本氏烟草(Nicotiana benthamiana)是一年生茄科烟草属植物,原产于澳大利亚北部地区,和用于制作香烟的普通烟草(N. tabaccum)是近缘物种。本氏烟草最为人知的是作为植物学和合成生物学研究的模式植物。本氏烟草凭借其对病毒的易感性和在瞬时基因表达的便利性成为了植物科学家的“宠儿”,同时它也是植物天然产物和疫苗异源合成的重要底盘生物。因此,解析本氏烟草的基因组密码对促进植物科学研究和生物制药产业具有重要的价值。本氏烟草是异源四倍体,由两个二倍体祖先在距今500万年-600万年杂交形成,之后基因组演化形成现今的19对染色体。本氏烟草基因组约为2.85Gb,其草图最早发表于2012年,之后的12年间多个改进版本的本氏烟草基因组陆续公布,组装质量有了很大提升,但仍然存在多个缺口与组装注释错误,严重影响了对这一模式生物的功能基因组学的研究进程。
着丝粒是负责细胞分裂过程中染色体平均分配给子细胞的基因组关键区域,也被称为基因组的暗物质区域。因其高度复杂并富含重复序列,着丝粒的序列很难被测序和破译。近年来随着测序技术和生物信息算法的快速发展,包括人类、拟南芥、酵母在内的多个模式生物以及玉米、水稻、辣椒、生菜等作物的着丝粒特征逐渐被揭示。这丰富了我们对这些基因组暗物质的认知,为疾病研究和治疗、作物单倍体育种、人工染色体合成等前沿科学提供理论指导。然而,我们对生物界着丝粒的结构和进化理解仍然处在初期,绝大多数生物的着丝粒区域仍未解析。此外,多倍体生物例如四倍体本氏烟草、四倍体马铃薯、六倍体小麦等,基因组经历了复制、重排和结构变异等事件,在此过程中着丝粒如何演化和维持功能也有待阐明。异源四倍体的本氏烟草为这些问题的解答提供了一个理想的模型。
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