庙跟祠的意义不同。
政府礼制里面，经过合法批准建出来的，规模比较大的称为庙，例如皇家有太庙，诸侯大夫家里也有庙，一般的老百姓用来放祖先牌位的处所则叫祠，庙接受大众祈福，祠则仅家族供奉。
圣墩庙是妈祖的第一座庙
《天妃显圣录》记载圣墩是祖庙，但讲湄洲林家有祠：
书中”湄山飞升”的天妃显圣事迹”嗣后屡呈灵异，乡之人或见诸山岩水洞之旁，或得之升降跌坐之际，常示梦显圣，降福于民。里人畏之敬之，相率立祠祀焉，号曰”通贤灵女”。时仅落落数椽，而祈祷报赛，殆无虚日。”湄洲是妈祖的故家，旧时未婚女子一般不会入家族宗祠供奉，但因林默贡献太大，林家将林默入祠。
而在《天妃显圣录》中“枯槎显圣”的显圣事迹又说，”宋哲宗元祐元年丙寅，莆海东有高墩，去湄百里许，常有光气夜现，渔者疑为异宝，伺而视之，乃水漂一枯槎发焰，渔人拾置诸家，次晨视之，槎已自还故处，再试复然。当夕托梦于宁海墩乡人曰：“我湄洲神女，其枯槎实所凭也，宜祀我，当锡尔福。”父老异之，告于制干李公。公曰：此神所栖也。吾闻湄有神姑显迹久矣，今灵光发现昭格，必为吾乡一方福，叨神之庇其在斯乎。遂募众营基建庙，塑像崇祀，号曰圣墩，祷应如响。李公乃舍鱼桁二十四门于庙前供香灯，又辟田地二百亩于本屿供祭祀，以答神庥。”
足见圣墩庙是妈祖的第一座庙，古时又称圣墩祖庙，在元朝重建过，但应在明成祖时已被毁。
近年广为人知的”湄洲妈祖祖庙”
近年广为人知的”祖庙”常指的是”湄洲妈祖祖庙”。
就湄洲岛发展的历史，宋朝莆田的理学家林光朝（1114-1178），号艾轩，他曾经写下：
“海中一山名湄洲，隔岸视之约五七里许，一水可到，此洲乃合两山，蜿蜒之状，有千家无一人读书，亦有田数十顷可耕，可食鱼米极易办。可以卜室读书，隔绝人世，无宾客书尺之扰，岛居之乐惟某为知之。”
可见南宋时期，湄洲人烟仍稀少，林默在林氏祠奉祠的相当长的时间，直至元朝政府诰封天下主要妈祖庙，才出现”湄洲”。
《天妃显圣录》的”怒涛济溺”故事记载：
”天历元年夏，备海道万户府分司运粮，至大海，遭飓风骤起，巨浪连天，七日夜不息，人困力疲，运艘几于翻覆。舟人哀号，仰祷神妃求佑。会日暮，有形从空而下，掩映舟中，辉耀如画，宛见神灵陟降。少顷，怒涛顿平。船上觉异香缤郁。自此水道无虞，径抵直沽都省。奏闻，奉旨差翰林国史院学士普颜实理钦賫御香，驰驿致祭。
二年，漕运复藉神妃默庇无失，加封「护国、辅圣、庇民、显祐、广济、灵感、助顺、福惠、徽烈、明着天妃」，遣官黄份等驰传具礼，专诣湄洲特祭，并致祭淮、浙、闽海等处各神庙，共祭一十八所。”
近代湄洲祖庙董事会才把”湄洲天妃庙”改为”湄洲妈祖祖庙”
在80年代莆田市政协主席林文豪担任湄洲天妃宫董事长。林文豪毕业于厦门大学，后在海疆专科学校任教，也曾任莆田一中校长，高足满天下，林家家学渊源深厚，在主持天妃庙时经过多方征询意见及深入的思考，基于希望沟通两岸，因此定名为妈祖祖庙，正名”天下妈祖祖在湄洲”，自此全世界包括台湾地区的妈祖信仰者就到湄洲来，近年湄洲妈祖祖庙已成为全世界的妈祖敬仰者心目中的妈祖故乡
《天妃显圣录》的”湄洲胜境图”
现今湄洲妈祖祖庙和《天妃显圣录》里面”湄洲胜境图”有着较大差异。
湄洲胜境图中，庙宇四周有围墙包围，本身即是一座城。入口有城门，梳妆楼前有座佛堂，旁边还有朝天阁，佛堂前面还有一个大广场，佛塔位于城中心，依蔡相煇教授判断，此为做法事的地方，此处也办丧葬法会，法会后安置在朝天阁，因此房屋座向与一般房屋坐南朝北有异，常坐东朝西，取回归西方极乐世界之意，城内还有很多民房，可能是提供来此修道者的居所。
当时的湄洲是个道场，和圣墩不同。湄洲一带古名“兴化“，或与化城有关。
清朝姚启圣兴建湄洲
莆田人水师提督将军万正色，于康熙十九年招降朱天贵，郑经逃回台湾，他将战功归于妈祖托梦助战，所向披靡。康熙帝敕封妈祖“护国庇民妙灵昭应弘仁普济天妃，这是清朝第一次诰封妈祖。
