今天是2024年1月1日，新的一年，祝大家多发paper。小编整理总结了过去一年大家关注的热点和未来即将火的方向，整理24年会爆火的10个发文方向，希望大家可以多多借鉴，早日上岸。孟德尔随机化（MR）是基于全基因组测序数据、能有效减少偏倚、类似于RCT研究、用于揭露因果关系的统计学方法。MR可以用于评估因果推断，以遗传变异作为工具变量（IVs）来代表特定的暴露，以推断暴露与结果之间的因果关系，将表型对表型的因果研究转化成基因型的研究。优势在于：个体的遗传变异先于疾病的结局，这样便排除了由于逆向因果问题所带来的混杂偏倚;现代生物信息技术对遗传变异的测量能够达到很高的精度，这很大程度上降低了由于测量误差所带来的估计偏倚。（孟德尔随机，十大文章汇总）肿瘤越来越多地被认为是由肿瘤、免疫和基质细胞以及复杂的细胞间相互作用组成的“生态系统”。肿瘤的生物学行为、预后和治疗反应不仅取决于肿瘤细胞的特性，还取决于其他细胞成分及其与肿瘤细胞的相互作用。因此，研究肿瘤微环境中的全部细胞，厘清其间互作关系，具有临床及科学价值。组织病理学作为是癌症诊断的“金标准，提供了包括肿瘤生态系统的细胞组成，形态和空间组织的丰富信息，通过数字病理学，可研究肿瘤生态系统的表型多样性及其临床相关性。（来给你加固下封印：影像组学研究会越来越火）![]()
隐匿性淋巴结转移（ONM）是指常规病理学检查未能发现的淋巴结微小转移病灶，在非小细胞肺癌（NSCLC）的综合治疗中发挥着重要作用。PET/CT 能够捕捉肿瘤的解剖和代谢特征，已被作为一种可靠的成像模式用于描述恶性肿瘤的分级和转移情况，其多模态特性增加了特征维度和信息丰富度。目前基于 PET/CT 的深度学习在肺癌 ONM 预测方面的应用还很有限，因此小编今天为大家带来这篇今年11月发表在Nature Communications（IF= 12.121）上的文章，此研究旨在结合 PET 和 CT 影像组学构建深度学习淋巴结转移特征（DLNMS），以预测 ONM 和临床 N0期NSCLC 的个性化综合治疗，并基于大型多中心人群初步探索 DLNMS 的潜在生物学基础。(简单分高的发文策略：多模态联合，叠加临床诊断难题)。肝细胞癌（HCC）是一种普遍存在的原发性肝癌，约占所有肝癌病例的90%。根据世界卫生组织的数据，肝细胞癌在全球所有常见癌症中排名第五，是与癌症相关的第三大死因。HCC的发病率因地理区域而异。它在世界不发达地区更为普遍;例如，在东亚和撒哈拉以南非洲，其年发病率超过每15万人100例。然而，HCC发病率在欧洲和美国正在迅速上升，预计在未来10年内还会上升。单细胞RNA测序(scRNA-seq)是一种分析单细胞细胞的新技术。随着灵敏度高、自动化程度高、成本低的单细胞分离技术的发展，以及高通量技术的改进和操作流程的完善，scRNA-seq变得更加灵敏、准确和高效。ScRNA-seq有助于更深入地了解复杂肿瘤细胞中的细胞生物学行为，特别是通过分析单细胞群体。低TNM期向高TNM期HCC恶性肿瘤进展的分子机制仍然未知。因此，采用scRNA-seq阐明肝细胞癌进展的发病机制以及确定预测因素和治疗靶点至关重要。（干湿结合，单基因也可以发很高）之前的研究主要通过基因组、转录组、表观组、蛋白组在bulk 水平研究癌前病变到癌症的过程。随着单细胞技术的发展，越来越多的研究深入到单细胞水平。张泽民教授在"A roadmap for the next decade in cancer research"指出：分子水平上对癌症通路的理解和实际的治疗方案之间仍然存在着巨大的差距，其中一个最大的可能原因在于不同的生化反应或信号通路往往发生在不同的细胞中。因此，我们比以往任何时候都更需要从单个细胞出发进行考虑，单细胞测序技术的最新进展为我们提供了这种方法转变的最强有力的方法，使我们能够重新审视分子和遗传过程，回到细胞水平。（从癌前病变到癌症，从基因突变到肿瘤微环境）
