考虑到不少朋友对 TBtools 并不是很了解，我觉得似乎有必要专门撰写一份教程，使得几乎所有人都能轻松使用 TBtools 开发插件。
这份指南大体分为两个部分：
简单介绍 TBtools 插件开发的背景，知其道用其妙
针对不同类型程序/脚本，分别给出一个实例，进而方便参考实践
获取 TBtools 插件开发的插件
要开发 TBtools 插件，需要使用「Plugin Creator」（原名「CLI Program Wrapper Creator」）。可以直接在 TBtools 插件商店安装。
插件商店中，Basic 找到 Plugin Creator 即可
打开插件设计功能，可以看到界面
TBtools 插件的基本逻辑非常直接~
为什么？因为 TBtools 插件本身只做了一个事情，那就是将「命令行」转化为「界面」。当然其中会有一些过程逻辑的优化，但本质就是只要程序可以通过命令行执行，那么就可以界面化。所以，基本逻辑非常直接。
Plugin Creator 界面简介
插件制备界面看起来有点复杂，但实际很简单。不是所有人，不是所有插件开发都需要用到所有功能。绝大多数时候，我们只用到一小部分功能。
具体见后续「插件开发实例」，以实例来了解不同部分功能和使用方法或者技巧。
整体概况
实时脚本开发模式
实时脚本开发模式，可以展开看看
Manual Inject 进入插件环境开发测试
「Manual Inject」摁钮，用于提供一个方便调试的终端，终端环境与插件待执行命令的环境一致。
为演示这个摁钮的作用，我们直接从操作系统打开一个终端，会发现找不到 R 环境
由于 TBtools 中 R 插件会自动调用 Rserver 插件中的 R 环境，我们可以直接通过 Manual Inject 摁钮切入当前插件的环境。如果需要解决一些R包安装和配置问题，完全可以通过这个终端完成，依赖会被自动保存，方便插件的打包。（实际上，这意味着用于打包的脚本逻辑上还可以不用写依赖包安装的指令）
类似的，我们可以测试 Pyhton 环境。我的笔记本上没有python环境。没有弹出任何东西
通过 Manual Inject ，可以直接解决这个问题。进入插件环境。我们完全可以在其中解决对应程序依赖，比如使用 pip 等，解决完了再直接打包。这感觉对应一些解释型语言，比如 R，python，perl，等等，会非常友好。（PS：或许我们还是要考虑开发一个 Python Server，类似 R server？）
理解元件布局
元件布局的理解相对简单，主要有两点：
布局本身是按照右侧数字填写来规划的，获取 x 最大坐标，从 1 到 n，对应布局最终有 n 列；获取 y 最大坐标，从 1 到 m，对应布局最终有 m 行。对于没有元件填补的，会自动用空白填补
元件从上到下的位置，对于可用参数会按顺次出现在最终执行命令中，相信可以见 Command 示例
TBtools 插件开发可用元件
TBtools 插件的开发时，可以用多种不同类型元件。为此，首先我们可以了解一下具体有哪些界面化元件可以使用。
InFilePath: 设置输入文件
用于接收「一个输入文件路径」，对应界面。
PasteAsInFilePath: 设置输入文件或黏贴文本为输入文件
支持设置输入文件路径，但有时候我们想要灵活一点，比如我们想输入一些很少的文本，想自动基于我们输入或者黏贴的文本，让文本自动转换为文件。从界面来看，支持两种模式「File Input」和「Paste Input」
这个功能我很喜欢，因为有时候懒得去专门做一个文件。
OutFilePath: 设置输出文件
设置一个输出文件路径，效果与InputFilePath类似，但此处设置的是输出文件路径。
TextAsOutFilePath: 设置输出文件路径或直接输出为文本
有时候我们懒得去生成一个输出文件路径，希望获得文本。当然，从软件设计的角度，我们同时支持两种模式，由最终插件用户自己选择。
如果用户点击「Text Output」，那么对应的输出信息会自动更新到界面，方便最终插件用户使用。
FilePathList: 设置多个文件路径
有时候，一些软件需要输入多个文件路径，形成一个逗号分隔的文本
对于这个功能，输入的所有文件路径会被用逗号串联，作为参数提供给调用的程序。
Directory: 设置一个目录
与输入或者输出文件类似，也可以要求用户输入一个文件夹路径
Text: 设置文本参数
