《自然资源违法行为立案查处工作规程》规定：涉及耕地破坏程度认定或者鉴定的，由市（地）级或省级自然资源主管部门组织实施，根据实际情况出具认定意见；也可委托具有法定资质的机构出具鉴定意见；没有具有法定资质的机构的，可以委托其他具备条件的机构出具鉴定意见。
可以申请认定，也可委托鉴定
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在涉嫌非法占用耕地违法犯罪案件办理中，案件属地自然资源主管部门、综合行政执法部门、乡镇人民政府、街道办事处等办案单位需要对耕地破坏程度进行认定或者鉴定的，可以向省级或市(地)级自然资源主管部门提出认定申请，由其根据实际情况会同相关部门出具行政认定意见；也可以委托从事耕地破坏程度鉴定相关业务的鉴定机构提供司法鉴定意见。
什么情形申请认定
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对于建筑物或构筑物已经形成、地基施工基本完毕、基坑已开挖或基础桩已基本完成施工、建筑物或构筑物基础 和底层结构已基本完成、对耕地使用水泥沥青硬化、在耕地上挖砂、采石、采矿、取土等明显造成土壤耕作层破坏的不具有争议、非关键专门性问题，省级或市(地)级自然资源主管部门可以直接依据现场照片、录像等客观证据，或者组织认定委员会专家论证，认定耕地种植条件严重破坏，并出具相关行政认定意见。
什么情形委托鉴定
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对于耕地破坏程度有争议、涉及关键专门性问题的，可以委托从事耕地破坏程度鉴定相关业务的鉴定机构进行鉴定，并提供司法鉴定意见。（推荐阅读：司法部《耕地和林地破坏司法鉴定技术规范》）
破坏农用地类追究刑事责任规定
第三百四十二条违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。
2.《最高人民法院关于审理破坏土地资源刑事案件具体应用法律若干问题的解释》
第三条 违反土地管理法规，非法占用耕地改作他用，数量较大，造成耕地大量毁坏的，依照刑法第三百四十二条的规定，以非法占用耕地罪定罪处罚：
（一）非法占用耕地“数量较大”，是指非法占用基本农田五亩以上或者非法占用基本农田以外的耕地十亩以上。
（二）非法占用耕地“造成耕地大量毁坏”，是指行为人非法占用耕地建窑、建坟、建房、挖沙、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他非农业建设，造成基本农田五亩以上或者基本农田以外的耕地十亩以上种植条件严重毁坏或者严重污染。
第八条 单位犯非法转让、倒卖土地使用权罪、非法占有耕地罪的定罪量刑标准，依照本解释第一条、第二条、第三条的规定执行。
第九条 多次实施本解释规定的行为依法应当追诉的，或者一年内多次实施本解释规定的行为未经处理的，按照累计的数量、数额处罚。
3.《最高人民检察院、公安部关于印发〈最高人民检察院公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）〉的通知》
第六十七条 违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，造成耕地、林地等农用地大量毁坏，涉嫌下列情形之一的，应予立案追诉：
（一）非法占用基本农田五亩以上或者基本农田以外的耕地十亩以上的；
（二）非法占用防护林地或者特种用途林地数量单种或者合计五亩以上的；
（三）非法占用其他林地十亩以上的；
（四）非法占用本款第（二）项、第（三）项规定的林地，其中一项数量达到相应规定的数量标准的百分之五十以上，且两项数量合计达到该项规定的数量标准的；
（五）非法占用其他农用地数量较大的情形。
违反土地管理法规，非法占用耕地建窑、建坟、建房、挖沙、采石、采矿、取土、堆放固体废弃物或者进行其他非农业建设，造成耕地种植条件严重毁坏或者严重污染，被毁坏耕地数量达到以上规定的，属于本条规定的“造成耕地大量毁坏”。
违反土地管理法规，非法占用林地，改变被占用林地用途，在非法占用的林地上实施建窑、建坟、建房、挖沙、采石、采矿、取土、种植农作物、堆放或者排泄废弃物等行为或者进行其他非林业生产、建设，造成林地的原有植被或者林业种植条件严重毁坏或者严重污染，被毁坏林地数量达到以上规定的，属于本条规定的“造成林地大量毁坏”。
