lammps后处理:多帧孔洞体积和孔隙率的计算

学术   科技   2024-09-11 10:02   山东  

本文介绍lammps后处理技巧:多帧孔洞体积和孔隙率的计算方法。

在前面的专栏中,已经介绍了单帧孔洞体积的计算方法,有不少粉丝朋友咨询多帧孔洞体积的计算方法。

lammps后处理:孔洞体积和孔隙率的计算

在上一次案例代码的基础上,稍加修改,添加一个for循环遍历所有的帧即可实现多帧孔洞体积的计算。

计算的结果保存到Vol.txt文本中,便于绘图。

代码如下:

from ovito.io import import_filefrom ovito.modifiers import ConstructSurfaceModifier
pipeline = import_file('pka.xyz')pipeline.modifiers.append(ConstructSurfaceModifier( method = ConstructSurfaceModifier.Method.AlphaShape, radius = 1.8, identify_regions = True))
lines = []#设置循环,计算每一帧的指数 for frame in range(pipeline.source.num_frames): data = pipeline.compute(frame) step = frame vol=data.attributes['ConstructSurfaceMesh.void_volume'] tmp = str(step) + " "+str(vol)+ "\n" lines.append(tmp)
#所有帧的数据保存到txt文件save_data = open('Vol.txt',"w")save_data.writelines(lines)save_data.close()

运行这个python代码之后,结果如下:

关于python ovito的配置可参考:

Python Ovito后处理配置视频,只需简单两步

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