《天妃显圣录》中”清朝助顺加封”记载，”康熙庚申年（一六八○）二月十九日，舟师征剿，驻崇武，与敌对垒。夜梦天妃告之曰：”吾佐一航北汛，上风取捷，随使其远遁”。次日，果得北风骤起，敌遂披靡，大败而退。至二十六日舍厦门入台湾。内地海宇，自是清宁。万将军大感神助，立即具本奏神保祐之力。圣上甚慰阴功，钦赐御香、御帛，差官賫诏到湄庙加封致祭。”
万正色这个举动影响了姚启圣和施琅。康熙二十一年姚启圣平台出征前为祈”阴光默佑，协顺破逆”，也差官到湄洲祖庙致祝许愿，并于二十二年妈祖诞辰，再差官到湄庙设醮致祭，起盖钟鼓二楼及山门一座，上述亦见于《天妃显圣录》的”起盖钟鼓楼及山门”故事：
”大总督姚奉命征剿，以海道艰虞，风波险阻，不易报效，中心恳挚，极力图维，素信神灵赫濯，祷应如响，恳祈阴光默佑，协顺破逆。于康熙二十一年差官到湄洲祖庙，就神前致祝许愿，俾不负征剿上命，即重修宫殿，答谢鸿庥。乃于二十二年三月二十三日天妃悦旦，特委兴化府正堂苏到湄庙设醮致祭，随带各匠估置木料，择吉起盖钟鼓二楼及山门一座；宫宇由是壮观。”姚启圣祈祷疏文又提到”因尚少西北正风，是以越庙求神，冀借一帆，早到台地。”，上报妈祖海上助风的功劳。
《天妃显圣录》”涌泉给师”故事则讲“靖海将军侯施于康熙二十一年十月奉命征剿，大师云屯于平海。此地斥卤，樵汲维艰。只有神宫前小井一口，甚浅，当炎天旱候，尤为枯竭；数万军取给炊爨，弗继。将军侯乃祝诸神，以大师札住，愿藉神力，俾源源可足军需。祷毕，而泉水涌溢，真不异耿恭拜井之奇。因是千万军取用不竭。爰额之曰师泉井，作师泉志以着神庥。“，上报康熙大军于平海斥卤之地，因祷妈祖，井水溢出，三军获福。
明朝湄洲重建故事
于《天妃显圣录中》亦有数个明朝重建湄洲宫的记载，例如”拥浪济舟”和”药救吕德”等：
拥浪济舟
洪武七年甲寅，泉州卫指挥周坐领战船哨捕，忽遇飓风大作，冲泊阁礁。舟人环泣稽首，呼神妃求庇。黑夜间倏见神火悬空毕照，桅樯皆现。周喜曰：“吾闻海上危急时，得神火照耀，虽危亦安。神其佑我乎“！俄而巨浪跃起，将船荡浮，从〈石多〉隙真逾几北，顺流驶至岸边。时天欲曙，差认港迹，始得无恙。归至泉，立庙奉祀。仍运木赴湄屿，修整宫殿。其杉木未载者，浮水面自飘流到湄，木头各有”天妃”二字，众皆奇之。自是重建寝殿及香亭、鼓楼、山门，复塑圣像，制旗鼓，沿途鼓欲，送至祖庙。
时又有张指挥领兵出海，默祝神妃保佑，果得显应，由泉装载大料来湄洲，构一阁于正殿之左，名曰”朝天阁”。
药救吕德
洪武十八年，兴化卫官吕德出海守镇，得病甚危笃，求祷于神。梦寐间见一神女儼然降臨，命侍鬼持丸藥，輝瑩若晶珀，示之曰：”服此當去二豎”。正接而吞之，遽寤，香氣猶藹藹未散。口渴甚，取湯飲，嘔出二塊物，頓覺神氣爽豁，宿痾皆除，遂平復如初。是夕夢神雲：”疇昔之夜，持藥而救爾者，乃慈悲觀音菩薩示現也，當敬奉大士”。呂德感神靈赫奕，遂捐金創建觀音堂於湄嶼。
延伸阅读：
上海《妈祖大学堂》
导读妈祖文学名著
《天妃显圣录》
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共学《天妃显圣录》
一、关于《天妃显圣录》
（一）天妃显圣录 是什么书
（二）天妃显圣录有多少版本
（三）林尧俞编修天妃显圣录
（四）僧照乘编印天妃显圣录
二、天妃显圣录的内容概说
（一）妈祖（林默）身世
（三）林默的成长学习过程
（三）妈祖的护法神与龙王的故事
（四）妈祖的文胆和救援团队
（五）妈祖的爱情故事和离世
（六）圣墩和湄洲祖庙/湄洲胜境图
三、有助妈祖文化推广的重要推手
（一）圣墩庙和李家 黄氏 李富 李振
（二）白湖庙和陈俊卿
（三）蒲寿庚和泉州天妃宫
四、影响妈祖文化的重要事件
（一）宋金大战保家卫国
（二）宋元海上贸易与漕运
（三）郑和下西洋
（四）清朝提倡妈祖
结语
松江默空间（上）和长宁默空间（下）。
世界非遗妈祖文化复合式场域
妈祖文旅赋能平台
传承闽台文化核心价值
发挥妈祖善美海洋精神
妈祖文化推动者
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妈祖信俗文创领航者
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