特殊疾病病种共25种，包括：
血友病；
再生障碍性贫血；
恶性肿瘤放（化）疗及阵痛治疗；
肾功能衰竭病人的透析治疗；
严重多器官衰竭（心、肝、肺、脑、肾）；
艾滋病机会性感染；
唇腭裂；
地中海贫血（中、重型）；
血友病；
器官移植术后抗排异治疗（心、肝、肺、肾、骨髓等器官以及小肠、胰腺、胰岛、造血干细胞等组织细胞移植的抗排异治疗）；
儿童白血病(0-14周岁（含）只包括急性淋巴细胞白血病、急性早幼粒细胞白血病）；
儿童先天性心脏病（0-14周岁（含）只包括先天性房间隔缺损、先天性动脉导管未闭、先天性肺动脉瓣狭窄）；
苯丙酮尿症（含四氢生物蝶呤缺乏症、限0-18岁（含）患儿，定点医院限重庆市妇幼保健院和市儿童医院）；
阿尔茨海默症；
慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染；
冠心病；
肝硬化（失代偿期）；
系统性红斑狼疮；
风湿性心瓣膜病；
结核病；
类风湿性关节炎；
甲亢；
精神分裂症、分裂情感障碍、癫痫所致精神障碍、精神发育迟滞伴发精神障碍、心境障碍（抑郁躁狂症）、偏执型精神障碍；
脑血管意外后遗症（脑梗死、脑出血、蛛网膜下腔出血后遗症）；
慢性支气管炎伴阻塞性肺气肿、慢性肺源性心脏病。
慢性病无起付线，年报销额为1000元/年，增加一个病种年报销限额增加200元/年，报销比例一级医院80%，二级医院60%，三级医院40%；
恶性肿瘤等重大疾病报销起付线，一级医院100元，二级医院300元，三级医院800元，一档报销比例一级医院80%，二级医院70%，三级医院50%，二档报销比例在一档的基础上增加5%。全年报销限额住院和特病年度合计报销限额，一档8万元，二档12万元。
