《lammps中文教程》

学术 2024-09-06 09:00 山东

第一版自编lammps中文教程发布以来，下载量和订阅量一直不错。

最近新增了一部分内容，最新的教程总共600页，大约16万字。

教程大约半年左右更新一次，本次为第3版，总页数600页左右，分上中下三册，每册200页。

2024年，公众号的推文重点主要放在机器学习势方面，敬请关注。

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所有教程为电子版，如有需要可自己打印，下面是打印后效果。

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教程目录：

1 lammps基本命令

1.1 in文件结构详解以及一个比较实用的in文件模板

1.2 lammps串行和并行启动运算命令汇总，多线程设置方法

1.3 run命令使用技巧，多次run正确写法

1.4 create_box 命令详解

1.5 create_atoms生成原子的4种方式

1.6 group命令详解

1.7 region命令

1.8 lattice命令

1.9 lattice custom命令

1.10 boundary命令

1.11 dump命令4种用法

1.12 write_dump命令

1.13 minimize命令

1.14 velocity命令

1.15 read_data命令

1.16 thermo命令

1.17 thermo_style custom命令

1.18 set命令

1.19 restart重启计算命令

1.20 delete_atoms 命令

1.21 nve/nvt/npt系综设置

1.22 npt、nvt系综的选择

1.23 npt系综iso和aniso控压对比

1.24 compute chunk/atom分块命令

1.25 fix setforce命令

1.26 jump命令

1.27 variable命令

1.28 fix wall/reflect命令实现“振动墙”效果

1.29 change_box命令

1.30 displace_atoms命令

1.31 compute temp/partial ,compute temp/com 温度修正

1.32 reset_timestep命令

1.33 前缀v/c/f_的用法

1.34 compute cna/atom命令

1.35 rerun命令

1.36 write_coeff命令

1.37 compute cluster/atom 团簇命令

1.38 compute ave/sphere/atom 温度云图

1.39 compute fragment/atom片段分析

1.40 delete_atoms（新版本）命令

1.41 msi2lmp不能用，mpi不能连接主机，解决办法看这里

1.42 常用的几种控温方式

1.43 fix ave/time命令

1.44 dump_modify使模拟图像更美观

1.45 三个“un-”命令用法

1.46 团簇大小分布计算方法，fix ave/histo命令详解

2 lammps建模方法

2.1高熵合金建模之set type/ratio命令

2.2 replicate命令轻松实现扩胞阵列

2.3 圆柱形Ni与石墨烯层复合材料建模

2.4 NiTi合金建模

2.5 TiC建模

2.6 Cu孪晶建模

2.7 Atomsk晶体建模

2.8 刃型位错线Atomsk建模

2.9 Atomsk任意角度晶界建模

2.10 Atomsk孪晶建模

2.11 非晶金属模型建模：Ovito方法

2.12 FeNiCr合金多晶结构建模

2.13 合金体系牛顿层划分以及不同颜色显示方法

2.14 Atmosk建立金属管道模型

2.15 球壳模型建模

2.16 不规则界面建模

2.17 Atomsk空位缺陷建模

2.18 水分子建模

2.19 石墨烯海水淡化lammps建模

2.20 复杂图案建模

2.21 msi2lmp不能转换data文件的一种解决方法

2.22 晶界偏析原子建模

2.23 region union实现复杂形状建模

2.24 倾斜圆锥刀具建模

2.25 圆角刀具建模

2.26 锐角刀具建模

2.27 非晶sio2建模

2.28 msi2lmp转换data文件结构错位解决办法

2.29 CO2建模

2.30 高熵合金建模备用方法

2.31 1D正弦粗糙界面建模

2.32 2D正弦粗糙界面建模

2.33 复现lammps论文模型：界面模型建模

2.34 hcp类型晶格建模缺陷及解决方案

2.35 MS转data文件出错原因分析及解决办法

2.36 atomsk多晶多相建模

2.37 孪晶多晶建模

2.38 moltemplate流体建模

2.39 不规则晶界偏析原子建模

2.40 旋转模型

2.41 常见化合物建模方法汇总

2.42 润湿吸附等粗糙界面建模

2.43 分子模板编写方法

2.44 moltemplate安装教程

2.45 粗粒化建模

2.46 位错切过第二相建模

2.47 4种常用的水分子模板

2.48 玫瑰花建模

2.49 lammps模拟结果导入MS的简单方法

2.50 非晶和晶体混合建模方法

2.51 Atomsk孪晶多晶建模

2.52 Atomsk球形化合物建模方法

2.53 lammps锐角刀具建模

3 lammps力场参数设置

3.1 lj/cut

3.1.1 lj/cut在in文件中使用方法

3.1.2 lj/cut在data文件中使用方法

3.1.3 lj/cut不同原子间的参数

3.1.4 lj/cut参数查询方法

3.1.5 lj/cut参数单位转换方法

3.1.6 lj/cut参数设置案例

3.2 tersoff

3.2.1 基本语法

3.2.2 tersoff势设置案例

3.3 EAM

3.3.1 eam

3.3.2 eam/alloy

3.3.3 eam/fs

3.4 MEAM/C

3.4.1 library.meam文件格式

3.4.2 meam文件格式

3.4.3 meam/c设置方法

3.5 CVFF

3.5.1建模并转换为data文件

3.5.2 in文件的写法

3.6 PCFF

3.6.1 建模并转换为data文件

3.6.2 in文件的写法

3.7 TIP4P水分子势

3.7.1 TIP4P介绍

3.7.2 TIP4P设置代码

3.7.3代码解释

3.8 混合力场设置

3.8.1 eam/lj混合势

3.8.2 tersoff/eam/lj混合势

3.8.3 常见的错误

3.9 高熵合金势函数设置方法

3.9.1 下载专用势函数

3.9.2 使用混合势

3.9.3 自己拟合势函数

3.10 反应力场reax/c设置

3.11 OPLS势函数参数设置

3.12 Buckingham势设置

3.13 born势参数

3.13 Morse势参数设置

3.14 自动拟合不同原子lj参数的小程序

*以下为中册和下册内容*

4 lammps案例

4.0 简介

4.1 石墨烯单轴拉伸之deform方式

4.2 Al/Graphene复合物烧结

4.3 SiC拉伸下的裂纹扩展

4.4 石墨烯热导率模拟计算（EMD方法)

4.5 聚乙烯拉伸

4.6 聚乙烯PE剪切

4.7 Ni剪切过程中位错的滑移

4.8 单晶Fe三向拉伸模拟

4.9 Ni_Graphene复合材料纳米压痕

4.10 Cu(111)表面能的计算

4.11 Cu间隙原子形成能

4.12 反应势reaxff模拟氢气燃烧

4.13 堆垛层错能的计算

4.14 流体绕过障碍物模拟代码讲解

4.15 CNT拉伸案例代码解析

4.16 分子自由落体运动模拟

4.17 交联反应

4.18 Al冲击

4.19 单晶Cu压缩

4.20 Cu_Al界面原子扩散

4.21 小分子刚体设置

4.22 界面能的计算

4.23 Fe原子内聚能（Cohesive Energy）

4.24 TIP4P水球蒸发

4.25 Cu基底Ar蒸发

4.26 CO2扩散

4.27 NaCl融化

4.28 水分子形核

4.29 激光加热

4.30 模拟喷丸过程

4.31 水分子热导模拟

4.32 流体flow模拟

4.33 分子沉积模拟

4.34 Ag球烧结

4.35 角度分布(ADF)

