单细胞代谢分析(通路活性分析-scFEA-Compass集齐):垃圾包就不要用了

学术   2024-10-31 09:00   重庆  

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单细胞转录组代谢分析

关于单细胞转录组的代谢分析,都是一些代谢推断,有评分、活性分析,也有代谢通量的分析。从严谨度和可信度来说,听说有这样的排名:compass >scFEA > pathway activate score > scMetabolism。萝卜青菜,各有所爱,选择合适的方法解释自己的生物学现象即可!不过我还是得喷scMetabolism,一个评分集合成的R包,成为许多人的救命稻草,这是我做过最后悔的分享,首先这个包没人维护,其次本质就是基因集评分,然而每个月都有络绎不绝的人来咨询我,报错怎么修改,我的建议是要么放弃他,要么自己做通路评分、AUCell、Ucell、ssGSEA、VISION哪个不行呢!总之别为它费一分一秒!期待以后还有更好的工具吧!


点我跳转(视频教程)Compass代谢分析详细流程及python版-R语言版下游分析和可视化


点我跳转scFEA:单细胞转录组代谢通量分析


点我跳转单细胞转录组代谢通路活性分析及注释可视化(视频教程)


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