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上皮间质转化（EMT）与肿瘤的发生、进展、转移、耐药性息息相关，尽管EMT在癌症中的作用及调节机制研究取得实质性进展，但临床上尚未开展有效的靶向EMT的治疗策略，该研究发现在小鼠鳞状细胞癌的EMT机制中，存在一类重要蛋白Netrin-1，阻断Netrin-1抑制癌细胞的上皮-间充质转化。通过单细胞RNA测序显示，鳞状上皮细胞癌中混杂着EMT的不同发育状态，给于阻断Netrin-1抑制后，能够阻止癌细胞向晚期EMT状态进展。为进一步评估这一发现与人类癌症的相关性，作者用NP137治疗移植了人类癌细胞系的小鼠，这些癌细胞系在TGFβ1给药后经历EMT，而Netrin-1抑制降低了移植癌细胞的EMT。总之，作者的研究结果确定了靶向EMT治疗癌症的药理学策略，为抗癌治疗开辟了新的治疗干预措施。（Nature重磅！EMT靶向药 — 全新视角改善肿瘤耐药）肝转移是癌症（CRC）患者死亡的主要原因。脂肪肝促肝转移，但其潜在机制尚不清楚。作者证明肝细胞来源脂肪肝细胞外小泡通过促进CRC肝转移致癌Yes相关蛋白（YAP）信号传导和免疫抑制微环境。脂肪肝上调Rab27a的表达，促进肝细胞产生EV。在肝脏中，这些EV将YAP信号调节微小RNA转移到癌症细胞，通过抑制YAP活性LATS2.脂肪肝CRC肝转移中YAP活性的增加促进了癌症细胞的生长和通过产生CYR61的M2巨噬细胞浸润的免疫抑制微环境。患者CRC肝转移和脂肪肝的细胞核YAP表达、CYR61表达和M2表达升高巨噬细胞浸润。作者的数据表明，脂肪肝诱导EV微小RNA、YAP信号传导和免疫抑制微环境促进CRC肝转移生长。 （Cell Metab重磅！转移前微环境 — 全新视角解析转移性肿瘤）
空间组学在《Nature》2022值得年度关注的七大榜单技术中，被誉为“生命科学”的下一个风口。对组织中细胞的空间、高分辨率的分析将是未来几年生物学的主要前沿方向之一。在2023年，蛋白质测序作为七大榜单技术之一被列入“Seven technologies to watch in 2023”中。蛋白质组代表了由细胞或生物体产生的完整蛋白质组，可以提供关于健康和疾病的深刻信息，但对其进行表征仍具有挑战性。（抓住全新风口，空间蛋白组学来了！）2023年9月6日，来自美国梅奥医学院学者在Science Translational Medicine[IF 17.1 Q/1]期刊发表了题为Stem-like CD4+ T cells in perivascular tertiary lymphoid structures sustain autoimmune vasculitis（血管周围三级淋巴样结构中的干性样CD4+ T细胞维持自身免疫性血管炎）的文章。研究人员发现血管壁周围三级淋巴结构中具有干性样特征的CD4+T细胞，表达转录因子T细胞因子1 (TCF1)，作为疾病干细胞维持慢性自身免疫血管炎的发展。这一发现为这类自身免疫性疾病提供了新的治疗策略，靶向干性样CD4+ T细胞，对已有治疗选择有限且效果不佳的患者具有重要意义。（让科研回归“临床”本身，三级淋巴结构好文分享！）![]()
免疫治疗无效的一个因素是肿瘤T细胞浸润的稀少，其机制包括缺乏肿瘤抗原、抗原提呈缺陷、T细胞活性差以及对肿瘤床的归巢能力弱。因此，癌症免疫学的一个目标是确定如何将“冷”肿瘤转化为炎性T细胞富集的“热”肿瘤的方法。研究表明固有免疫细胞数量是增强抗肿瘤免疫的关键，固有免疫系统对诱导T细胞对感染做出持久的保护性反应至关重要，被认为是癌症免疫疗法的靶点。小编今天为大家带来这篇今年10月发表在Immunity（IF=22.553）上的综述，主要研究了对肿瘤微环境进行固有免疫治疗与通过疫苗接种进行治疗之间的免疫学差异，以及不同的固有免疫激动剂和信号通路，它们如何用作癌症免疫治疗的药物。（固有免疫 — 免疫治疗的重要靶点）文章转载请联系 | 15510012760（微信）
