测序数据的质控和过滤是生物信息学分析中的重要步骤，其主要目的是保证数据的质量和可靠性，从而提高后续分析结果的准确性和可信度
去除低质量数据：测序过程中可能会产生一些质量较差的读数（reads），这些读数可能包含大量错误。通过质控和过滤，可以去除这些低质量读数，保证后续分析的数据基础更加可靠。
减少误差：测序数据中的错误可能会导致后续分析结果的不准确，例如变异检测、基因组组装等。质控和过滤可以减少这些误差，提高分析的准确性。
降低噪音：在测序数据中，可能存在一些噪音信号，这些噪音会干扰真实信号的检测和解释。通过过滤步骤，可以减少噪音的影响，提取出更有意义的数据。
提高下游分析的效果：质控和过滤后的数据质量更高，能够更好地支持下游的各类生物信息学分析，如序列比对、变异检测、基因表达分析等，确保这些分析结果更加可靠和准确。
具体的质控和过滤步骤包括：
去除低质量碱基（通常通过质量得分来评估）。 去除适配子污染序列。 去除过短或过长的读数。 去除重复序列。 去除PCR引物序列等。
使用fastp进行质控和过滤
单端测序
fastp -i \
00.rawdata/ABA_rep2_R1.fastq.gz \
-o ./ABA_rep2_R1.fastq.gz \
--html ABA_rep2_fastp.html \
--json ABA_rep2_fastp.json \
--thread 1 \
--adapter_sequence AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCA \
--adapter_sequence_r2 AGATCGGAAGAGCGTCGTGTAGGGAAAGAGTGT \
--qualified_quality_phred 20 \
--length_required 50 \
1>logs/quality_control.log 2>&1
双端测序
fastp -i
../00.rawdata/1low-1_R1.fq.gz \
-I ../00.rawdata/1low-1_R2.fq.gz \
-o ./1low-1_R1.clean.fastq.gz \
-O ./1low-1_R2.clean.fastq.gz \
-j 1low-1.json \
-h 1low-1.html \
-t 4 \
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测序数据的质控和过滤是生物信息学分析中的重要步骤，其主要目的是保证数据的质量和可靠性，从而提高后续分析结果的准确性和可信度
去除低质量数据：测序过程中可能会产生一些质量较差的读数（reads），这些读数可能包含大量错误。通过质控和过滤，可以去除这些低质量读数，保证后续分析的数据基础更加可靠。
减少误差：测序数据中的错误可能会导致后续分析结果的不准确，例如变异检测、基因组组装等。质控和过滤可以减少这些误差，提高分析的准确性。
降低噪音：在测序数据中，可能存在一些噪音信号，这些噪音会干扰真实信号的检测和解释。通过过滤步骤，可以减少噪音的影响，提取出更有意义的数据。
提高下游分析的效果：质控和过滤后的数据质量更高，能够更好地支持下游的各类生物信息学分析，如序列比对、变异检测、基因表达分析等，确保这些分析结果更加可靠和准确。
具体的质控和过滤步骤包括：
去除低质量碱基（通常通过质量得分来评估）。 去除适配子污染序列。 去除过短或过长的读数。 去除重复序列。 去除PCR引物序列等。
使用fastp进行质控和过滤
单端测序
fastp -i \
00.rawdata/ABA_rep2_R1.fastq.gz \
-o ./ABA_rep2_R1.fastq.gz \
--html ABA_rep2_fastp.html \
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双端测序
fastp -i
../00.rawdata/1low-1_R1.fq.gz \
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-o ./1low-1_R1.clean.fastq.gz \
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1>logs/quality_control.log 2>&1
主推版：88线程、512GB内存、400GB硬盘，597元/年 高端版：192线程、3TB内存、800GB硬盘，997元/年 硬盘扩容：每增加100GB硬盘，额外收费100元/年
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