辣椒（Capsicum annuum L.）是全球范围内广泛栽培的香料和蔬菜作物，其富含抗氧化剂（酚类物质、类黄酮等）、天然色素、维生素、矿物质，特别是辣椒素等物质。辣椒素是由香草胺（源自苯丙氨酸）缩合而成的。它在发育中的果实中积累，主要存在于胎座的表皮细胞和其表面的水泡中。然而，辣椒素在发育中的果实中的积累机制，其与辣椒素生物合成途径相关基因的表达模式之间的关系，以及辣椒素在胎座中具体积累过程，至今仍存在知识局限。转录组学研究揭示的基因表达变化如何影响辣椒素的生物合成，也是当前研究领域亟待解决的问题。
2024年9月，Horticulture Research在线发表了湖南农业大学邹学校院士团队完成的题为Full-length Transcriptome Sequencing of Pepper Fruit during Development and Construction of a Transcript Variation Database的研究论文。
该研究通过采用Oxford Nanopore长读长测序技术，对辣椒八种组织在五个生长阶段的全长转录组进行了系统分析，共鉴定出450,015个转录本，其中35,336个为参考转录本（基因），327,268个为新转录本。通过整合基因表达和辣椒发育过程中辣椒素含量的变化，研究阐明了辣椒素生物合成主要来源于缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解以及柠檬酸循环和/或嘧啶代谢途径。最重要的是，研究团队开发了一个用户友好的辣椒全长全谱转录组数据库(Pepper Full-Length Transcriptome Variation Database, PFTVD 1.0)，为用户提供了丰富的转录组和基因组信息，并允许用户使用多种工具进行数据分析。该研究不仅为辣椒的发育生物学研究提供了重要的新见解，也展示了长读长测序在发现植物发育生物学中新基因和转录本方面的巨大潜力。
https://doi.org/10.1093/hr/uhae169
Hortic Res | 湖南农业大学邹学校院士团队在辣椒茎秆抗倒伏研究上取得重要进展
Hortic Res | 多组学联合分析揭示bHLH71-like正调节强光诱导辣椒黄化突变体的叶色黄化
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