40年前，湄洲妈祖祖庙所在地还是一片荒凉，只有留下靠近海边的圣父母祠，被拿来当做渔民放置渔网的仓库，20世纪80年代，妈祖祖庙陆续开始重建。
改革开放后福建、广东开放13个沿海渔港，当时台湾的渔民开始到湄洲岛，仅有的庙宇建物都相当破旧，捐神像也只需要几百元，台胞就开始慷慨解囊或雕造神像回台贩售，当时湄洲岛跟大陆没有电信，南方澳的南天宫随即捐款铺电缆，自此结缘，成了湄洲祖庙台湾的总联络处，并请五尊湄洲妈祖回台湾供奉。妈祖成功化解两岸交流的困境，遂被定位为海峡和平女神，福建省委遂委请莆田市政协主席林文豪担任祖庙董事长，推动两岸交流与湄洲妈祖祖庙重建。1985年湄洲筹办妈祖千年祭，向海外广发邀请函，台湾即委托南方澳南天宫向台湾主要的妈祖宫庙代为邀请共襄盛举。
请柬也送到北港朝天宫，但当时台湾尚处戒严时期朝天宫并未参加。1987年台湾解除戒严，湄洲祖庙委托《香港时报》社来台湾进行妈祖宫庙的实地调查，发现北港朝天宫是台湾妈祖庙领导庙宇之一，遂于次年再度邀请北港朝天宫往访。朝天宫董事会内部意见不一，曾经到过湄洲祖庙的董事认为应该要去，反对者认为湄洲祖庙已毁，莫衷一是。
蔡相煇教授研究妈祖文化多年， 1987年《香港时报》社来台湾进行妈祖宫庙的实地调查时向朝天宫提出很多历史疑义，蔡相煇逐一提供史料化解， 也在1988年完成《北港朝天宫志》初稿。在此关键时刻，朝天宫董事长郭庆文就教于蔡相煇教授。蔡教授回问董事长“湄洲庙跟朝天宫是什么关系？“郭回：“是祖庙啊！但是毁于文革啦。“蔡谓：“既然是祖庙，已毁，但若有后人发心重兴，分香庙要怎么办？“ 郭回：“我懂了“。1989年北港朝天宫董事会正式拜访湄洲祖庙，由两庙董事长签订”至亲盟”，朝天宫捐造两尊妈祖石雕像，一尊在湄洲岛，一尊在北港朝天宫，隔着台湾海峡对望，捐款办妈祖学术研讨会推展妈祖学术研究，捐赠凯迪拉克12人座车供请送国内外贵宾使用。此次参访因为台湾未开放学术交流，蔡相煇教授未获同意前往，仅提供文章发表。
北港朝天宫与台湾各地主要妈祖庙董事会，纷纷捐款重建湄洲祖庙，把台湾人民对妈祖的爱和景仰，借由湄洲祖庙的楼台殿阁呈现出来。
台湾帮忙重建了西轴线的建筑群后，让越来越多的妈祖敬仰者来到湄洲岛朝圣，却无足够的空间举办盛大典礼。湄洲既要负起引导全世界妈祖庙及妈祖文化重建的重要任务，1995年委请清华大学设计的湄洲妈祖祖庙南轴线工程举行奠基典礼，1997年动工，2002年启用了新殿建筑群：五进庙宇式仿宋的建筑群，主要有大牌坊、宫门、钟鼓楼、顺济殿、天后殿和灵慈殿。其配套建筑有东西廊庑、祈福殿、妈祖文化展览馆、天后广场、观礼台和大戏楼等，气势恢宏，被称做海上布达拉宫。
湄洲岛是妈祖的诞生地，湄洲祖庙原来是妈祖的道场，妈祖虽然在湄洲岛升天，但是他却埋葬在莆田宁海圣墩的圣人墓。而圣墩祖庙的建造，《天妃显圣录》的′枯槎显圣′故事可以看出。故事说在莆田宁海有一位渔夫在捕鱼的时候，捞到一块黑色枯槎，他拿回家去发现晚上会发光，但第二天一早枯槎却回原地。如此来回几次，渔夫就把这个状况跟李富报告，李富说这块木头是妈祖神灵所凭依，妈祖想要在圣墩盖庙，庙宇落成以后，因为是第一座专奉妈祖的庙宇，所以被称为圣墩祖庙。
蔡相煇教授核实了莆田《白塘李氏家谱》，也有相同的记载，但核对李富生存年代，发现圣墩祖庙创建的时候，李富只有两岁，后发现莆田市区供奉白衣大士的梅峰光孝寺是李富的母亲在生下李富那年捐造，次年才捐造圣墩祖庙，是李母黄氏把建庙的功德回向给儿子李富。因李家唐朝王室，为避武则天之祸逃到莆田，拥有大量田园和盐厂，有足够的财力资源盖寺庙。
从李家食客廖鹏飞写的《圣墩祖庙重建顺济庙记》可以知道李家除了建圣墩祖庙，提供湄洲岛盐场供妈祖道场香灯之资，在宣和4年提供宋朝派往高丽使节船，回国后，请朝廷赐顺济庙额，让妈祖成为合法信仰，对妈祖信仰的成立有很大贡献。
延伸阅读：
上海《妈祖大学堂》
导读妈祖文学名著
《天妃显圣录》
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共学《天妃显圣录》
一、关于《天妃显圣录》
（一）天妃显圣录 是什么书
（二）天妃显圣录有多少版本
（三）林尧俞编修天妃显圣录
（四）僧照乘编印天妃显圣录
二、天妃显圣录的内容概说
（一）妈祖（林默）身世
（三）林默的成长学习过程
（三）妈祖的护法神与龙王的故事
（四）妈祖的文胆和救援团队
（五）妈祖的爱情故事和离世
（六）圣墩和湄洲祖庙/湄洲胜境图
三、有助妈祖文化推广的重要推手
（一）圣墩庙和李家 黄氏 李富 李振
（二）白湖庙和陈俊卿
（三）蒲寿庚和泉州天妃宫
四、影响妈祖文化的重要事件
（一）宋金大战保家卫国
（二）宋元海上贸易与漕运
（三）郑和下西洋
（四）清朝提倡妈祖
结语
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用当代的语言述说千年文化
用年轻的述事讲好妈祖故事
传承闽台文化核心价值
发挥妈祖善美海洋精神
妈祖文化推动者
妈祖文化共创场域经营者
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