图 1 ATAC-seq揭示P. expansum 染色质开放性及转录因子结合位点特征
该项研究通过ATAC-seq分析了P. expansum 在营养生长阶段和侵染阶段的染色质开放性，发现P. expansum在这两个阶段的染色质开放性特征存在显著差异，且启动子区域在基因转录过程中发挥关键作用。此外，ATAC-seq捕获了营养生长阶段和侵染阶段的P. expansum转录因子结合位点的保守特征，分别鉴定出4个和2个转录因子结合位点基序（Motif），这些基序与真菌模式生物酿酒酵母（Saccharomyces cerevisiae）中7个转录因子（YLR278C、HAP3、YPR013C、TYE7、CBF1、RTG3和SIP4）的DNA结合位点呈现出较高相似性。
此外，研究人员对P. expansum 中的bZIP转录因子Atf1的同源蛋白PeAtf1进行了功能研究。结果表明，PeAtf1在调控P. expansum 的生长发育中发挥正向作用，敲除PeAtf1后，P. expansum 的菌丝生长能力和产孢能力显著下降；PeAtf1是P. expansum 响应外源胁迫刺激的关键调控因子，敲除PeAtf1后，P. expansum 的渗透压胁迫耐受性显著下降，但其对细胞壁、细胞膜和氧胁迫的耐受能力增强；进一步研究发现PeAtf1负调控P. expansum 氧化应激关键转录因子PeAP1的转录水平，并影响PeAP1下游抗氧化途径相关基因（PeSOD、PeGSH-Px、PeCAT、PeNOX1、PeNOX2、PeNDH1和PeGST）的表达水平。
江苏大学食品与生物工程学院博士研究生王祎然为本文第一作者，张红印教授为本文通讯作者。江苏大学食品与生物工程学院杨其亚副教授和王凯利副教授，研究生苏盈盈和陈夕飞，以及本科生王钊婷也参与了该项研究。该研究得到国家自然科学基金（32072276、32102030）和博士后基金（2023M741440）的项目资助。
作者团队介绍
张红印，江苏大学公共实验与服务中心主任、食品与生物工程学院教授、博士生导师，兼任中国植物病理学会产后病理学专业委员会副主任委员、中国农学会农产品物流分会副主任委员，国际学术期刊《Postharvest Biology and Technology》（SCI收录，中科院一区）和《New Zealand Journal of Crop and Horticultural Science》（SCI收录，中科院三区）副主编。
王祎然，江苏大学食品与生物工程学院博士生，本科毕业于南京农业大学食品质量与安全专业，硕士毕业于澳大利亚墨尔本大学食品科学专业。研究方向为果蔬采后病原菌的致病机制，目前以第一作者身份发表SCI一区论文2篇。
https://doi.org/10.1093/hr/uhae186
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