一、养殖环境和饲养技术相对落后
当前仍旧有很多羊养殖户采取放牧养殖方法，此类小而散的养殖模式与该地区人口现状紧密联系，很多养殖户都是中老年人，并没有更强的精力和经济基础进行规模化饲养，再加上盐源县有丰富的天然草场资源及农副秸秆，能够充分满足羊放牧养殖需求，因此养殖户更多遵循粗放养殖的规律，并不重视羊养殖过程中的草料合理搭配，导致羊生长的不同阶段不能实现营养均衡，进而造成羊群整体免疫力相对较低。与此同时，很多农牧民现有养羊环境条件相对较差，羊舍更为简陋，大多只设置了水槽、料槽等，难以对已经出现普通疾病或传染病的羊进行分隔和单独饲养；一些农牧户会在羊舍内铺筑水泥、设置羊床，但也有很多羊舍夏季时期内部相对闷热，空气浑浊，引发了细菌和寄生虫的迅速繁殖，提高了羊群患病概率。
二、羊疫病防控工作不到位
从羊类容易感染的疾病角度来看，小反刍疫病毒、羊口疮病毒、羊痘、沙门氏菌病等30余种疾病是羊类高发传染疾病，而其他普通类型的疫病也有20余种，此类疫病传染性更强，甚至存在较大隐匿性，对羊群能够造成更强的危害和影响，特别是此类疫病情况高发，传染病零星发散，这也导致在进行养殖期间疫病种类不断增多，甚至很多疫病并未被完全防控净化就已经出现了新型疫病，提高了羊群患病的概率，影响牧民经济收益。与此同时，我国很多地区仍旧存在基层兽医服务能力不足的问题。盐源县基层地区同样也是如此，乡镇虽然设置有兽医站，配有技术人员，但受技术、设施设备等限制，如果发生大规模疫病只能寻求上级部门的协助，如果错失防控时机会造成更多羊死亡和疫病蔓延。
三、养殖户防疫意识相对淡薄
很多养殖户并没有更为科学完善的疫病防控意识，虽然每年政府部门都会组织基层防疫机构为农牧民进行专项防疫服务和疫病防控讲解，为日常科学养殖提供指导意见，但是很多农牧民依旧存在侥幸心理，认为羊疫病发生是偶然性问题，自身只需要日出放牧、日落回家即可，如果羊发生疫病难以采取更加科学有效的防治处理手段，这样更易引发更多疫病传染问题。除此之外，很多养殖家庭农场、专业合作社虽然针对疫病防控工作进行科学规范，例如日常消毒检疫相对完善，但是在羊不明原因死亡或因疫病死亡进行处理时，却仍旧存在不规范处理的问题，为后续疫情的发生和大规模感染造成风险。
四、缺乏科学的养殖场管理制度
养殖场在日常管理的过程中，需要有科学的制度。只有实现养殖场的科学化管理，才能够确保养殖场的各项工作井然有序地开展。但是由于目前大部分的养殖家庭在进行养殖场管理时，都是依照着以往自身的经验。并不注重养殖场管理制度的建立，认为这种制度只是一种形式化的东西，起不到实质的作用。这也导致养殖场无法实现大规模或是现代化的发展，经常会因为制度缺失导致现场管理混乱或者是信息技术应用不当等情况。尤其是对于一些养殖数量较多的牧民，他们为了达到良好的养殖效果，都会选择雇佣员工。没有科学的管理制度，也无法对员工的日常行为进行规范，养殖场整体的管理情况也会因此陷入恶性循环。
