写在前面
为了避免今天在 CGMonline 技术培训期间翻车，早起后简单对GSAman的多数操作进行了GIF动图制作，进而有今天的推文。这份推文我还是相对满意的，动图对于界面化软件的演示来说，似乎比较合适：
比文字版本更生动；
比视频讲演的信息密度更高。
回到主题，动图如下
首先是如何安装 GSAman 软件
安装GSAman 比较简单，下载好安装器之后，双击安装即可。MacOS下可能有软件安全提示，不用担心，没有毒。
如何开始 GSAman 模式
要开启 GSAman 模式，只需要修改一个GFF3或者GTF文件的文件名后缀为.gsaman 或者 .gsawoman 即可。后者是内存模式，速度快1000倍。
使用鼠标拖拽调整外显子边界
键盘摁住 CTRL，鼠标拖拽接口随意调整外显子边界
快速跳转到附近的基因
鼠标右键菜单，Quick Jump即可调出 Quick Jump 窗口，点击即可快速跳转到附近基因区域，方便快速批量矫正。也可以直接使用快捷键 Alt+J，直接调出Quick Jump窗口。
直接复制 CDS、mRNA序列和ID
IGV的使用痛点之一，是无法直接复制CDS或者mRNA序列。在GSAmanTrack中，鼠标右键菜单中可以直接支持。
支持异常外显子边界自动检测
GSAman中调整外显子边界，可以开启边界序列模式自动检测功能，可以辅助更好进行基因结构注释矫正的优化。
展示丰富的注释信息
在GSAman中，支持自定义展示的注释信息，以及标注信息，方便进行数据挖掘。
时光机/回退操作
有时候不小心搞错了，错误调整边界或者删除了转录本等，可以撤回操作。时光机支持单步或多步回退。用户可以使用 Alt+Z，回退到上一步。
切换正反链着色模式
有朋友认为正反链着色应该调换一下，所以有这个功能。
直接调用Augustus进行基因结构预测
许多时候，我们快速构建一个基因结构模型，然后在手动修改。那么可以直接调用Augustus进行预测。
借助Softberry fgenesh基因结构预测
不少人比较习惯使用 softberrty 的 fgenesh 进行基因结构注释预测。事实上，这个表现跟augustus类似。两者我认为不相上下，不过后者其实还可以自己训练模型。GSAman提供接口，支持快速导入softberrty 网页预测的基因结构结果。
基于 BLAT 进行转录本重构
有时候我们有一个基因的核酸序列，知道位置，但希望得到结果注释，可以基于BLAT来重构。事实上，近源的蛋白序列作为输入也同样支持。
新增一个转录本
在一些位置的注释是缺失的，可以直接新增一个转录本，通过菜单。或者，也可以直接通过快捷键实现，Alt+N。
复制一个转录本
有时候，我们希望新增一个可变剪切，那么可以直接复制一个转录本，随后再改吧改吧得到新转录本。也有一些时候，我们担心修改出来的转录本没有原来的好，那么可以先复制一个，改吧改吧，搞定了再删除原来的。快捷键：Alt+C。
对一个转录本进行重命名
快捷键 Alt+R。
切分一个转录本为两个
有不少基因位置靠近，如串联重复，容易被组装成一个基因，这个时候最好的办法是，直接切分开来。
合并多个转录本为一个
与切分转录本正好相反，有些转录本会被组装成多个。GSAman也支持直接合并。
删除选中转录本
有些基因本身就是错误注释，直接删除即可。快捷键 Delete。
切换转录本方向
有时候一些转录本方向有问题，可以直接切换
编辑转录本信息
矫正基因结构注释的同时，常常需要对转录本进行一些文字方面注释。GSAman也支持ManInfo，方便用户快速对基因进行标签注释。可以通过鼠标右键菜单进入编辑窗口，也可以使用快捷键Alt+E快速进入。
切分一个外显子为两个
许多时候，我们不仅仅需要修改转录本，还需要对exon进行编辑。GSAman支持切换一个外显子为两个。
新增一个外显子
鼠标右键，在内含子区域可以直接新增一个外显子。当然，这个是常见操作，可以直接通过快捷键增加 Alt+x。
删除一个外显子
与增加外显子对应，我们可以删除外显子。快捷键增加 Alt+d。
预测CDS
针对矫正好的基因结构，我们需要对其进行编码区域预测，Predict CDS 可以预测最长 ORF 或者指定正负链预测。快捷键 Alt+P 会快速预测最长 ORF，往往这就是大伙想要的。
二代测序局部 de novo 组装
有时候，我们只有二代转录组测序数据，基因结构很复杂，我们希望快速重构一个转录本，那么可以直接通过对当前窗口的二代测序reads进行组装，获得序列后直接重构转录本注释。
其他功能
还有丰富功能，不做详细展示：
