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#参考文章:https://www.nature.com/articles/s41467-022-31797-0
#代码:https://github.com/OSU-BMBL/Spinal-cord-scRNAseq
之前在发布的时候,其实也考虑到有小伙伴是cellphonedb结果展示的需求。但是我觉得只需要整理数据形式就可以了,没有单独修改函数。这不近期有小伙伴有这样的需求,那么本着我们“以人为本”的原则,这个麻烦就不让群里的小伙伴受了。我们在原来cellchat结果展示的基础上,连夜做了数据格式整理修改,让其也适用于cellphonedb结果的展示,同样能满足之前所有效果。本函数已上传微信VIP群!
接下来测试一下,细胞是随机选的,调整阈值,阈值不一样,展示的结果多少也是有变化的!请注意,这里pval、mean的阈值是我作图演示自行设定,自己的数据按照实际情况设定!
#cpdb受配体弦图
#===========================================================================
library(tidyr)
setwd('D:\\KS项目\\公众号文章\\GO_cpdb')
GO_pvals <- read.delim("./statistical_analysis_pvalues_08_15_2024_132104.txt", check.names = FALSE)
GO_means <- read.delim("./statistical_analysis_means_08_15_2024_132104.txt", check.names = FALSE)
cpdb_anno <- read.csv('cpdb_interLR.csv', header = T, row.names = 1)
plot_ccpdb_LR(pval_file = GO_pvals,
mean_file = GO_means,
celltype_inter = c('Endothelial',"Tenocytes","SMC"),
celltype_color = c('#FFE060'='Endothelial','#FA8E24'="Tenocytes", '#DA2828'="SMC"),
pval = 0.01,
mean = 1.2,
cpdb_anno = cpdb_anno,
text_size=0.8,
Group="GO",
legend_in_plot=T)
这样就完成了,很省事了!
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