设置一个文本参数，相比于前述元件，Text 元件的提示信息位置有变化，同时默认值也支持。当然也可以为空。
CheckBox：设置勾选框
有一些参数似乎可选的，勾选框勾选时会自动增加到命令，未勾选时则不会。
Choice：设置选择框，单选
按照给定的选项，供用户选择其一
Parameter：设置必备位置参数
有一些参数是必须给的，比如一些调用程序的子程序，举个例子seqkit软件提取序列时一般用grep，综合命令是seqkit grep -f id.list in.seq.fa。其中grep是必备位置参数。那么可以用 Parameter 来指代。这个不会被显示在界面中
Note：用于放置一些提示信息，或工具名字
有时候我们希望给出一些提示信息，比如工具的名字。或者我们也可以放置作者信息之类。
MultiLineNote：用于放置多行文本的提示信息
一些时候，我们可能希望给用户提供更多提示信息。其实也可以放置一些 Demo 信息。按照个人需要来。
Link：用于设置一个超链接，方便用户跳转
注意到，设置超链接需要是完整链接，比如https://www.baidu.com
Image: 用于放置图片
有时候我们或许可以放置一些图片说明，或者甚至作者照片，软件Logo，个人公众号？用户交流群？公司Logo？
注意到，如果给链接，那么也支持用户点击跳转链接
TBtools 插件开发实例
可执行二进制程序的打包，以 BLAT 为例
BLAT 是一个类似 BLAST 的序列比对的软件，尤其体现在会尽量把比对片段串联成一个结果，具体给出示例。
你们不就一直说「TBtools」就是一个「打包其他软件」的工具吗？！
https://www.yuque.com/cjchen/hirv8i/ka8pyiux8lzxs295脚本程序文件直接打包，以 Python 为例
当然，实际上不少脚本程序可以先编译为二进制程序，然后用类似上述 BLAT 的方式打包。这类可以让体积小一点，但有时可能会不太稳定，这个取决于具体编程语言的具体支持程度。实际上，完全可以直接以脚本模式打包。详细以一个 Python 基于输入文本生成二维码的脚本代码作为实例。
Pyhton | 零基础开发 TBtools 实用插件 - 画个二维码
https://www.yuque.com/cjchen/hirv8i/xpffndywtchwg83z实时脚本模式开发
目前来说，实时脚本模式开发插件已有不少人尝试，完全可以用于：
Java
R
Python
...
Java 脚本直接转换为插件
最早我期望让更多人可以用 chatGPT 还是其他，直接用 java 语言开发轻量的 TBtools 插件，尽管还是没有引起太多人兴趣，不过这个模式挺好。可以先看一个示例。逻辑上，我们就是只需要准备一个java程序代码。
动动嘴，「chatGPT」开发一个丐版扫雷游戏 | 用TBtools
https://www.yuque.com/cjchen/hirv8i/pysqydi1ucelkmxR 脚本直接转换为插件
前期 TBtools 有一个专门用于开发 R 插件的插件「Rgui Plugin Maker」，支持了早期不少 TBtools R 插件，整体比较简单，其实就是输入一个 R 脚本。但界面布局不支持实时设置，使用起来不太方便，尤其是依赖包解决上。由于 R 插件可以直接用 TBtools 的 Rserver 插件中的 R 环境，所以我们完全可以融合成一个。于是我做了一下。
合体！用 TBtools 界面化你的程序 / R脚本，更简单了！
https://www.yuque.com/cjchen/hirv8i/dakaef71wpawd4yh总的来说，就是只要有可用的 R 脚本就可以打包成插件，可以是普通脚本，接收命令行参数，也可以是 ShinyApp。现在来说，甚至完全可以用 Manual Inject 来解决依赖。
Python 脚本直接转化为插件
由于目前我没有做 Python Server 插件，所以如果要使用 Python 脚本模式，那么最好是专门准备一个 Python 执行环境，参考上述。将该环境设置为插件依赖目录，参考上述。可以先直接在这个 Python 执行环境中解决依赖，逻辑上也完全可以通过 Manual Inject 启动 CMD或Shell 来解决。
写在最后
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