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2、特色帖子
过去四年,我们有很多帖子,不敢说是全网首发,至少在网上找不到相关的教程!而且这些帖子也是极其有用的,对于自己的文章和数据分析都是画龙点睛的作用!
PySCENIC(四):pyscenic结果之差异转录因子分析及其他可视化
Monocle3:单细胞拟时分析---个性化分析思路及可视化
复现《Cell stem cell》图表:STRING互作分析+igraph绘制大型蛋白互作网络图
Monocle3个性化分析作图:拟时热图/拟时基因GO分析/拟时基因趋势分析
单细胞RNA速率分析(2):R语言版RNA速率分析分析及可视化
(视频教程-打破壁垒)单细胞SCENIC个性化分析之regulon module分析(CSI计算及可视化)
。。。。。
还有一些原创自写函数:
重启之普通R转录组分析(3):写一个通用的Deseq2多组差异分析函数
nature级别图表:一个注释气泡热图函数(适用于单细胞及普通数据)
单细胞scRNA/scATAC之marker基因个性化展示气泡图函数(视频教程)
Bulk RNA(普通转录组)多组差异基因分析函数(视频教程)
细胞通讯Cellchat V2和Cellphonedb V5细胞互作网络图函数(视频教程)
连夜苦战---Cellphonedb v5受配体多组比较气泡图(原创函数)
。。。。。。
3、组学分析内容集合整理
虽然我们并不是最好的,但还是有很多小伙伴反映觉得还可以,对其有帮助,我觉得这就已经很好了。我们也不是全能的,不是所有的都懂,尽力做最好的分享,希望能在某一个方面、甚至某一个点上帮助更多人。
分类集合参考:微信VIP新版合集:我们很听话的进行了更新、再找不到打屁股
以下是全部内容(持续更新中......)。
2.跟着Cell学单细胞转录组分析(二):单细胞转录组测序文件的读入及Seurat对象构建
3.跟着Cell学单细胞转录组分析(三):单细胞转录组数据质控(QC)及合并去除批次效应
4.跟着Cell学单细胞转录组分析(四):单细胞转录组测序UMAP降维聚类
5.跟着Cell学单细胞转录组分析(五):单细胞转录组marker基因鉴定及细胞群注释
11.跟着Cell学单细胞转录组分析(六):细胞比例计算及可视化
12.跟着Cell学单细胞转录组分析(七):细胞亚群分析及细胞互作
13.跟着Cell学单细胞转录组分析(八):单细胞转录组差异基因分析及多组结果可视化
14.跟着Cell学单细胞转录组分析(九):Monocle2拟时分析演示(上)
15.跟着Cell学单细胞转录组分析(十):Monocle2拟时分析演示之结果可视化(下)
16.跟着Cell学单细胞转录组分析(十一):单细胞基因评分|AUCell评分
17.跟着Cell学单细胞转录组分析(十二):转录组因子分析
18.跟着Cell学单细胞转录组分析(十三):单细胞GSVA分析|这个包涵盖大多数物种
19.单细胞marker基因可视化的补充---密度图与等高线图
20.ggplot做对角线火山图---与单细胞差异基因可视化更配哦
21.复现Nature medicine图表---堆叠柱状图显示每个样本上下调差异基因
24.跟着Cell学单细胞转录组分析(十四):细胞比例柱状图---连线堆叠柱状图
25.复现《Cell》文章图表:气泡热图展示基因表达+分组添加
26.单细胞番外---单细胞数据分析及可视化集成R包Scillus(上)
27.单细胞番外---单细胞数据分析R包Scillus之marker基因可视化(中)
28.单细胞番外---单细胞R包Scillus之差异基因GSEA分析(下)
30.Cellchat(代码详细注释版):单细胞转录组(人、小鼠)细胞互作分析及可视化
31.CellPhoneDB单细胞互作分析(1):Linux软件安装及遇到的Bug(ERROR)解决
32.CellPhoneDB单细胞互作分析(2):数据分析|人鼠基因同源转化|ERROR解决|详细注释版代码
33.CellPhoneDB单细胞互作分析(3):结果可视化作图
34.PySCENIC(一):python版单细胞转录组转录因子分析
36.Nature作图也出错:单细胞UMAP/TSNE图的ggplot做法与修饰
37.(群成员专享免费)复现nature图表:ggplot做堆叠柱状图
38.iTALK---单细胞受配体互作分析及可视化(详细版教程)
39.PySCENIC(二):pyscenic单细胞转录组转录因子分析
40.PySCENIC(三):pyscenic单细胞转录因子分析可视化
41.PySCENIC(四):pyscenic结果之差异转录因子分析及其他可视化
42.CellPhoneDB单细胞互作分析(4):受配体对结果提取及可视化作图
43. Monocle3(1):单细胞拟时分析---分析(详细注释版)
44. Monocle3(2):单细胞拟时分析可视化---普通版
45.玩转单细胞---提取特定基因表达的细胞群分析(一个小问题)
49.nature级别图表:单细胞转录组细胞比例统计可视化函数
50.Monocle3:单细胞拟时分析---个性化分析思路及可视化
54.2023第一弹:跟着Science学分析之单细胞组织偏好性分析(OR)
55.玩转单细胞(5):单细胞UMAP图只标记特定细胞群、圈定细胞群及坐标轴修改
56.单细胞差异基因分析:pseudobulk(muscat包)
58.dittoSeq:一个优秀的单细胞转录组、Bulk可视化R包(都准备过年不学习了嘛?最近阅读好低)
