果对配置做了改动,常用的命令如下:
sudo rstudio-server start
sudo rstudio-server status
sudo rstudio-server stop
sudo rstudio-server restart
防火墙修改
不同的服务器厂商对于安全组的管理不同。本文所使用的雨云服务器在服务器详情页可进行设置。
添加用户
默认情况下,RStudio Server
不允许root
用户登录,所以我们需要新建一个没有root
权限的用户。且为该用户创建相应的用户文件夹,否则会出现无法连接R Session
等错误。
错误弹窗内容如下:
could not connect to the r session on rstudio server unable to connect to service
创建用户
sudo useradd demo
sudo passwd demo
创建用户对应文件夹
mkdir /home/RWork/demo
chown -R demo /home/RWork/demo
登录RStudio Server
在浏览器地址栏中输入公网IP:8787
即可进入RStudio Server
输入新创建的用户名及密码
,登录即可
主要参考:
[1.] https://posit.co/download/rstudio-server/
[2.] https://mp.weixin.qq.com/s/XfKgjwYVKPs7dUu2jzB6RA
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