土壤的团粒结构、有机质、土壤微生物，三者是一个相互作用、相互影响的有机系统，决定着土壤的肥力大小和土壤环境的优劣。
土壤团粒结构给有机质提供了存储空间、给土壤微生物提供了生存环境。同时有机质和微生物又影响着团粒结构的形成与维系，没有富足的有机质和微生物，团粒结构很难持续。在有机质与微生物之间，有机质必须通过土壤微生物的转化才能供植物吸收和利用，没有微生物，有机质便无法得到转化和利用。微生物的生存、营养来源(食物)又依托于有机质。因此，治理和修复受到破坏的土壤，需要着眼于团粒结构修复、有机质提升、微生物补给三个方面。
土壤恶化主要体现在土壤板结、土壤盐渍化、土壤菌群失调、土壤酸化等方面。
土壤板结
◎形成原因
土壤有机质不足，重施氮肥轻施磷钾肥，导致土壤团粒结构破坏严重，透气性降低，需氧性的微生物活性下降，土壤熟化慢，从而造成土壤板结。
土壤板结。
◎造成危害
土壤板结对作物的危害，一是根系下扎困难，二是即使根系能扎下去，也会因土壤含氧量过低，出现沤根现象。
◎解决措施
增加有机肥的施入量，减少化肥的施入量；节水灌溉，尽量利用地上水；推广秸秆还田，提倡免耕，减少土壤流失；使用土壤改良剂。
土壤盐渍化
◎形成原因
长期过量施用化肥，有机肥不足，氮磷钾施肥比例不合理，导致土壤中盐离子增多，妨碍根系正常吸水，从而影响植株生长，
土壤盐渍化加重，妨碍根系正常吸水，影响植株生长。
◎造成危害
由于土壤盐分的增加，作物吸水困难，根系生长不良，抗逆性降低。作物易出现“生理干旱”而死亡。由于土壤中可溶性盐类过多，渗透势增高，从而使土壤水势降低，导致氮磷钾营养物质缺乏，制约农作物生长，再甚者可导致盐害、死亡。
◎解决措施
增施有机肥、平衡施肥、秸秆还田、翻压绿肥牧草、使用腐植酸类肥料等改良盐碱土，可收到脱盐与培肥的效果。
土壤菌群失调
◎形成原因
土壤中的生物菌有一部分是有益菌，可改良根系生长的环境；还有一部分菌属于有害菌，这些菌会引起土传病害，造成死秧、死苗。由于高度集约化、高复种指数、高肥料和农药用量，使土壤团粒结构遭到破坏，土壤中有害菌的数量越来越多，而有益菌得不到补充，导致土壤菌群的失调。
土壤菌群失调，导致作物土传病害多发。
◎造成危害
可导致土壤板结、酸化、盐渍化、不通透、不保水不保肥、营养匮乏、地力衰竭，引起土传病害等。
◎解决措施
增施微生物菌剂、复合微生物肥料和生物有机肥等。
土壤酸化
◎形成原因
过量使用化学氮肥和生理酸性肥料，导致土壤中酸性物质增加，土壤酸化。
土壤恶化，导致柑橘黄化加剧。
◎造成危害
土壤酸化会抑制根系发育，加重土壤板结，使根系伸展困难，发根力弱，缓苗困难，容易形成老小树，老僵苗。土壤酸化还可导致大部分中、微量元素吸收利用率降低，养分流失严重。在酸化土壤环境下，根际有害微生物大量繁殖，土壤有益微生物种群发生变化。
◎解决措施
科学施肥，适量使用或减少使用高氮化肥；增施有机肥，使用调节土壤酸碱度的生物有机菌肥，以培养微生物改良土壤结构，防止酸化板结；补施中微量元素肥；隔年撒施石灰并进行翻地。
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