复合微生物肥料是把无机营养元素、有机质、微生物菌有机结合于一体，体现无机化学肥料、有机肥料以及微生物肥料的综合效果，是化解土壤板结现象，修复和调理土壤，提高化学肥料利用率，减少江河污染，减少病虫害发生，增强农作物的抗逆能力，提高农作物果实品质和产量的首选肥料。
复合微生物肥料在农作物上推广应用，不仅可以提高无机肥料的有效利用率，应用试验表明：用枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、嗜热脂肪地芽孢杆菌生产的复合微生物肥料连续使用两年以上，土壤中有益放线菌数量增加8.4倍，固氮菌增加39倍，从而达到活化、蔬松土壤，提高土壤肥力的作用，有益微生物菌的大量繁殖，可以把多年沉积固定在土壤中的化学肥料活化后再一次供农作物吸收利用。
同时土壤中侧孢芽孢杆菌数量的增加，对土传真菌性病害以及根结线虫能进行有效生物防治，其防治率可高达70-80%，与化学农药防效相当。从而减少化学农药的使用量，提高农作物的品质和产量以及抗重茬的能力。
施复合微生物肥料和生物有机肥能改良盐碱地：
盐碱地的共性是有机质含量低，土壤理化性状差，对作物生长有害的阴、阳离子多，土壤肥力低，作物不易促苗。
施用复合微生物肥料和生物有机肥能提高土壤肥力，改善土壤结构，减少毛细管水运动的速度和水分的无效蒸发，有明显的抑制返盐效果。施用复合微生物肥料和生物有机肥后还能增加土壤有效钙的含量，同时微生物分解有机质产生的有机酸也能使土壤吸附的钙活化，加强了对土壤吸附性钠的置换作用，导致脱盐脱碱。在复合微生物肥料和生物有机肥的作用下，盐碱地的有害离子含量和pH值明显降低，土壤缓冲性能增加，提高了作物的耐盐碱性。
盐碱地不易发苗，施肥总的原则是增施复合微生物肥料和生物有机肥，适当控制化肥施用。基肥要多施有机质含量高的生物有机肥，减少化肥施用量，而化肥尽量不靠近种子，以免增加土壤溶液浓度，影响发芽。追肥根据情况，及时施入，避免过量。在有条件的地方，可以大量采用秸秆还田，种植耐盐碱的绿肥等办法，减少盐碱对作物的危害。
粘土地施用复合微生物肥料和生物有机肥的好处：
粘土地一般含有机、无机胶体多，土壤保肥能力强，养分不易流失。但粘土供肥慢，施肥后见效也慢，这种土壤“发老苗不发小苗”，肥效缓而长，土壤紧实，通透性差，作物发根困难。这种土壤施用复合微生物肥料和生物有机肥，通过丰富的有机质和有益微生物的活动，改善土壤团粒结构，增加通透性，提高保肥保水能力。这类土壤性质发阴，如施用少量未经腐熟的马粪配合复合微生物肥料和生物有机肥，效果会更好。
粘土保肥能力强，化肥应与复合微生物肥料和生物有机肥配合施用。单独施用化肥，若一次多施尤其是多施氮肥，因养分不易流失，后期肥效充分发挥出来，容易引起作物贪青晚熟，导致病虫害发生和减产。
砂土地也能用复合微生物肥料和生物有机肥：
砂土地一般有机质、养分含量少，肥力较低，保肥能力差。但砂土供肥好，施肥后见效快，这种土壤“发小苗不发老苗”，肥效猛而短，没有后劲。
砂土地要大量增施生物有机肥，提高土壤有机质含量，改善保肥能力。由于砂土通气状况好，土性暖，有机质容易分解，施用未完全腐熟的有机肥料或牛粪等冷性肥料受影响比粘土地要小。有条件的地区可种植耐瘠薄的绿肥，以改良土壤理化性状。
砂土地施用化肥，一次量不能过多，否则容易引起“烧苗”或造成养分大量流失。所以砂土地施用化肥，必须与复合微生物肥料、生物有机肥或其他有机肥配合施用，而且要分次少量施用，即“少吃多餐”，以提高肥效，减少养分损失。
复合微生物肥料、生物有机肥中的有益微生物是这样起作用的：
复合微生物肥料、生物有机肥内含的多种功能性微生物进入土壤后，在生长繁殖过程中产生大量的次生代谢产物，这些产物能够促进土壤团粒结构的形成。
团粒结构的形成使土壤变得疏松、绵软，保水保肥性能增强，水、气、热更加协调，减少土壤板结，有利于保水、保肥、通气和促进根系发展，为农作物提供舒适的生长环境。
土壤理化性状的改善，加强了土壤有益微生物的活动，从而最大限度促使有机物分解转化，产生多种营养物质和刺激性物质，反过来又刺激微生物的生长发育，促进作物生长，最终达到增产增收的目的。
另外，功能性微生物在作物根系周围形成优势种群，抑制或拮抗有害病原菌的生长繁殖，减轻了作物发生病害的程度，进而起到增加产量的目的。
总结以上：复合微生物肥料特点有5点
1 活化土壤，提高土壤肥力
复合微生物肥料含有大量有益微生物，能分解有机残体，形成土壤腐殖质，改善土壤结构和理化性状，可将植物不能吸收的物质转化为有效养分，供植物吸收利用。肥料进入土壤后，微生物在有机质、无机营养元素、水分、温度的协助下大量繁殖，减少了有害微生物群体的生存空间，从而增加了土壤有益微生物菌的数量，微生物菌产生大量的有机酸可以把多年沉积在土壤中的磷钾元素部分溶解释放出来供作物再次吸收利用，长期使用后土壤将会变得越来越疏松和肥沃。
2，抑制病害，增强抗逆性
复合微生物肥料施入土壤后，放线菌能释放抗生素类物质，有利于消灭病原微生物。有益微生物在植物根系周围形成优势菌群，使病原微生物难以繁殖。复合生物菌可诱导植物的过氧化物酶、多酚氧化酶、葡聚糖酶等参与植物对有害微生物的防御反应。施用复合微生物肥料，作物生长健壮，增强作物的抗病能力。
3，促进生长，增产增收
复合微生物肥料施入土壤后，有益微生物在土壤中迅速繁殖，会产生多种对作物有益的代谢产物。这些代谢产物可刺激或调控作物生长，使作物健壮，达到增产目的。不仅给作物生长提供所需的NPK和中微量元素外，还能为作物提供有机质和有益微生物活性菌。除此之外，微生物肥料中的一些菌种还可以分泌一些刺激素维生素等以刺激作物生长，使作物健壮，营养状况得到改善。
4 ，提高品质，改善口感
复合微生物肥料改善作物的营养供应，特别是增加了有机质、腐殖酸、氨基酸等有机营养，有利于作物糖分的积累，提高产品的含糖量，解决了偏施化肥所造成的“菜不香、果不甜”的难题。施用复合微生物肥料可降低农产品中的硝酸盐含量，增加还原糖和维生素C的含量。
5，节约能源，降低污染
大量施用化肥、农药，使土壤受到不同程度的污染，产生一定的毒性。生长在受污染土壤的作物，除了造成生长障碍外，其产品还会对人类带来危害。消除土壤污染是环境治理的重要内容。复合微生物肥料的肥效持续时间长，可以减少化肥的施用量，并且它本身无毒无害。复合微生物肥料具有降解和转化土壤中有毒物质的能力。这种生物修复是土壤修复的各种措施中最经济有效的措施。
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