59.(群成员新春免费专享)ggplot展示多组(单细胞)差异基因点图
67.ggplot堆叠图无缝拼接(自写一个简洁堆叠小提琴图函数)
69.Cellchat和Cellphonedb细胞互作一些问题的解决(error和可视化)
70.ggplot修饰monocle2拟时热图:一众问题全部解决
73.nature级别图表:一个注释气泡热图函数(适用于单细胞及普通数据)
75.单细胞RNA速率分析(1):上游分析获得Spliced/unspliced矩阵
76.单细胞RNA速率分析(2):R语言版RNA速率分析分析及可视化
77.单细胞RNA速率分析(3):Python版RNA速率分析分析及可视化
78.Monocle3个性化分析作图:拟时热图/拟时基因GO分析/拟时基因趋势分析
80.scMetabolism:一个简单的单细胞代谢分析R包
81.pySCENIC单细胞转录因子分析更新:数据库、软件更新
82.pySCENIC单细胞转录因子分析更新(2):python版分析及可视化
84.pySCENIC可视化分析更新(3):python版可视化修改
85.复现Science图表:(cellchat、cellphonedb)细胞通讯受配体配对连线表达图
86.小破图硬生生往天花板方向发展:UMAP/TSNE降维图结合细胞比例饼图
88.复现SCI图表:Cellchat多组结果受配体结果气泡图可视化
89.复现Cell:细胞通讯受配体对数量展示(常用热图)换个花样
90.注释气泡图函数(更新)
91.NCS质感图表:Seurat单细胞DotPlot函数基因表达气泡图修饰
92.(视频教程)GSEA分析可视化函数/棒棒糖图展示富集结果
93.scRepertoire免疫组库分析(1):基本分析流程
94.scRepertoire免疫组库分析(2):TCR、BCR结合scRNA
96.复现Cell图表:pyscenic分析之转录因子二项值热图
97.slingshot拟时轨迹分析及个性化可视化(详细注释版)
100.(原创函数:一键出图)单细胞多组差异基因展示及基因标注函数
101.单细胞scRNA/scATAC之marker基因个性化展示气泡图函数(视频教程)
102.单细胞scRNA-scATAC细胞比例堆叠注释柱状图函数
103.marker基因注释热图可视化函数(视频教程-通用函数)
104.(视频教程)单细胞SCENIC个性化分析之regulon module分析(CSI计算及可视化)
105.更新-SCENIC转录因子CSI计算及Module分析及可视化函数
106.复现NC图表:单细胞Seurat包Dotplot函数绘制CNS级别的基因表达气泡图
107.pyscenic分析结果:不同分组/条件单细胞转录因子活性热图
108.(视频教程-复现Science图表)做热图无限添加文本注释及修饰
109.弦图展示单细胞互作数目及受配体对(原创函数视频教程)
113.Seurat来源单细胞PAGA分析(seurat转h5ad)
115.单细胞转录组代谢通路活性分析及注释可视化(视频教程)
117.ArchR包单细胞ATAC分析(2): 数据读入、构建ArchRProject、数据质控
118.ArchR包单细胞ATAC分析(3): 数据降维、去批次、聚类
119.ArchR包单细胞ATAC分析(4): 基因评分和marker基因鉴定
120.ArchR包单细胞ATAC分析(5): scRNA注释scATAC细胞类型
124.单细胞通讯分析之Cellphonedbv5完整内容(视频教程)
125.细胞通讯Cellchat V2和Cellphonedb V5细胞互作网络图函数(视频教程)
126.Bulk RNA(普通转录组)多组差异基因分析函数(视频教程)
127.单细胞代谢scMetabolism的小小修改让其适用于seurat V5
128.玩转单细胞(14): 单细胞分亚群之后分群信息返回原来的seurat对象
129.转录组/蛋白组WGCNA分析及个性化作图---你的CNS文章值得拥有
131.(视频教程)复现SCI图表:单细胞celltype差异基因多彩火山图
132.单细胞转录组分析之DoubletFinder去除双细胞
135.玩转单细胞(15):一些简便的作图、数据运行处理小技巧
137.复现Nature图表:单细胞UMAP图指示celltype和marker基因
138.单细胞seurat V5转V4格式及seurat转为h5ad格式
139.基于cellchat互作分析:弦图展示细胞互作受配体对结果(一键函数)
141.10X-Visum空间转录组(2)---下游分析数据基本处理-降维聚类-可视化
142.10X-Visum空间转录组(3)---细胞注释|基因集评分
143.ggplot作图实现线条注释-气泡图展示单细胞cluster与celltype注释
145.Cellphonedb单细胞互作分析数据库更新及自定义
146.10X-Visum空间转录组(4)---cellchat V2空转互作分析及可视化
148.复现cell子刊图表:Seurat包DotPlot纯修饰分面气泡图展示基因表达
149.复现cell子刊图表:Seurat包DotPlot纯修饰分面气泡图展示基因表达
150.(原创函数)-Cellchat受配体多组比较气泡图函数
151.你有我有全都有呀!-连续出击cellphonedb v5受配体多组比较气泡图(原创函数)
152.Seurat包VlnPlot小提琴图修饰---顺带一个函数展示基因表达小提琴图+细胞比例饼图
153.单细胞亚群分析不确定用哪个基因定义细胞群(Xgene+/high cells),不妨试试这个NC的思路!
