明朝在东北设立的最早的行政机构是奴儿干都指挥使司（简称“奴儿干都司”），是在1409年由明成祖朱棣下旨设立的。努儿干都司管辖范围大致包括了现在的吉林省、黑龙江省、内蒙古东北部分及以西俄罗斯局部、乌苏里江以东、外兴安岭及以北。
奴儿干都司下辖很多卫所，有的卫所都是明朝军队驻扎，但是距离远的卫所就直接任命当地少数民族头领为卫所长官了，比如后金的创始人努尔哈赤祖上的猛哥贴木儿就曾是明朝的建州卫都指挥使。而努尔哈赤本人还曾被明朝封为龙虎将军，所以历史学家定义努尔哈赤是反叛，不是没有道理的。
永宁寺碑
现在很多人说明朝对东北没有实际管辖权，这根本不对，1411年-1433年(明永乐九年至宣德八年)的22年中，明朝政府曾十次派太监前往视察奴儿干都司，对都司、卫所官员授予官职、印信，赏赐衣物钱钞。并在奴儿干都司的山顶上，修建了永宁寺，先后留有"敕建永宁寺记"和"宣德八年重建永宁寺记"两块石碑(现藏于俄罗斯海参崴博物馆)。这两块石碑有力的证明了明朝管理东北的事实。
位于吉林市的摩崖石刻介绍
朱棣一再强调黑龙江流域是“锁钥之地”，并非对此地不闻不问。而且在今天的吉林市丰满区江南乡阿什村的松花江北岸，有两块摩崖石刻，详细记载了明代骠骑将军、辽东都指挥使刘清3次率领数千官兵、工匠来吉林造船的事迹，证明吉林市是明朝造船运粮基地，由此也可见，明朝政府对东北具有实际的掌控能力。等到了明成祖之后的仁宣二帝，明朝战略全面收缩，南方放弃安南、东北内迁奴儿干都司、对外解散了下西洋人员。也从这之后，明朝对东北的政策由实际掌控转变为怀柔羁縻，客观上造成了日后的劫难。
吉林市摩崖石刻遗迹
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永宁寺碑四种文字六字真言考
永宁寺碑，为纪念永宁寺的修建而立。永宁寺是敕修寺庙，寺名寓意“祈愿奴儿干地区与人民永世昌宁”，不仅是佛教的象征，而且是明朝皇家对于北海边地的首次文化介入，标志着地域文化开启了新篇章。
碑刻作为一种重要的资料，不仅能补充文献的遗缺，而且还可以真实地还原一个区域一段时期的政治文化面貌。元代颇具多民族国家的特征，形成多元文化一体、多民族融合的格局，为明朝所继承。从《永宁寺碑》可以看到奴儿干都司建立过程，以及明朝与奴儿干地区各族的关系，也凸显了奴儿干多种文化并存的情况。永宁寺碑正反两面刻有汉、蒙、女真三体文字，邢枢所撰《永宁寺记》的汉文，镌刻于碑的正面，而根据汉文译成的女真文、蒙古文载于碑的背面。碑文反映有多民族人士参与，适应这个地区民族“杂居”，即汉、蒙、女真诸族居住的特点，所以永宁寺碑用汉、蒙、女真文字铭刻，这很容易理解，但碑侧刻有汉、蒙、藏、女真四种文字的六字真言，这里为什么出现了藏文呢？杂居不能说明用藏文书写的问题，当地并未发现有藏族居住。以往学界对此没有太多关注，而六字真言正是藏传佛教的特征，它出现在永宁寺碑上，说明永宁寺是一座藏传佛教寺庙。
敕修永宁寺是一座藏传佛教寺庙，这还要从明朝永乐皇帝与藏传佛教的关系谈起。自佛教传入中国后，逐渐发展为汉传佛教、藏传佛教以及南传佛教三派。藏传佛教俗称喇嘛教，是指传入西藏的佛教分支。明朝初年对藏传佛教人士的封授，以永乐年间封噶玛噶举派黑帽系活佛为大宝法王、封萨迦派首领为大乘法王、封格鲁派高僧释迎也失为西天佛子(宣德年间加封为大慈法王)最为重要，其次是封藏传佛教的高僧为大国师、国师及禅师等。[16]永乐时藏僧哈立麻被迎至南京为“大宝法王”， “从者孛罗辈悉封为大国师，并赐印诰、金币等”，史载哈立麻传教就是教人念六字真言，“信者昼夜念之”。[17]
