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问题
学员反馈说monocle2的orderCells函数报了个错：
Error:!nei()was deprecated in igraph 2.1.0 and is now defunct.Please use.nei()instead.
如果你的monocle早先安装了，是不会遇到这个问题的。
10月19号以后才安装monocle就会有问题。等这个问题被开发者发现，可能也就消失啦。
原因
好嘛，又是因为依赖包更新，而monocle没有跟着更新导致的。
翻了一下cran，发现igraph的更新日期是10.19，一周以前。
而且cran还要求他们再11月4号之前更正某个错误，否则就会被移除了。
他们的更新只是把nei函数的名字改成了.nei。不太理解有什么意义，当然理解也没有用，咱说了也不算。
解决办法
解决办法是安装旧版本的igraph。
install.packages("https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/igraph/igraph_2.0.3.tar.gz",repos = NULL)
要重启一下再装，或者是装完重启一下。
然后就可以解决啦。版本的问题就让monocle作者自己去解决吧。咱不管。
