【程序分享】CRYSTALpytools 程序: 晶体代码的 Python 基础架构

文摘   2024-09-25 17:55   吉林  



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分享一个 CRYSTALpytools 程序:晶体代码的 Python 基础架构


感谢论文的原作


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主要内容

CRYSTALpytools是GitHub上的一个开源Python项目,它实现了一个用户友好的界面,可以访问用于量子力学凝聚态模拟的Crystal代码。CRYSTALpytools提供以下功能:I)为一系列计算(单点、电子结构、几何优化、谐波和准谐波晶格动力学、弹性张量评估、电子密度的拓扑分析、电子传输等)写入和读取晶体输入和输出文件;ii)提取相关信息;iii)创建工作流程;iv)后处理计算量,以及v)以各种风格绘制结果,用于快速和精确的视觉分析。此外,CRYSTALpytools允许用户分别在pymatgen和ASE库的结构和原子对象之间转换Crystal对象(项目的中心数据结构)。这些工具可用于创建、操作和可视化复杂的结构,并将它们有效地写入水晶输入文件。Jupyter笔记本也是为不太懂Python的用户开发的,通过用户友好的图形界面和预定义的工作流来指导他们使用CRYSTALpytools,以完成不同的特定任务。”——取自文章摘要。

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Figure 1

Figure 2

Figure 3

Figure 4

Figure 5

Figure 6

Figure 7

Figure 8

Figure 9

Figure 10

InstallationCreate a conda/anaconda environment
This step is not mandatory, but it makes using CRYSTALpytools very smooth. It is, therefore, very recommended. If you are new to anaconda, please follow these steps to install it on your computer.
Create a new conda environment:
conda create --name crystal python=3.9
In the line above, “crystal” is the name of the environment and can be set to any you like. The “python=3.9” ensures that the suitable python distribution is installed.
Activate the conda environment:
conda activate crystal
Install CRYSTALpytools
The CRYSTALpytools package can be installed from pip. Pip is a package-management system written in Python and is used to install and manage software packages (called modules in python).
pip install --upgrade CRYSTALpytools
Windows users might need to install windows-curses. This can be done by using:
pip install windows-curses
To check that CRYSTALpytools was install please type
conda list
This will return a list of all the modules installed in the environment. Here there should be CRYSTALpytools. If this was not the case, something went wrong during the installation. Please check the location of the environment that is being displayed. This appears at the beginning of the conda list command. The most common mistake at this stage is that the environment was not activated as described above.

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文章题目:

CRYSTALpytools: A Python infrastructure for the Crystal code


文章链接:

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0010465523001984


https://github.com/crystal-code-tools


https://crystal-code-tools.github.io/CRYSTALpytools/



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