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library(tidyverse)library(igraph)library(ggraph)library(ggplot2)library(ggnetwork)setwd('D:\\KS项目\\公众号文章\\pyscenic-TF-target-gene-网络图')df <- read.csv('sce.adj.csv',header = T)colnames(df)[3] <- 'Weight'#我们选择需要的TF去呈现df_sec <- df[df$TF %in% c("SOX7", "SOX15","TAL1"),]df_sec <- df_sec[df_sec$Weight >10,]
构建网络gr <- df_sec %>% graph_from_data_frame(directed = T)添加一些TF、targrt信息，方便后续数据修饰type = names(degree(gr))定义TF和targrt typetype[V(gr)$type %in% c("SOX7", "SOX15","TAL1")] = 'TF'type[V(gr)$type %in% df_sec$target] = 'Target'size[V(gr)$type =="TF"] = 2size[V(gr)$type =="Target"] = 1color = 'white'
p = ggraph(gr, layout = 'sugiyama') +geom_edge_link(aes(color = "#D6404E"), show.legend = F) +geom_node_point(color = 'white')#网络图#获取网络图数据，添加一些自己需要的信息pData = p$datapData = pData[rev(order(pData$type)),]pData$color[1:3] <- c("#377EB8","#FF7F00", "#4DAF4A")pData$color[pData$color == "white"] <- 'grey'#ggplot格式作图，添加上其他内容即可p + geom_point(data=pData,aes(x,y,color=color,size=size,stroke=1), show.legend = F) +scale_color_manual(values=pData$color) +geom_text(data=subset(pData, type=='Target'),aes(x,y,label=name),size=3,fontface="italic", angle=45, hjust=1)+geom_text(data=subset(pData, type=='TF'),aes(x,y,label=name), size=4,fontface="bold")+theme_graph()+scale_y_discrete(expand=expansion(mult=c(0.5,0.05)))
p = ggraph(gr, layout = 'fr') +geom_edge_link(aes(color = "#D6404E"), show.legend = F) +geom_node_point(color = 'white')#网络图#获取网络图数据，添加一些自己需要的信息pData = p$datapData = pData[rev(order(pData$type)),]pData$color[1:3] <- c("#377EB8","#FF7F00", "#4DAF4A")pData$color[pData$color == "white"] <- 'grey'#ggplot格式作图，添加上其他内容即可p + geom_point(data=pData,aes(x,y,color=color,size=size,stroke=1), show.legend = F) +scale_color_manual(values=pData$color) +geom_text(data=subset(pData, type=='Target'),aes(x,y,label=name),size=3,fontface="italic")+geom_text(data=subset(pData, type=='TF'),aes(x,y,label=name), size=4,fontface="bold")+theme_graph()
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