4.36 气体扩散

4.37 rdf计算

4.38 金球融化

4.39 扭转

4.40 SiC结合能

4.41 Al/Graphene复合物烧结

4.42 热导率模拟案例讲解（NEMD方法）

4.43 Fe晶格常数计算

4.44 空位形成能的模拟与计算

4.45 反应力场reax/c设置方法及案例解析

4.46 晶体材料熔点的模拟

4.47 H2压缩模拟

4.48 小球随机碰撞

4.49 聚合物链弛豫

4.50 团簇融化过程模拟

4.51 C原子在Si基底沉积过程

4.52 addforce方法实现链的拉伸

4.53 团簇的计算方法

4.54 小球绕固定轴旋转

4.55 Coreshell核壳模型模拟

4.56 溶液剪切流动模拟

4.57 原子倒入容器

4.58 TIP5P水分子模拟

4.59 石墨烯单轴拉伸之velocity方式

5 lammps模拟技巧

5.1 应力-应变数据的计算与输出

5.2 均方位移MSD计算

5.3 径向分布函数g(r)的计算与输出

5.4 “lost atoms”丢失原子错误原因及4种解决方案

5.5 NEMD方法计算热导率公式详解

5.6 实用的lammps自带函数

5.7 刚体的设置方法

5.8 read_data读入模型后新增其它类型原子2种方法

5.9 “bond missiong”键丢失的一个原因及解决技巧

5.10 不同类型data文件格式对比，以及不同类型data文件相互转换方法

5.11 加热或冷却速率设置方法

5.12 原子位于box外面导致模拟出错的解决办法

5.13 正交box转斜交(triclinic)两种简单方法

5.14 控温失败的一个原因及解决方案

5.15 旋转设置方法

5.16 估算lammps模拟时间

5.17 动态统计区域内的原子数量

5.18 如何把模拟结果单独存到一个文件夹

5.19 边界原子变形严重可能原因及解决方案

5.20 fix spring弹簧连接设置方法

5.21 VSCode不能自动识别命令，用这个方法解决

5.22 排除两原子之间的受力，加快模拟速度，节省模拟时间

5.23 原子速度常用的几种设置方法

5.24 “atoms are time integrated more than once”警告，常见三种原因及解决办法

5.25 VScode终极设置：永久自动识别lammps in文件方法

5.26 ovito闪退，试试这个解决方法！

5.27 如何计算单个原子的体积

5.28 单原子的位移计算及云图绘制

5.29 恒定电场及交变电场设置方法

5.30 compute group/group原子组相互作用计算方法

5.31 “刚体”和“固定”的区别

5.32 速度云图的绘制

5.33 velocity拉伸“拉不动”的原因探讨及解决方案

5.34 不同原子组势能计算方法

5.35 一次提交多个in文件计算的简单方法（windows）

5.36 一次提交多个in文件计算的方法（linux）

5.37 “Did not assign all atoms correctly”的解决办法

5.38 Out of range atoms - cannot compute PPPM原因分析及解决办法

5.39 Non-numeric box dimensions - simulation unstable 错误原因及解决办法

5.40 lammps输出模拟结果的4种方法

5.41 拉伸初始应力不为零原因及解决办法

5.42 推荐一款比较好用的lammps in文件编辑器

5.43 常见运行错误及解决办法

5.44 记录一次对模型实施“外科手术”，实现“美颜”的过程

5.45 “ghost atoms”默认设置导致MDPD无法计算，添加一句命令轻松解决

5.46 从高熵合金特定区域内选择某一种原子的技巧

5.47 原子位于box外面导致模拟出错的解决办法

5.48 一个计算位错移动速度的python脚本

5.49 units lattice和units box应该如何选择？

5.50 ovito闪退，试试这个解决方法！

5.51原子组整体漂移怎么办？

5.52 原子平动和振动的设置方法

