lammps动态统计中心原子周围原子数量

学术   科技   2024-09-02 10:08   山东  

本文介绍lammps统计一个原子周围一定范围内其它原子数量的方法。

在之前的专栏中,曾介绍过动态统计某一个固定区域内原子数量的方法。

lammps教程:如果动态统计区域内的原子数量

这种方法只能统计一个静态的区域内原子的数量变化,如果要统计某一个运动中的原子周围原子数量的变化,就需要根据该原子的运动状态,实时追踪原子的坐标并更新region区域的范围,然后再统计周围原子的数量。

以小球的随机碰撞为例,原子类型为1的红色小球(id也为1)周围分布原子类型为2、3的蓝色和黄色小球。

动态统计以红色小球为圆心,半径为15的球范围内的数量代码为:

#气体粒子数量variable npart  equal 200#模拟基本参数设置units    ljdimension 2atom_style  atomicboundary        p p pneighbor        0.5   binneigh_modify    every 1 delay 0 check yesatom_modify map yes#三维box尺寸region box block -20 20 -20 20 -0.1 0.1#生成boxcreate_box 3 box#随机产生100个气体原子create_atoms 1  single 0 0 0 create_atoms 2 random ${npart} 324523 boxcreate_atoms 3 random ${npart} 3253 box#设置摩尔质量1mass   *  1#力场设置,soft势pair_style soft  1.0pair_coeff * * 10.0#温度初始化velocity all create 2.0  34234123 dist gaussian#能量最小化minimize 1e-4 1e-4 1000 1000reset_timestep 0#保存轨迹文件dump        img all  atom  100 gas.xyz#模拟步长timestep  0.001#设置nve系综fix             1 all nvevariable        x1 equal x[1]variable        y1 equal y[1]region          ss sphere v_x1 v_y1 0 15group           mobile dynamic all region ss every 10variable        number equal count(mobile)thermo_style    custom step v_numberthermo          100run             10000

统计结果如下图所示

根据这个原理,也可以统计该原子周围不同原子类型的数量

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