《永宁寺记》碑侧，用汉、女真、蒙、藏四种文字，镌刻的“六字真言”， 又称六字大明陀罗尼，汉文为“唵嘛呢叭吽”“六字真言”是从印度传入西藏的一条梵文咒语， 在藏传佛教中最受尊崇，密宗认为这是佛教秘密莲花部之根本真言，亦即莲花部观世音的真实言教，故称六字真言，又称六字大明咒。至迟在8－9世纪时，六字真言在吐蕃中即已出现。随着藏传佛教发展，自元朝开始，六字真言的广泛传播。
重要的是，此咒语在12世纪以后，在西藏成为专指观世音的真言。永宁寺碑有“先是，已建观音堂于其上，今造佛寺”之文，可知此前那里存在一个观音堂，四种文字六字真言在此出现，也就不奇怪了。至于藏传佛教何时传入永宁寺碑所立的奴儿干地区，是一个值得探讨的问题。此地在明朝之前就已建立了观音堂，一般认为是在元朝建立，而抑或明朝在建立永宁寺前，先建立了一个观音堂？也未可知。以明朝官方到这里敕建永宁寺，第一次还遭到当地吉列迷人的拆毁，说明此前当地人没有接受和认同佛教，而当地人对于敕建佛教寺庙的接受与认同，不仅是一个文化传播与认同过程，而且还是对于明朝国家的接受与认同过程。明廷修建这座寺庙所花费的人力物力表明，中原王朝欲将地方社会纳入官方文化的轨道以安定北海边地。
杨富学先生指出：六字真言题字在全国各地都很常见。多为梵、汉、藏、八思巴4种文字。在通常情况下，不同文字的六字真言都是单体而刻，少数用2种文字合璧镌刻，如杭州飞来峰即有梵汉合璧的六字真言题刻。但三种以上多体文字镌刻的六字真言罕见。他认为仅于河西地区有发现，最负盛名的是今存于敦煌研究院的元顺帝至正八年(1348)年所立《莫高窟六字真言褐》，体现了对不同民族文化的尊重。[18]
两种以上的多语种佛教文献 “合璧”盛于元朝。元大都至正五年(1345)修筑的居庸关云台券门刻写六种文字 ( 梵文、汉文、八思巴蒙古文、回鹘文、西夏文、藏文)佛教咒语，彰显了元朝多元文化的恢弘气象。亦失哈在黑龙江入海口附近竖立的 《永宁寺碑》，以汉文、蒙古文、女真文、藏文六字真言四体合璧的形式，昭示明朝继承了元朝的多元文化遗产，是多元文化远达于北海的历史见证。
六字真言自元代以来随着藏传佛教的流行而盛传。多种文字的六字真言在奴儿干的出现，说明明朝希望通过以多体六字真言的方式，作为向不同民族宣教的纽带，凝聚当地各民族对尊崇藏传佛教的明王朝的向心力。这应该说是有效果的，经过两度建寺立碑，后来19世纪初日本松前藩派遣间宫林藏探察库页岛和黑龙江下游地区，曾亲见当地人“将所携带之米粟草实散布于河中，向此碑遥拜”。[19]
还有一个与六字真言相关的问题，就是当年永宁寺附近有一个大明陀罗尼真言的经幢存在。1855年，俄国帕尔米金发表《阿穆尔河航行志》，提到那里的八角形柱子，他请教了蒙古族喇嘛，读出了大明陀罗尼真言。[20]据此，曾经在永宁寺附近已佚的柱子或曾经被误为砖塔的，很可能是陀罗尼经幢。幢的本意是旌旗，陀罗尼经流行后， 常将经书写于幢上，佛教信徒为使《陀罗尼经》永存， 将陀罗尼经刻在上有顶、下有座的八棱石柱上， 形成经幢。经幢一般由幢座、幢身、幢顶三部分组成，逐级雕刻，累建而成，多者达二十几级。经幢一般放置在寺院、交通要道、墓侧等地方，对于经文流传有很大影响。经幢的建造兴起于唐代， 盛行于唐、宋，元代以后逐渐没落， 但明清时期仍有建造。