5.53 蒸发模拟如何动态的删除原子？

5.54 控温时Tdamp如何选择才最合理？

5.55 单个原子总能量计算及云图绘制方法

5.56 delete_atoms删除原子后原子ID不连续的两种解决方案

5.57 避免lammps弛豫出错的一个小技巧

5.58 lammps并行版安装出错，不能连接主机，试试这个方法

5.59 模拟结晶过程的2个重要因素

5.60 read_data组合模型如何确定原子类型？

5.61 random随机选择原子ID方法

5.62 从log文件提取模拟数据的方法

5.63 data文件错位解决办法

5.64 聚合物压缩，避免“bond atoms missing”

5.65 斜交转正交的方法

5.66 蒸发量的统计方法

5.67 固定边界丢失原子的几种解决办法

5.68 提取表面原子方法

5.69 ovito转换data文件格式的方法

5.70 可变region，实现移动的激光照射

5.71 解决中断模拟的烦恼，lammps重新启动计算的两种方法

5.72 LAMMPS推出GUI界面，模拟从未如此简单

5.73 一个in文件如何实现多次循环模拟

5.74 lammps裂纹宽度计算的一个小技巧

5.75 最新windows lammps并行版一个小bug

5.76 Lammps批量提交多个模拟运算的技巧

5.77 lammps重启运算，合并输出为同一个dump文件的方法

5.78 lammps模拟中原子固定失败的原因及解决方案

5.79 lammps分子模板建模，准确设置键角类型的方法

5.80 lammps合金多晶牛顿层、恒温层及固定层设置方法

5.81 MS建模并导出clayff力场参数的方法

5.82 MS建模cvff势参数不能识别的终极解决办法

5.83 lammps计算质心的两种方法

5.84 lammps计算单个分子受力的方法

5.85 Lammps改错技巧

6 Ovito教程

6.1 单原子温度计算之温度云图绘制方法

6.2 单原子应力计算及应力云图绘制方法

6.3 Ovito分析并绘制单原子应变

6.4 Ovito标记原子内部运动方法

6.5 Ovito中多晶不同颜色显示技巧

6.6 如何更清晰观察晶体结构？Ovito渲染技巧介绍

6.7 ovito选择原子高级技巧

6.8 ovito快速提取单条位错线的伯氏矢量

6.9 Ovito设置原子不同透明度的小技巧

6.10 Ovito显示化学键的方法

6.11 ovito多晶显示方法2

6.12 ovito查看完整分子链方法

6.13 Ovito绘制单原子Mises应变云图的方法

6.14 高清大图渲染方法1

6.15 Voronoi法计算配位数和原子体积

6.16 Ovito选择特定晶粒的方法

6.17 ovito绘制原子扩散轨迹2

6.18 ovito计算原子位移的方法

6.19 Ovito计算RDF方法

6.20 Ovito计算密度分布

6.21 ovito显示位错和缺陷的一个小技巧

7 Python Ovito后处理编程

7.1 Python调用Ovito模块配置方法

7.2 Python Ovito编程计算MSD

7.3 Python ovito 计算输出位错线长度

7.4 Python Ovito CNA结构统计输出

7.5 Python Ovito 统计键长分布(1)

7.6 Python Ovito 统计角度分布

7.7 Python ovito编程绘制速度分布

7.8 Python ovito编程计算不同原子对的rdf

7.9 Python ovito输出高清图片

7.10 Ovito高清图渲染参数设置

7.11 Pytho Ovito选择特定类型的原子

7.12 Python Ovito 统计键长分布（2）

7.13 Python Ovito Voronoi多面体指数计算方法(1)

7.14 Python Ovito 多帧Voronoi多面体指数计算方法(2)

8 机器学习势

8.1 ABACUS安装

8.2 RANN势配置方法

8.3 深度势能DeepMD-kit安装方法

教程预览

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