GPB | 西北大学赵鹏教授团队揭示翅果发育形态特征及基因调控的遗传机理

学术   2024-12-31 09:15   湖北  

翅果是一种特殊的植物果实类型,其特点在于果实的一端或周围长有扁平或翅状的附属结构,这些附属结构像翅膀一样,能够帮助果实借助风力进行远距离传播。例如常见榆树种子(榆钱),枫树,椿树,枫杨等的种子。

枫杨翅果

果实对植物繁殖效率、环境适应力及物种多样性至关重要。翅果作为被子植物早期快速扩散和分化的核心因素,是其适应风传播的关键特征。但木本植物翅果的演化与发育机制尚不明晰。

枫杨

枫杨别名麻柳、马尿骚、蜈蚣柳等,为胡桃科枫杨属的一种大乔木植物,兼具生态、经济与观赏价值,包含三种典型果翅类型,是研究果翅发育及多样性分子机制的理想材料。

近日,西北大学生命科学学院赵鹏教授团队在《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》上在线发表题为:Chinese Wingnut Genome Assembly and Winged Fruit Gene Regulation的研究论文,该研究研究了胡桃科枫杨(Pterocarya stenoptera)与其近缘种核桃楸的比较基因组学,揭示了翅果发育的形态特征及基因调控的遗传机理。

本研究组装了枫杨(P. stenoptera)的高质量染色体水平参考基因组(N50=35.15 Mb),注释得到29,820个蛋白质编码基因。进化分析显示枫杨、湖北枫杨(P. hupehensis)和甘肃枫杨(P. macroptera)各自形成单系,呈现显著群体遗传结构(见图1)。

图1 枫杨基因组特征图谱及三种果翅类型代表物种群体遗传结构

分子钟分析显示,核桃楸(Juglans mandshurica,非翅果)与枫杨(翅果)及青钱柳(Cyclocarya paliurus,翅果)的共同祖先在5670万年前分化。多组学数据进一步证实了枫杨、青钱柳(均为翅果)与核桃楸(非翅果)间的古杂交事件。枫杨特有基因与α-亚麻酸代谢、淀粉/蔗糖代谢及脂质代谢相关(见图2)。

图2 枫杨属的系统发育位置及基因组演化

枫杨与青钱柳在12号染色体上存在大倒位,涉及脂质代谢、生物合成及淀粉、蔗糖代谢相关基因。通过枫杨与核桃楸果实转录组分析及qRT-PCR验证,确定LOX基因为脂质代谢关键候选,支持胡桃科果实代谢演化的分子机制(图3)。

图3 三种胡桃科植物枫杨、青钱柳和核桃楸比较基因组学及LOX基因演化

扫描电镜与形态切片观察揭示了枫杨雌花与果实发育过程,确认果翅源自两个小苞片,大苞片果期不发育。果翅伸长主要归因于细胞体积增大,并伴随后期木质化。转录组学联合分析(K-means、WGCNA、共表达网络)鉴定了与果翅发育紧密相关的基因,如SUS、VIN(蔗糖代谢、细胞增殖、生长激素合成),以及CYP73A5、NAC043、IRX12、LAC17(木质素合成)(图4)。本研究为木本植物翅果演化、发育多样性提供理论支撑,并促进胡桃科果实发育演化研究。

图4 翅果不同发育阶段的形态特征及基因时空网络表达

总结:

本研究组装了枫杨高质量基因组,揭示了枫杨、青钱柳与核桃楸间的古杂交事件,并确定LOX基因为脂质代谢关键候选基因。同时,通过形态观察与转录组学分析,鉴定了与枫杨果翅发育紧密相关的基因。该研究为木本植物翅果演化、发育多样性提供理论支撑,并推动了胡桃科果实发育演化研究。

西北大学为第一作者单位和通讯作者单位,师资博士后耿方东为论文的第一作者,赵鹏教授为论文的通讯作者,课题组硕士研究生张雪栋、博士研究生马佳雨为论文共同第一作者,博士研究生叶航、刘恒兆等参与了这项研究工作。该研究工作得到了国家自然科学基金面上项目(32070372,32370386),国家自然科学基金青年项目(32401396),陕西省杰出青年基金项目(2023-JC-JQ-22),陕西省基础研究项目(22JHZ005,23JHZ009),陕西省重点研发计划(2024NC-YBXM-064),陕西省科学院项目(2023K-26,2023K-49),陕西省林业科学研究院科技研发重点专项(SXLK2023-02-20)等项目的资助。

原文链接:
https://doi.org/10.1093/gpbjnl/qzae087
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