你就学吧，一学一个不吱声！“DNA甲基化＋孟德尔随机化”一区8＋！复现无忧！

文摘 2024-08-30 18:00 上海

哈喽哈喽，宝子们~阿星又来啦！这次给大家带来我们的老朋友“孟德尔随机化分析”，肯定有小伙伴会问，这个还能有什么新意呀？别急别急，且听阿星细细道来！确实，孟德尔随机化的常规思路大家见了很多了，那今天阿星给大家分享的这篇还是很不一样的，孟德尔随机化算是里面的配角了，因为它是DNA甲基化组和孟德尔随机化结合，直接拿下SCI一区8＋，想知道这里面有什么创新点？那就跟着阿星一起看下去吧！

1、生信分析方法先进多样：文章将孟德尔随机化分析应用于多发性硬化症疾病活动与DNA甲基化之间关系的研究中，为揭示两者之间的潜在因果关系提供了新的视角和方法。不仅进行了传统的差异甲基化分析，还进一步将差异甲基化区域（DMR）与疾病活动指标相关联。利用多组学数据整合分析，可以更全面地理解疾病的分子机制。

2、高级统计方法：利用CIT和MR等高级统计方法来评估因果关系，增强了研究结论的可靠性。

3、大数据和多种分析工具的应用：文章充分利用了高通量测序技术和多种生物信息学分析工具，如Illumina平台、Limma等，对大规模数据集进行了深入分析。这种大数据分析方法提高了结果的准确性和可靠性，同时也展示了现代生物信息学技术在医学研究中的广泛应用前景。

（ps：不知道有没有正在做DNA甲基化的小伙伴们？有的话，其实可以考虑联合一下公共数据库，再结合本文的思路进行创新，相信能够产生不一样的化学反应~有想法的小伙伴，欢迎扫下方二维码与阿星聊天哦~）

l题目：抗苗勒管激素基因中的DNA甲基化与多发性硬化症中疾病活动的风险

l杂志：ANNALS of Neurology

l影响因子：IF=8.1

l发表时间：2024年5月

公众号回复“888”，即可领取原文献，文献编号为240830

研究背景

多发性硬化症（MS）是一种免疫介导的中枢神经系统神经退行性疾病，其病理生物学具有复杂性，遗传和环境因素均发挥关键作用，了解疾病活动异质性的机制对于制定个性化治疗方案至关重要。鉴于MS的复杂性和现有治疗手段的局限性，研究旨在通过综合运用遗传学、表观遗传学和孟德尔随机化方法，探索新的分子路径，以更好地理解MS的疾病进程，并为未来的治疗干预提供新的靶点。

研究思路

研究团队为了探索DNA甲基化对MS疾病活动的影响，对249名未接受治疗的复发-缓解型MS患者的外周免疫甲基组进行分析，比较疾病活动证据（EDA）和无疾病活动证据（NEDA）患者之间的差异。然后，利用因果推断测试（CIT）和孟德尔随机化（MR）来阐明DNA甲基化、基因表达、遗传变异和疾病活动之间的关系，加深了我们对表观遗传修饰在疾病发生发展中所扮演角色的理解，为未来的表观遗传学研究提供了新的视角和思路。

研究结果

1、差异甲基化分析确定了4个与疾病活动相关的区域

研究团队收集了249名未经治疗的复发缓解型多发性硬化症（RR-MS）患者的免疫甲基组谱临床数据。通过分析，确定了4个与疾病活动显著相关的DMR，发现7个CpGs的甲基化水平在基线时与NEDA-3状态显著相关。进一步分析了影响这些DMR甲基化水平的单核苷酸多态性（SNP），发现某些SNP不仅影响甲基化水平，还通过调控DNA甲基化来介导疾病活动的遗传风险。通过来自PBMC的RNA-seq数据，发现影响AMH基因DNA甲基化水平的SNP也与PBMC中AMH表达水平的降低显著相关，支持了DNA甲基化变化对基因表达的调控作用。

表1 甲基化研究队列队列的临床和人口统计学特征

图1 DMRs的流程图和标识

表2 前20个DMP

表3 DMRs在NEDA vs中的EDA患者

2、AMH的遗传变异会影响疾病的活动性

研究团队通过使用来自OSR和CHUT的1,408名患者的数据，发现影响AMH基因甲基化水平的SNPs也与MS的疾病活动性显著相关。为了探索DNA甲基化是否是遗传风险导致疾病活动性的中介，进行了因果推断测试（CIT）。结果显示，对于所有研究的SNPs，DNA甲基化在它们对疾病活动性的影响中起到了中介作用（p<0.05）。利用来自225名参与甲基化分析患者的外周血单核细胞（PBMC）的RNA-seq数据，发现所有3个SNPs均与PBMC中AMH表达降低相关，这进一步从机制上阐明了导致携带风险等位基因患者疾病活动性增加的事件。

图 2 AMH中的DMR与疾病活动性相关

表4 CIT结果

文章小结

简而言之，这项研究发现了与疾病严重程度紧密相关的新分子机制，它探讨了遗传特征与AMH基因DNA甲基化之间的复杂相互作用，并强化了性激素在多发性硬化症病理过程中的关键作用。这篇文章非常亮眼的点在于巧妙地将DNA甲基化分析与孟德尔随机化方法结合，如果有正在做甲基化或者即将要做的朋友可以参考本文的思路！还没有合适的思路话，赶快扫码来和阿星聊天！帮你打开思路，快速上分！

阿星有话说

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