❝「因业务拓展，想组建一个数据分析团队（目前已有RNA-Seq、Chip-Seq、重测序与群体遗传、基因家族、比较基因组、宏基因组、微生物多样性16s/18s/ITS方向专业人员），欢迎有各种数据分析基础的朋友加入我们！——Bioinfor 生信云」
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mutmap 分析
数据准备：野生型亲本、突变混池、参考基因组
使用 MutMap 软件自动进行 mutmap 分析
mutmap -r genome.fa \ # 参考基因组
-b S1_1.fastq.gz,S1_2.fastq.gz \ # 混池数据
-c S2_1.fastq.gz,S2_2.fastq.gz \ # 亲本数据
-n 20 \ # 混池样本个数
-t 5 \ # 线程数
-o mutmap_dir # 输出目录
分步进行 mutmap 分析
1.构建基因组index
2.两组数据分别进行比对
3.变异检测
4.变异过滤
5.变异注释
6.mutmap 分析
前五个步骤在上一篇推文中已经跑过，大家可自行查看，这里只演示第六步
vcf=all.final.vcf
## mutmap分析
mutplot \
--vcf $vcf \
--out ./ \
--N-bulk 20 \ # 混池样本个数
--window 2000 --step 10 \ #指定窗口和步长大小
--min-depth 4 --max-depth 100 \ #设置测序深度的范围
--N-rep 1000 \ # 计算阈值时的重复次数，默认5000
--min-SNPindex 0.3 \ # 去除0.3以下的SNPindex
--format pdf
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作者 | 温柔的α
编辑 | 温柔的α
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