Hortic Res 回看 | 西北大学赵鹏：黑胡桃基因组学和抗病及油脂代谢遗传基础解析

科技 2024-11-20 16:42 江苏

Hortic Res | 西北大学联合西北农林科技大学在黑胡桃基因组学和抗病及油脂代谢基因方面取得新进展

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《园艺研究》第48期作者分享会，邀请了西北大学赵鹏教授线上直播讲解了“黑胡桃基因组学和抗病及油脂代谢遗传基础解析”的相关研究，约2100人次参与了本次直播。

一、报告内容

黑胡桃（Juglans nigra，2n = 32）隶属于胡桃科胡桃属，也称为东部黑胡桃（eastern black walnut, EBW），为重要的木本经济树种，是优质的木材原料，油脂蛋白含量高且营养丰富。该树种也作为栽培核桃（Juglans regia）砧木的重要资源。黑胡桃作为重要的木本经济植物，其遗传基因组学研究亟需深入研究。主要报告内容高质量的染色体水平的黑胡桃基因组学数据构建；胡桃属植物比较基因组学；黑胡桃物种群体动态历史；泛基因组学基因组层面遗传变异；抗病相关基因家族NBS-LRR演化及表达模式；黑胡桃油脂合成代谢通路差异表达基因筛选。

二、主讲人

赵鹏，西北大学教授，博士生导师，西北农林科技大学理学博士，陕西省杰出青年项目获得者。陕西省植物学会副秘书长、理事，西北植物学报青年编委，陕西省首届“秦岭生态环保青年学者”。曾赴美国Purdue University留学。主要研究方向植物分子生态学和基因组学。以世界重要经济树种胡桃属植物为研究模型材料，开展生态遗传进化和群体基因组学研究，将分子生物学技术和方法应用到森林树种生物多样性和演化历史研究，理解森林植物如何适应生态环境变化的遗传学机制，推动林木遗传及资源生物持续利用的分子基础研究。

三、精彩问答

问题1：Fig. S8中Juglans nigra基因组内的共线性分析，为什么只有5329个基因对？Fig. S9中其他基因组点图中共线基因对16725-24873

问题2：做利用山东农大RNA抗病数据的时候，参考基因组仅选定一个来进行分析吗？

问题3：pan-genome分析使用了多少基因组数据？是否构建了gene family-based 或者graph-based pan-genome？

问题4+5：气候冰期指什么时期？群体重测序中怎么得到在核桃在冰期的一个进化现象呢？

问题6：非模式植物的参考基因组有什么选择原则吗，特别是做转录组的时候？

问题7：通过油脂代谢遗传基础的研究结果，在为后期研究中能够提供哪些帮助？

问题8：文章中目的是将黑核桃的抗性性状应用到核桃上。能否具体说一下，接下来课题组的具体方向吗？除了砧木方向。

问题9：重点关注黑胡桃基因组中5个NBS基因，其对应核桃多个NBS基因的依据是什么？

问题10：赵老师团队核桃属基因组中的两个亚基因组的来源有深入的思考吗？

问题11：如何鉴定到抗病候选基因？

四、往期回顾

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【第46期】枇杷基因组进化规律和抗旱调控基因功能解析

【第45期】猕猴桃T2T参考基因组绘制与quarTeT工具包开发

【第44期】萜类合酶基因在陆地植物中的起源和演化

【第43期】基因组学分析揭示花椰菜分步驯化与花球形成分子机制

【第42期】柑橘油胞发育之谜

【第41期】番茄表皮改造与环境适应

【第40期】一作手把手教你使用多组学大数据分析和可视化的工具

【第39期】种系特异小RNA位点介导猴面花物种形成

【第38期】回归优雅—当基因组学遇到园艺学

【第37期】大白菜生殖隔离的调控机制

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编辑：王平

审核：尹欢、孔敏

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园艺研究

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