基于cellphonedb互作分析:弦图展示细胞互作受配体对结果(一键函数)

学术   科学   2024-09-20 09:30   重庆  

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我们之前介绍过一个函数(基于cellchat互作分析:弦图展示细胞互作受配体对结果(一键函数)):原文当中是基于cellchat结果的展示,我们参考原文提供的代码,进行了修改升级,完成了一个函数,能够轻松进行需要的可视化。感兴趣可自行修改,让其适用于更广的范围!
#参考文章:https://www.nature.com/articles/s41467-022-31797-0#代码:https://github.com/OSU-BMBL/Spinal-cord-scRNAseq

之前在发布的时候,其实也考虑到有小伙伴是cellphonedb结果展示的需求。但是我觉得只需要整理数据形式就可以了,没有单独修改函数。这不近期有小伙伴有这样的需求,那么本着我们“以人为本”的原则,这个麻烦就不让群里的小伙伴受了。我们在原来cellchat结果展示的基础上,连夜做了数据格式整理修改,让其也适用于cellphonedb结果的展示,同样能满足之前所有效果。本函数已上传微信VIP群!


我们看看函数参数:对于cpdb,需要其分析结果的两个文件分别是pval和mean,对于互作结果的阈值可以自行设定,首先是显著性pval,然后是互作mean。此外需要注意的是,需要一个cpdb注释文件,是我们在(连夜苦战---Cellphonedb v5受配体多组比较气泡图(原创函数))提到的,原因就是cpdb结果中受配体对的展示有些变化,需要注释一下。

接下来测试一下,细胞是随机选的,调整阈值,阈值不一样,展示的结果多少也是有变化的!请注意,这里pval、mean的阈值是我作图演示自行设定,自己的数据按照实际情况设定!

#cpdb受配体弦图#===========================================================================library(tidyr)
setwd('D:\\KS项目\\公众号文章\\GO_cpdb')GO_pvals <- read.delim("./statistical_analysis_pvalues_08_15_2024_132104.txt", check.names = FALSE)GO_means <- read.delim("./statistical_analysis_means_08_15_2024_132104.txt", check.names = FALSE)
cpdb_anno <- read.csv('cpdb_interLR.csv', header = T, row.names = 1)
plot_ccpdb_LR(pval_file = GO_pvals, mean_file = GO_means, celltype_inter = c('Endothelial',"Tenocytes","SMC"), celltype_color = c('#FFE060'='Endothelial','#FA8E24'="Tenocytes", '#DA2828'="SMC"), pval = 0.01, mean = 1.2, cpdb_anno = cpdb_anno, text_size=0.8, Group="GO", legend_in_plot=T)

这样就完成了,很省事了!


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