泛基因家族分析发文章就上2区!你研究的物种能不能发?

学术   2024-07-31 19:15   山东  
泛基因家族分析是基于物种泛基因组序列信息去进行家族成员鉴定及分析的新方法,能很好地弥补单一参考基因组无法全面代表整个物种的全部遗传变异信息的不足,是进行基因家族分析的新方法新思路。与传统基因家族分析相比具有以下3个优势:
1. 全面性:泛基因家族分析基于物种泛基因组序列信息,能够包含多个个体的遗传变异信息,从而更全面地反映基因家族的真实情况;
2. 准确性:通过比较多个个体的基因组序列,可以更准确地识别基因家族成员之间的变异情况,包括单核苷酸多态性(SNP)、插入/缺失(InDel)等;
3. 功能解析:结合功能注释信息,可以进一步解析基因家族成员在物种内的功能分化和进化关系,为理解物种的生物学特性提供重要线索;
随着测序成本的降低,越来越多的物种发布了泛基因组信息,据不完全统计,目前已有60个常见真核物种发布了泛基因组:

一个物种有了泛基因组信息,那就可以开展泛基因家族分析了,抓紧看看有没有你研究的物种!泛基因家族分析主要包含以下8项内容:
  • 泛基因家族成员的鉴定;
  • 泛基因家族成员在各品系中的缺失分析;
  • 泛基因家族成员的系统发育分析;
  • 泛基因家族成员选择压力分析;
  • 泛基因家族成员结构变异的注释;
  • 泛基因家族成员结构变异对其转录表达的影响分析
  • 泛基因家族成员结构变异对其基因结构及保守结构域的影响分析
  • 差异表达基因家族成员转录因子互作网络分析
目前来看,以上8分析内容完全覆盖一篇2区期刊SCI论文了,如果再添加功能验证实验比如亚细胞定位或转基因等,那就可以冲1区文章了。随着越来越多物种的泛基因组公布,泛基因家族分析势必会成为下一个发文热点
泛基因家族分析所用数据基本全部都是其他人上传的公共数据0实验你就说这性价比高不高吧?泛基因家族分析另一个优点就是操作简单,对电脑性能要求低,加上组学大讲堂精心打磨的成熟镜像脚本,粘贴复制就可以分析自己的数据,0基础就可以学会
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