撰写医学论文前需要做大量的准备工作，如首先需要阅读大量参考文献作为积累，其次在课题研究或者临床实践后对所获得的资料及数据加以整理分析，同时还要根据结果对预期的设想进行验证等。论文写作的酝酿与准备几乎伴随着科研的全过程。
在主要结果得出之后应尽早动手为宜，其好处在于：
①研究中的各种情况记忆犹新，印象深刻，便于写作；
②在写作中能及时发现某些研究结果不符合主观设想、或资料上的某些欠缺、或提出一些值得深人的新线索。此时，实验装置、材料等都还保留着,来得及做一些必要的重复实验或补充；
③如果是合作项目，合作者还未分散，便于提出咨询，集思广益。
医学论文各部分应叙述的内容都有一定规范。一般包括确定题目、拟订提纲、初稿写作、稿件修改和定稿誊写等几个步骤。
一、确定题目
确定题目前，一般首先围绕课题搜集有关资料，然后再对实验结果进行整理和提炼，把主要论点作为题目。或者先拟定一个较粗的暂用题目，待论文完稿后再全面斟酌题名。
二、拟定提纲
拟定提纲，一方面可帮助作者从全局着眼，明确层次和重点，防止遗漏。另一方面，通过提纲把作者的构思、观点用文字固定下来，做到目标明确，主次分明，随思路的进一步深化，会发现新问题、新方法和新观点，使原来的构思得到修改和补充完善。同时，完整的提纲也有利于征求合作者意见，集思广益，统一认识。
如系分头撰写，可做到互相协调，任务明确。提纲是用序号和文字所构成的一种逻辑顺序，是论文写作的骨架与轮廓，因此应尽量详细。提纲的撰写方式主要包括标题式和提要式两种。
标题式提纲是以简明的标题形式把文章的内容概括出来，用最简明的词语标示出某部分或某段落的主要内容，这样既简明扼要，又便于记忆，是医学科研人员常用的写作方法。
提要式提纲，是在标题式提纲的基础上较具体明确地概括出各个层次的基本内容，相当于文章的缩写。作者可根据自己的写作习惯选用以上两种提纲形式，无论选择何种或将二者结合，其目的都在于启发写作的积极性和创造性。值得注意的是，在实际的写作过程中作者应做到既有纲可循，又不拘泥于提纲，尽可能地拓宽思路，才能写出好的论文。
拟定提纲的第一步是在确定题目的前提下，明确全文的中心内容。
第二步是按论文写作的格式确定全篇总体安排，将正文分成若干段落，并列出标题。
第三步是在每个标题下面安排要点和细目，简单的可用标题式提纲；复杂的，重要的尽可能写出主题句。
最后一步是参照论文结构的要求，逐项拟定思考分析的逻辑程序、实验观察材料的安排、图和表的使用、讨论的问题、结构的要点、参考文献的序码、页码等。这样就会使论文有一个完整的雏形，为初稿写作奠定基础。
三、初稿写作
初稿写作应按照写作提纲安排的顺序，尽量利用所有的材料，将论文要撰写的内容充分表达出来，并把各个部分的安排进一步调整得当。初稿力求论点鲜明、论据充足、论证合理、内容层次分明、重点突出并逻辑严谨。
初稿的拟写方法有多种，实验研究论文的撰写多采用顺序写作法，即按照医学论文的规范体例或提纲顺序阐述自己的观点，分析实验数据。
还可采用分段写作法，此种写作法多是作者对论文的中心论点已经明确，或提纲已形成，但对某一层次的内容没有把握或尚未考虑成熟，因此可先写好已经成熟的段落内容，待内容成熟或进一步实验后再继续写作，最后依次组稿进而形成初稿。
初稿最好能集中一定的时间和精力一气呵成，以保证思维的连贯性，以免遗漏主要问题。文字修辞可放在修改的过程中再加以完善。
四、稿件修改
修改是对初稿内容的进一步深化和提高，对文字的进一步加工和润色，对观点的进一步订正。无论是初写者还是经验丰富的作者，在初稿完成后都要经过一番审读、推敲、修改才能定稿。
一般认为初稿写作完成后，最好先放置一段时间再动手修改。这是因为刚刚完成初稿时，头脑还未冷静下来思维活动尚处于初稿写作时比较固有的思维模式，不太容易走出原有构思的圈子，若此时对初稿进行修改，不易发现问题。
对初稿的修改可从内容和形式两方面考虑。内容是重点，它决定了论文的水平与价值；而形式则直接影响内容的表达效果。
修改时应注意以下几个方面的内容：即文题是否相符；论点是否鲜明；论据是否充分；论证是否严密；布局是否合理；结论是否科学客观；用词是否符合医学术语；文稿是否符合医学论文写作规范或稿约要求；标点符号应用是否正确；有无错别字；图表设计是否合理、引证著录是否规范等。
有经验的作者在初稿修改前， 都会保留一份原稿，因为有时在几经修改之后，可能会发现某些部分还是最初的写法好。文稿修改后，还可请有关专家、同行审阅修改，以提高论文质量。
五、定稿誊清
在绝大多数情况下，实验性科研论文都不是一次定稿的，总是需要反复进行必要的修改。一般而言，前几次修改着重于内容和结构的调整，后几次修改着重于修辞与其他细节，只有达到层次清楚，数据无误，判断合理，论点明确，结论得当，文字通顺的要求时，才能定稿誊清。书写时要字体端正、笔画清楚、稿面整洁、格式规范；打印时切忌字体太小或排列过密。在稿件誊清时对论文的格式、医学术语、符号、计量单位及表格图片的使用一定要符合相关规范或所投期刊的要求。
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