154.CytoTRACE2:单细胞转录组细胞分化潜能推断-拟时起点参考(R语言版及Python版)
155.(视频教程): Monocle2安装包测试、分析流程及可视化修饰
156.(视频教程): Monocle3分析流程-分析简化函数和可视化函数
157.基于cellphonedb互作分析:弦图展示细胞互作受配体对结果(一键函数)
158.不想用Cytoscape:pyscenic单细胞转录因子分析TF-target网络图
159.单细胞marker基因表达密度图-(还有一个包装函数)
160.(视频教程)Compass代谢分析详细流程及python版-R语言版下游分析和可视化
161.Monocle3-密度图展示celltype随拟时分布
162.【一键函数】单细胞marker基因平均表达量热图函数
163.【视频教程】Nichenetr V2(一):单细胞通讯分析基础流程及可视化修饰
164.Nichenetr V2(二):推断ligands-target信号途径
165.【视频演示】Nichenetr V2(三):nichenet分析之基于ligand-receptor的ligands排序
持续努力ing.....
4、付费可视化集合整理
1.(群成员专享免费)复现nature图表:ggplot做堆叠柱状图
2.Nature作图也出错:单细胞UMAP/TSNE图的ggplot做法与修饰
3.(群成员专享免费)R语言ggplot批量做折线图并添加误差线(for 循环)
4.用R做中国地图并实现地图编注---制作一幅自己的旅游足迹地图
5.ggplot学做NC文章分许柱状图、添加抖动点、添加误差线
7.复现《nature communications》散点小提琴图+蜜蜂图
10.复现《Cell》图表:ggplot做回归、折线图并添加置信区间
11.R语言ggplot批量做折线图并添加误差线(for 循环)
12.热图4:ComplexHeatmap画复杂热图行列注释
14.复现NC图表:相关性分析气泡图(热图)---同时展示正负调控关系和显著性
15.复现NC图表:ggplot气泡图展示基因表达量|多种组合图展示分组
18.graph包:圆状网络图的绘制|互作网络图|基因通路网络图
19.跟着Cell学单细胞转录组分析(十四):细胞比例柱状图---连线堆叠柱状图
20.复现20分文章的图形分析---学习两组差异基因可视化八象限图
21.ggplot做对角线火山图---与单细胞差异基因可视化更配哦
22.ggplot做火山图---添加任意基因标签|||突出显示标记基因
26.不好好做图的NSC系列(九):ggplot2重现Nature文章折线图+多图叠加
27.不好好作图的NCS系列(四):这篇Cell散点图的新奇做法还是第一次见②
28.复现《nature communications》图表(五):GWAS曼哈顿图和qq图复现
29.复现《Cell stem cell》图表:STRING互作分析+igraph绘制大型蛋白互作网络图
30.ggtree+ggplot做聚类堆叠柱状图(可举一反三)
32.复现nature medicine图标:扇形气泡图多维展示数据
33.环形柱状图or极坐标图///标签角度调整///环形分组注释
34.重启之普通R转录组分析(1):Bulk RNA上游分析
35.重启之普通R转录组分析(3):写一个通用的Deseq2多组差异分析函数
36.重启之普通R转录组分析(4):批量火山图添加标记基因和分组标题
39.(视频教程)复现nature图表:ggtree复现层次聚类树及作图修饰
44.先试试水-Python版WGCNA分析(pyWGCNA)
46.复现高分SCI图表:极坐标(雷达图)展示分组基因表达及显著性
47.(视频教程集)ggplot密度图-柱状图示例-legend设置-ggplot作图诸多问题详解
48.复现Nature图表:分组富集分析条形图展示通路及基因
49.(视频教程)复现Nature图表:富集分析DEscore及可视化
52.复现Science图表-词云图|富集分析结果文字展示形式
54.花里胡哨|GSEA结果展示新函数-gene rank-p.adjust-NES值展示
55.(更新)复现Cell子刊图表:GSEA多组结果可视化函数
56.复现Cell、Nature富集分析结果可视化-Fold enrichment计算-ggplot2气泡图发光伪3D效果
持续努力ing.....
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