Ethidium Homodimer-1（溴乙啡锭二聚体 1）、Hoechst 染料、DAPI、PI 等细胞核染料在学术研究中具有广泛的应用。
1.Ethidium Homodimer-1 (EthD-1)
主要用于染色死细胞。它与细胞核结合后，可发出红色荧光，常用于检测细胞的死亡状态。
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（1）Ethidium Homodimer-1是一种高亲和性的荧光核酸染料，与DNA或RNA结合后，可以使荧光增强30多倍。
（2）由于带有较强正电荷，所以该染料不能穿过细胞膜进行活细胞染色，但是可以准确的检测溶液中的核酸或者解体细胞中的核酸，是一种较灵敏的核酸染色剂。
（3）此外EthD-1可与钙黄绿素AM联合使用，分别染色死细胞和活细胞，从而判断细胞活力和毒性。
2.Hoechst 33258&Hoechst 33342
常用于活细胞（尤其是早期凋亡细胞）的染色。它能穿透细胞膜，与细胞核中的DNA 结合，显示出蓝色荧光，对细胞周期和凋亡研究具有重要意义。
（1）Hoechst可以穿过活细胞膜与细胞核结合(主要为凋亡活细胞)在紫外光下将核染为蓝色，该染料在染细胞核时会影响共聚焦显微镜对该样本其他荧光的观察效果。
（2）Hoechst染料在细胞周期和凋亡（早期凋亡）研究中被广泛应用，也被广泛应用于核复染色，有Hoechst 33258和Hoechst 33342两种。
（3）Hoechst 33258在活细胞中DNA的AT序列富集区域的小沟处与DNA结合，广泛用于细胞凋亡检测，染色后可用荧光显微镜观察或流式细胞仪检测。两者区别不大，但是Hoechst 33342对细胞的毒性作用更小一些，因此一般Hoechsts 33258用于细胞固定后再染色，而Hoechst 33342则可以对活细胞直接进行染色。
3.DAPI
是一种通用的细胞核染料，可用于活细胞和死细胞的染色。它与 DNA 结合后发出蓝色荧光，常用于细胞有丝分裂的观察和 DNA 分布的研究。
（1）DAPI是一种常用的可以穿透细胞膜蓝色荧光DNA染料，可对DNA染色的细胞核染色试剂，其与DNA结合后可以产生比DAPI 自身强20多倍的荧光，而与单链DNA结合无荧光的增强。
（2）DAPI常用于细胞凋亡检测，染色后用荧光显微镜观察或流式细胞仪检测。DAPI对双链DNA的染色灵敏度要高于EB和PI,荧光强度比Hoechst低，但光稳定性高于Hoechst。部分重垂，研究员可以替用这项特性在单-的样品上进行多重荧光染色。
（3）DAPI能快速进入活细胞中与DNA结合，因此DAPI对生物体而言，也被视为-种毒性物质与致癌物。使用过程中应注意操作与抛弃的处理程序。
4 PI
PI 是一种可对 DNA 染色的细胞核染色试剂，常用于细胞凋亡检测。在细胞死亡过程中，细胞膜通透性增加，PI 能够进入细胞内部并与 DNA 结合，从而指示细胞的死亡状态。它是一种溴化乙啶的类似物，在嵌入双链 DNA 后释放红色荧光。
